В республике существует сеть непрерывного мониторинга состояния природных вод. Стационарная гидрохимическая сеть включает 79 водных объектов (54 реки, 13 озер, 12 вдхр.) в 93 городах и населенных пунктах. Наблюдением охвачено большинство промышленных городов республики, пробы воды отбираются 7-12 раз в год. В поверхностных водах определяется свыше 50 показателей и ингредиентов, в том числе газовый и основной солевой состав, биогенные компоненты и основные загрязняющие вещества, тяжелые металлы, присутствие которых обусловлено поступлением в водные объекты сточных вод. Для каждого контрольного створа производится расчет индекса загрязненности вод.
В республике естественный гидрохимический фон природных вод к настоящему времени превращается в природно-техногенный. Содержание в водах макрокомпонентов, прежде всего сульфатов, хлоридов, Na и K достигло огромных значений. Наиболее распространенными и неблагоприятными веществами, загрязняющими поверхностные водоемы Беларуси, являются нитритный, нитратный и аммонийный азот, легко окисляемые органические вещества, нефтепродукты, цинк. По всем этим веществам на протяжении многих лет наблюдается значительные превышения ПДК поверхностных и подземных вод.
В последние годы отмечается стойкое увеличение ИЗВ по всем рекам республики. Этот факт на фоне сокращения сброса сточных вод свидетельствует о нарастании скорости вторичного загрязнения и деградации процессов самоочищения водоемов, их трансформации.
По качеству воды реки республики относятся к категории умеренно загрязненных (ИЗВ- 1-1,25). Это реки Днепр и Сож, Припять (выше г.Пинск), Неман, Мухавец (возле г. Кобрин).
К категории чистых (ИЗВ < 1) относятся воды рек: Березины (в верхнем течении до г. Борисова), Зап. Двины (выше г. Витебска), Вилии (выше г.Смаргонь), Мухавца (выше г.п. Жабинка). Очень загрязненными (ИЗВ-2,5-4) являются воды рек: Березины (выше Бобруйска), Свислачи (ниже Минска), Немана (ниже г. Мосты), Узы (возле Гомеля) и др.
Качество подземных вод республики большинства водоносных горизонтов и комплексов соответствует требованиям ГОСТа «Вода питьевая». Однако на участках размещения водозаборных скважин в селитебной зоне населенных пунктов и городов, свалок, отвалов промышленных предприятий, ферм, выявлено загрязнение подземных вод. Ухудшение их качества выражается в увеличении общей минерализации, содержания соединений азота, хлоридов, тяжелых металлов, появлении нефтепродуктов, фенолов, неприятнопахнущих и легкоокисляемых органических веществ. На ухудшение качества подземных вод существенное влияние оказывает санитарно-техническое состояние самих водозаборов, т.к. для большинства из них не разработаны даже проекты по организации санитарной защиты, не выполняются нормы режима содержания и эксплуатации. В целом в зонах влияния действующих и перспективных водозаборов в настоящее время находится более 400 приемников различных отходов (поля фильтрации, отстойники, отвалы).
В республике с 1986 г. ведется систематический контроль за радиоактивным загрязнением поверхностных и подземных вод. Максимальные значения накопления радионуклидов отмечаются в непроточных местах (заводи, прибрежная зона) с малой скоростью течения и в донных отложениях, откуда они активно вымываются и транспортируются на взвешенных частицах по руслу рек. По степени радиоактивного загрязнения компоненты водных систем располагаются в следующем порядке: донные отложения > гидробионты > вода. Если в реках концентрация St-90 и Cs-137 за время после аварии на ЧАЭС снизилась почти в 20 раз, то в озерных экосистемах (системы замкнутого цикла) отмечается значительное ее возрастание, особенно в донных отложениях. Радиоактивного загрязнения подземных вод пока не выявлено, хотя в грунтовых водах и некоторых прирусловых водозаборах (водозабор «Сож», г. Гомель) отмечается некоторый рост содержания St-90.
Ухудшение качества природных вод в республике связано в первую очередь со сбросами в них неочищенных или недоочищенных промышленно-хозяйственных сточных вод, поступлением ливневых и талых вод с урбанизированных территорий, с/х угодий и др. источников загрязнения, не имеющих системы водоотведения и очистки.
Основными путями улучшения качества и восстановления водных ресурсов является предотвращение или значительное уменьшение поступления в естественные водоемы сточных вод, совершенствование систем и методов их очистки, упорядочение землепользования, создание водоохранных зон, борьба с эрозией.