Переворот 17 мая 1606 года подготовил и осуществил Василий Шуйский, и, конечно, его авторитет, а также страх новых расправ убеждали многих, что Шуйскому и предстоит занять царский трон. Вопрос о преемнике поставил в Боярской думе сам Шуйский. Формально он значился "вторым" после князя Федора Мстиславского. Но тот к власти не стремился и даже говорил близким ему людям, что если его изберут "в цари", то он уйдет в монахи. В некоторых иностранных источниках в качестве соискателя на трон называется князь Иван Голицын. Но Голицына, успевшего предать и юного Федора Борисовича и Лжедмитрия, дума не могла принять: слишком явными были его измены, и слишком уж явно он замыкался на своих личных интересах. У Шуйского же были видимые заслуги: устранение самозванца-еретика, ставшего ненавистным разным слоям москвичей, и светским, и духовным. Но Шуйский лукавил, когда предлагал немедленно решить вопрос о новом избраннике в Боярской думе, противодействуя предложениям собрать Земский собор. Созвать собор, действительно, было трудно: весь юг России (и не только юг) не признавали власти Москвы, и, как показало будущее, за Шуйского они бы не проголосовали.
Дума, в конечном счете, согласилась с предложением Шуйского, и впервые в истории России царь был избран небольшой группой аристократов-олигархов. В эмоциональной речи перед думцами Шуйский признавал какие-то свои прегрешения и каялся в них, но одновременно он напомнил о слабости Федора Ивановича и властолюбии Бориса Годунова, приведших в итоге к появлению самозванца, за которым слепо последовали и бояре. "Но мы, - переходил он к главному, - загладили сию слабость, когда настал час умереть или спасти Россию, жалею, что я, предупредив других в смелости, обязан жизнью Самозванцу: он не имел права, но мог умертвить меня, и помиловал, как разбойник милует иногда странника. Признаюсь, что я колебался, боясь упрека в неблагодарности; но глас совести, Веры, Отечества, вооружил мою руку, когда я увидел в вас ревность к великому подвигу. Дело наше есть правое, необходимое, святое; оно Ему угодно... Теперь, избыв злодея, еретика, чернокнижника, должны мы думать об избрании достойного Властителя. Уже нет племени Царского, но есть Россия: в ней можем снова найти угасшее на престоле. Мы должны искать мужа знаменитого родом, усердного к Вере и к нашим древним обычаям, добродетельного, опытного, следственно уже не юного - человека, который, прияв венец и скипетр, любил бы не роскошь и пышность, но умеренность и правду, ограждал бы себя не копьями и крепостями, но любовию подданных; не умножал бы золота в казне своей, но избыток и довольствие народа считал бы собственным богатством. Вы скажете, что такого человека найти трудно: знаю, но добрый гражданин обязан желать совершенства, по крайней мере, возможного, в Государе!".
Естественно, всем было понятно, чей портрет рисовал Шуйский. И предложение думцев собрать Великую Земскую Думу и чины Государственные из всех областей Российских было не столько возражением против кандидатуры Шуйского, сколько стремлением возложить на соискателя больше обязанностей и ответственности. Но сторонники Шуйского требовали немедленного решения вопроса, поскольку страна (да и сама Москва тоже) пребывала в смятении, а потому оттягивать решение было опасно. Разумеется, что предлагавшие созвать Земский собор со всей земли внутренне не согласились с таким решением вопроса, и это несогласие впоследствии будет подпитывать отчужденность части бояр и знати по отношению к намерениям и действиям Шуйского. Часть их уклонилась и от процедуры избрания, но выступить открыто никто не решился, и 19 мая 1606 года под звук литавр, труб и колоколов бояре и чиновное дворянство представили на Красной площади нового монарха служилым людям, гостям и купцам.
Играя в скромность, Шуйский предложил, чтобы духовные чины сначала выбрали нового патриарха вместо скомпрометировавшего себя Игнатия. Но толпа в экстазе кричала, что для отечества государь важнее патриарха. Шуйского проводили в Успенский собор, где уже ожидали митрополиты и епископы, чтобы благословить его на царство. Кандидатами на сан патриарха выступали ростовский митрополит Филарет (Федор Романов) и казанский архиепископ Гермоген. Шуйский, видимо, склонялся в пользу Филарета. Но тот от такой чести уклонился. В итоге, избрали Гермогена (ок. 1530 – 1612), который также не слишком благоволил к Василию Шуйскому. Достаточно сказать, что Гермоген пытался привлечь на публичные выступления и низвергнутого Иова в качестве второго патриарха.
В России появился новый царь - Василий IV Иванович Шуйский (1552 – 1612, царь – с 1606). В свое время Борис Годунов выдерживал целый месяц, вроде бы отказываясь занять царский трон. Шуйский же взошел на царство настолько скоропалительно, что не только вся Россия, но и москвичи, даже многие знатные, не участвовали в этом избрании. А подобный факт предполагал в будущем весьма непростые отношения с "Землей". Правда, боярство потребовало от избранника определенных гарантий. В "Ином сказании", составленном в 20-е годы XVII века, приводится "запись целовалная, по которой сам царь целовал крест". Шуйский напомнил о своем происхождении от Рюрика, который в свою очередь производился от "Римского кесаря". "И ныне мы, - обращается он непосредственно к боярам и верхушке московского купечества, поддержавшего "избрание" царя московской элитой, - великий государь, будучи на престоле Российского государства, хотим того, чтобы православное християнство было нашим царским доброопастным правительством и в тишине, и в покои, и в благоденствии. И поволил есмя я, царь и великий князь Василий Иванович всея Русии, целовати крест на том, что мне, великому государю, всякого человека, не судя истинным судом з боляры своими, смерти не предати, и вотчин, и дворов, и животов у братии их, и у жен, и у детей не отъимати, будут которые с ними в мысли не были; такоже и у гостей, и у торговых, и у черных людей, хотя который по суду и по сыску доидет смертные вины, и после их у жен их и у детей дворов, и лавок, и животов не отъимати, будут с ними они в той вине неповинны; да и доводов (то есть доносов. - А.К.) ложных мне, великому государю, не слушати, а сыскивати всякими сыски накрепко и ставити с очей на очи, чтобы в том православное християнство без вины не гибли; а хто на кого лжет, и, сыскав, того казнити, смотря по вине его: что было возвел неподелно, тем сам и осудится. На том на всем, что в сей записи написано, и яз, царь и великий князь Василей Ивановичь всея Русии, целую крест всем православным християном, что мне, жалуя, судити истинным праведным судом, и без вины ни на кого опалы своея не класти, и недругом никому никого в неправде не подавати, и от всякого насилства отбегати". Иными словами, царь обещает вершить суд и расправу "з боляры своими", и именно интересы этих бояр стоят на первом плане у нового правительства.
Между тем, Москва была усеяна трупами, которые несколько дней вывозили за город и там хоронили. Тело самозванца три дня лежало на площади, привлекая любопытных и желающих обругать хотя бы труп. Затем его захоронили за Серпуховскими воротами. Но и на этом преследования убитого не закончились. Неделю с 18 по 25 мая стояли сильные морозы (не так редкие в мае-июне и в наше время), наносившие большой ущерб садам и полям. За самозванцем и раньше следовал шепот о его чародействе. В условиях чрезвычайной неустойчивости бытия, суеверия разливались рекой: что-то страшное видели над могилой Лжедмитрия, и с ним связывали возникшие природные катаклизмы. Могилу раскопали, тело сожгли, а пепел, смешав с порохом, выстрелили из пушки, направив ее в ту сторону, откуда пришел Расстрига. Этот пушечный выстрел, однако, создал Шуйскому и его окружению неожиданные проблемы. В Речи Посполитой и Германии распространялись слухи, что казнен вовсе не "Дмитрий", а какой-то его слуга, "Дмитрий" же спасся и бежал в Путивль или куда-то в польско-литовские земли.
С воцарением Василия Шуйского осложнились отношения с поляками. Хотя многих из них новая власть взяла под охрану, от поляков требовали возвращения "подарков" самозванца и награбленного у москвичей. Лишь посольству Сигизмунда III обеспечивалась и надежная защита, и правовое признание, принятое в отношении послов. Но защита поляков обостряла отношения новой власти с социальными низами, которые видели источник своих бед в разгуле поляков. Теперь же новый царь пытался восстановить порядки, сложившиеся при Иване Грозном и Федоре Ивановиче. Только если Отрепьев брал у "Грозного" некоторые статьи из Судебника 1550 года, то Шуйский возрождал крепостнические указы. Появление в Судебнике от 9 марта 1607 года статьи о пятнадцатилетнем сроке сыска беглых (исключавшей льготы и тем, кто уходил в голодные годы), определяло политику Шуйского в отношении крестьянства. Соответственной была и реакция крестьян, да и всего юга страны, где противниками этого указа оказались не только беглые, но и служилые люди и дворянство, к которым беглые обычно стекались на более мягких условиях, нежели в центре России (как правило, за ними сохранялось право "выхода").
Слухи о том, что "Дмитрий" спасся, а вместо него был убит кто-то другой, быстро распространялись и в России. Сам выстрел из пушки теперь представлялся попыткой скрыть, что сожженный вовсе не тот, кого называли Гришкой Отрепьевым и Расстригой. Слухам о спасении "Дмитрия" правящий круг Шуйского мог противопоставить только показания людей, до того много раз солгавших.
В многочисленных версиях о спасении "Дмитрия" обычно фигурировали два приверженца Лжедмитрия: князь Григорий Шаховской и один из ближайших сподвижников самозванца Михалко Молчанов. Оба бежали из Москвы, при этом Шаховской прихватил государственную печать, а Молчанов – скипетр и корону. И того, и другого в разных местах признавали за "истинного" царя "Дмитрия". Вполне вероятна и романтическая версия, будто они бежали вместе, прихватив четырех польских лошадей. И уже по пути к Путивлю, покидая очередной пункт остановки, под глубоким секретом один из них признавался, что другой - истинный царь "Дмитрий". Похоже, "царем" хотели быть оба "соискателя". Но Шаховской был назначен воеводой в Путивль - из Разрядных книг неясно, Отрепьевым, или Шуйским. Впрочем, последнее невероятно потому, что Шаховской был одним из наиболее преданных Лжедмитрию представителей знати.
Михалко Молчанов из Путивля отправился во владения Юрия Мнишека, в Сандомирское воеводство. (Сам Юрий Мнишек и его дочь Марина были сосланы Шуйским в Ярославль). Польские представители, встречавшие русского посла князя Г. Волконского, заявили ему, что "государь ваш Дмитрей, которого вы сказываете убитого, жив и теперь в Сендомире у воеводины жены" (то есть у жены Юрия Мнишека). Г. Волконский возражал, что называющий себя "Дмитрием" - это самозванец, вероятнее всего Михалко Молчанов. Но слух о том, что "Дмитрий" ушел вместе с Молчановым и находится в Сандомире, получил широкое распространение. И, видимо, не случайно уже в июне И.И. Болотников был на приеме у Молчанова, исполнявшего роль царя "Дмитрия". А вскоре города России: Чернигов, Стародуб, Новгород Северский, хотя и не видели в глаза нового "Дмитрия", перестают подчиняться Шуйскому.