В период сложившихся феодальных отношений в Японии завершился распад вотчин, ставших тормозом на пути развития производительных сил. Наряду с эти процессом происходило становление княжетв, губернаторы становились одновременно и князьями. Они владели вотчиной жалованного типа и поместьем-княжеством, которое постепенно укреплялось. Если в предшествующий период господствовала вотчина комменданционного типа, то теперь права князя распространялись на все его княжество, где он был полноправным властителем. Губернаторы максимально использовали аппарат местного управления для консолидации своих владений. Князь имел дело не с вотчинной деревней, а с сельской общиной. Оживление деятельности сельской общины проявилось в регулярно созываемых сходках, где обсуждались волновавшие крестьян вопросы. Укрепление сельской общины проявилось в активизации классовой борьбы крестьян. Они боролись за отмену долгов, сокращение налогов, барщины, за смещение вотчинных администраторов, превышавших свои полномочия. Формы борьбы крестьян были довольно многообразны:: тяжбы, подача петиций, уход, мятежи в виде «земельных восстаний», кульминация которых приходилась на конец 20-х годов XV в. Эти «земельные восстания» в силу более высокого социально-экономического развития и увеличения нормы эксплуатации масс были особенно распространены в вотчинных деревнях центрального района Кинай о. Хонсю — в вотчинах, принадлежавших придворной аристократии и храмам. Восставшие крестьяне требовали упразднить заставы на окраинах г. Киото, поскольку они препятствовали им вести торговлю в городе. В провинциальных деревнях, удаленных от центра, восстаний не наблюдалось, что, возможно, определялось возросшей военной силой местных феодалов. «Земельные» повстанцы стали обладателями оружия, полученного в результате их вовлечения в междоусобную борьбу феодалов. Однако в своих военных действиях крестьяне, как правило, не выходили за пределы мест обитания, что археологически подтверждается наличием круговых рвов вокруг сельских общин. Крестьяне не поддерживали борьбу соседей, в чем проявилась ограниченность их мировоззрения. В отдельных случаях они совершали нападения даже на дворец императора в Киото (1447), громили склады столичных ростовщиков (1454, 457), захватывали храмы, чтобы пополнить свои запасы оружия и продовольствия. Об усилившемся влиянии заместителя сегуна и губернаторов свидетельствовали события 1434 г., когда шестой сегун Ёсинори намеревался разгромить монастырь на горе Хиэй, но его заместитель и губернаторы воспротивились этому. Этот конфликт знаменовал обострение противоречий между сегуном и его вассалами. Ёсинори для ослабления оппозиции стал натравливать губернаторов друг на друга и даже казнил некоторых из них. Он самочинно лишал прав законных наследников и жаловал их другим членам семьи, нарушая традицию наследования, чем подорвал свою социальную опору. В довершение всего Ёсинори конфисковал земли у губернатора Акамацу и его сына Сукэясу, которые в 1441 г. его убили.
После гибели сегуна с новой силой вспыхнула борьба между губернаторами. Ранее опальные губернаторы стремились восстановить свое былое положение, а дом Хосокава намеревался захватить должность заместителя сегуна. Борьба среди вассалов сегуна сказалась на ослаблении положения всего дома Асикага.
Ослабление сёгуната стимулировало рост междоусобной борьбы феодалов. Вот почему заключительный 100-летний период сёгуната вошел в историю под названием «эпохи воюющих провинций» (1467-1568).
Обострение междоусобных войн резко ухудшило и без того тяжелое положение крестьян: сократилась площадь обрабатываемой земли, вводились новые налоги, взимались дополнительные поборы, что способствовало росту крестьянских восстаний. Границы «земельных восстаний» расширились до размеров целых провинций, откуда и пошло их наименование — «провинциальные восстания». Крупнейшим из них было восстание в Ямасиро, начавшееся в 1485 г. На первом этапе восстания (1485-1487) в нем активно участвовали все слои крестьян, ремесленники, мелкие торговцы, возчики, низшие самураи. Руководили выступлением зажиточные крестьяне и возчики, тесно связанные с внутренним рынком и пользовавшиеся определенным влиянием. Восставшие избрали специальный орган исполнительной власти — народное совещание — в составе 36 человек, которые ежемесячно выбирали из своей среды главу провинции и созывали общие собрания для решения важнейших дел. Восставшие определили размер налогов (они были снижены примерно вдвое — до 40% урожая), обложили налогами монастырские владения. собранные средства расходовались на содержание органов самоуправления и вооруженных отрядов. Восставшие, создавая народное ополчение, строго следили за порядком и сурово карали нарушителей. Силы повстанцев были столь значительны, что феодалы были вынуждены вывести свои войска за пределы провинции. Убрались из Ямасиро и чиновники сегуна. Крестьяне, организовав самоуправление, заботились о поддержании в хорошем состоянии оросительной системы, ремонтировали дороги, содействовали развитию торговли.
На втором этапе (с 1488 г.) зажиточные крестьяне стали использовать свое руководящее положение в корыстных целях: они снова повысили налоги, установили таможенные заставы. Стремясь уйти от ответственности за участие в восстании, вынашивали план заключения компромиссного соглашения с феодалами, но среди них не было единства — с кем из феодальных группировок вести переговоры. Народное совещание начало противопоставлять себя остальным восставшим, которые перестали его признавать, и осенью 1493 г. оно фактически распалось. Общие собрания перестали собираться, ополчение было дезорганизовано. Вновь назначенный губернатор накапливал силы на границах провинции, а затем перешел в наступление. В 1494 г. были разгромлены последние очаги сопротивления. Недостаточная организованность, раскол среди повстанцев, отсутствие ясных целей борьбы — характерная особенность восстания, в котором ярко проявились черты стихийности крестьянского движения. Значительную роль в поражении восстания сыграла измена части руководства.
Другой формой крестьянских выступлений были так называемые «восстания за аннулирование долгов», объединенные общим лозунгом отмены долгов торговцам и ростовщикам, что свидетельствовало о закабалении крестьян торговым и ростовщическим капиталом.
В XV и особенно в XVI в. широкое распространение получили выступления крестьян под религиозными лозунгами. Недовольство крестьянских масс пытались использовать в своих интересах различные буддийские секты, активно участвовавшие в междоусобных феодальных войнах. Наибольшее влияние в то время среди крестьян имела буддийская секта «Учение об Одном» («Икко»), потому эти выступление именовались «восстаниями Икко». Сторонники этой секты считали, что для спасения души достаточно одно: многократно повторять: «Благословен Амида-будда!» — при этом отнюдь не обязательно отрекаться о мирских благ, что делало это учение чрезвычайно популярным среди трудящихся масс, и прежде всего крестьянства. Восстания секты «Икко получили наибольшее распространение в провинции Микава и продолжались с 1428 по 1580 г. Крупнейшее выступление произошло летом 1532 г., когда повстанцы осадили г. Сакаи, в котором преобладали сторонники секты «Нитирэн», затем повстанцы направились к г. Нара, где жгли и грабили буддийские храмы.
Эти крестьянские выступления под религиозными лозунгами были направлены против местной администрации, представители которой обогащались за счет крестьян и превращались в крупных феодальных земельных собственников. Социальный протест крестьян использовался церковью как для фракционной религиозной борьбы, так и для противоборства светским феодалам.
После поражения этих выступлений победитель-феодал обычно приказывал побежденным «переменить секту», а если последние отказывались это сделать, они подвергались преследованиям и изгонялись за пределы провинции.
Междоусобные войны и крестьянские восстания ослабляли власть губернаторов-князей, которым не удалось превратить контролируемые провинции в личное феодальное владение. Это было обусловлено также ослаблением вассальных отношений, изменой вассалов. На смену выдвинулись князья «сражающихся провинций» — выходцы из провинциальных феодалов. Они окончательно упразднили вотчины и, опираясь на сельскую общину, укрепили свою власть в качестве князя «большого имени» (даймё).