Ниже приведены все вязи ССИВС из файла 4HHB.txt
PGH 249A N 230A O; System 1 D=3.630
PGH 249A N GLU 165A OE2; System 1 D=2.665
PGH 249A N GLU 165A OE1; System 1 D=3.423
PGH 249A O2 HIS 95A NE2; System 1 D=2.659
PGH 249A O2 ASN 10A ND2; System 1 D=3.784
PGH 249A O3 232A N; System 1 D=3.614
PGH 249A O3 LYS 12A NZ; System 1 D=3.552
GLU 165A OE1 CYS 126A SG; System 1 D=3.761
231A N 8A O; System 1 D=2.831
GLU 97A OE1 LYS 12A NZ; System 1 D=3.684
PGH 249A O1 GLU 165A OE2; System 1 D=3.120
PGH 249A O6 232A N; System 1 D=2.631
GLU 97A OE2 LYS 12A NZ; System 1 D=2.597
PGH 249A P PGH 249A O6; System 1 D=1.434
231A O 10A N; System 1 D=2.707
PGH 249A O6 233A N; System 1 D=3.616
PGH 249A P PGH 249A O4; System 1 D=1.530
PGH 249A P PGH 249A O5; System 1 D=1.471
PGH 249A O4 169A O; System 1 D=3.586
PGH 249A O4 211A N; System 1 D=2.762
PGH 249A O4 171A N; System 1 D=2.789
SER 211A OG 169A O; System 1 D=2.623
170A N 166A O; System 1 D=3.536
SER 235A OG 231A O; System 1 D=3.372
SER 235A OG 10A O; System 1 D=3.579
SER 211A OG 174A N; System 1 D=3.501
SER 211A OG 173A N; System 1 D=2.556
SER 211A OG 172A N; System 1 D=3.688
167A N 129A O; System 1 D=2.623
39A O 9A N; System 1 D=2.541
CYS 41A SG 9A O; System 1 D=3.788
41A N 9A O; System 1 D=2.692
41A O 11A N; System 1 D=2.988
GLN 64A NE2 41A O; System 1 D=2.841
GLN 64A NE2 43A N; System 1 D=3.369
GLN 64A NE2 42A O; System 1 D=3.513
60A O 40A N; System 1 D=2.924
62A N 40A O; System 1 D=2.970
GLN 64A NE2 12A N; System 1 D=3.063
GLN 64A NE2 12A O; System 1 D=2.847
90A N 61A O; System 1 D=3.581
122A N 89A O; System 1 D=2.769
89A N 61A O; System 1 D=2.694
Учебное задание 3.
Выделить в субъединице гемоглобина ССИВС Н-связи типа NiH…Oi-4, записать их в текстовый файл и проверить наличие записи в файле.
1)ставим в малой иконке галочку против «NiH…Oi-4», что соответствует основной Н-связи в a-спирали белка и снимают галочку на «Show all».
Происходит пересчет структуры и при повороте структуры выявляется расположение выделенного типа Н-связей - NiH…Oi-4
2) строку Show selected bonds. Появляется табличка, в которой нажимаем ОК. Появляется плакетка с выделенными связями.
Для записи в текстовый файл нажимаем кнопку Save links и в появляющемся окне вписываем название файла с цифрой 1 – 4HHB-1. Записывается тестовый файл 4HHB-1.txt.
Содержание сохраненного файла выглядит следующим образом:
Рис 6. связи типа NiH…Oi-4
Самостоятельная работа
Задание 1:
1. Установить, какой тип структуры является преобладающим в каждом из белков.
2. Установить, имеется ли в предложенных белках кофактор.
3. Установить, связаны ли кофакторы (если они имеются) со структурой ССИВС субъединицы.
4. Установить, состоят ли из белки из субъединиц.
1. а) в белке 7TIM преобладающей является структура серого цвета.
Рис. 7. Прогноз ожидаемой структуры белка 7TIM.
б) в белке ECO RV ENDONUCLEASE (E.C.3.1.21.4) COMPLEXED WITH SUBSTRATE 1 не удалось определить преобладающую структуру. Предположительно из за того что в файле не нанесены данные о структурах (рис. 8)
Рис. 8. Данные о структурах белка ECO RV ENDONUCLEASE.
Рис. 9. Прогноз ожидаемой структуры белка ECO RV ENDONUCLEASE.
2. а) в белке CATALASE имеется кофактор.
Рис. 10. кофактор белка 7TIM.
б) в белке ECO RV ENDONUCLEASE кофактор отсутствует.
3. В белке 7TIM присутствуют ССИВС связанные с кофактором.
Рис. 11. ССИВС связанные с кофактором в белке 7TIM.
4. а)В белке 7TIM присутствует 2 субъединицы.
Рис.12. число субъединиц белка 7TIM
б)в белке ECO RV ENDONUCLEASE присутствует 4 субъединицы.
Рис.13. число субъединиц белка ECO RV ENDONUCLEASE
Практически необходимо выполнить следующее:
1. Сделать принт-файлы для каждого из двух белков на белом фоне в рендеринге <PAPER>
2. На белке, содержащем кофактор (ГЕМ – это тоже кофактор) выделить ССИВС, связанные этим кофактором.
3. Получить текстовый файл с описанием выделенной ССИВС
1. принт-файл для белка CATALASE на белом фоне в рендеринге <PAPER>.
принт-файл для белка ECO RV ENDONUCLEASE на белом фоне в рендеринге <PAPER>.
| № | Код белка | Наименование белка из PDB-файла | Объем полученного txt-файла |
| 7TIM | triosephosphateisomerase | 2 кБ | |
| 1RVA | ECO RV ENDONUCLEASE (E.C.3.1.21.4) COMPLEXED WITH SUBSTRATE 1 2 DNA | 6 кБ |