После смерти Хидэеси в 1598 г. с новой силой вспыхнула междоусобная война между третьим объединителем, Токугава, и его противниками, которые сгруппировались вокруг сына Хидэеси — Хидэёри. Потерпев поражение в битве при Сэкигахара в 1600 г., Хидэёри и его сторонники обосновались в г. Осака, который в течение 15 лет был центром оппозиции. В битве при Сэкигахара Токугава впервые использовал лазутчиков-«невидимок». В 1603 г. Токугава Иэясу принял титул сегуна и, основав сёгунат (1603-1867) со столицей в г. Эдо (современный Токио), положил начало военно-феодальной диктатуре наиболее влиятельного самурайского дома того времени.
Хотя сегуны Токугава отстранили императора от политической жизни, они неизменно подчеркивали его религиозный авторитет и утверждали, что их власть санкционирована императором. Стабилизация политического положения была достигнута путем подавления оппозиции князей: часть из них, принявшая христианство была казнена вместе с семьями. У одной трети князей, главным образом юго-западных, земли были конфискованы, другой трети предоставили новые владения, иногда с увеличением земельной площади. Многие противники Токугава были физически уничтожены, у многих князей были конфискованы владения, некоторые из них были перемещены на новые земли. Лишенные средств к существованию, эти низшие слои самурайского сословия были готовы принять участие в любом антиправительственном выступлении — они участвовали в крестьянских и городских восстаниях, становились пиратами, устанавливали контакты с иностранными миссионерами. Конфискованные владения Токугава передавали своим родственникам, и вассалам, создав крупное земельное владение в виде своеобразной гантели, один конец которой составляли земли вокруг Эдо, а другой — в районе Осака. Так была установлена сёгунско-княжеская политическая система, при которой объединение страны все же осталось незавершенным: страна была разделена на более чем 200 княжеств, их правители были полными хозяевами, но центральное правительство сохранило за собой право контроля над феодалами. Они должны были подчиняться общим законодательным мероприятием сёгуната.
Основной земельный фонд был закреплен за сторонниками Токугава и лояльными князьями в качестве их владений. Предоставление такого владения феодалу основывалось на точном учете доходов будущего землевладельца, оцениваемых в продукции риса. Крестьяне были прикреплены к земле и лишены права ее покидать. В случае бегства кого-либо остальные жители пятидворки должны были вносить за бежавшего все налоги и поборы. За побег крестьяне подвергались строжайшим наказаниям. Ремесленники были организованы в цехи, восстановленные дза, построенные на началах монополии производства, наследственности: ремесла и внутренней иерархической структуры (мастер—подмастерье—ученик). Правительство строго регламентировало деятельность цехов и облагало ремесленников тяжелыми налогами. Торговцы объединялись в особые гильдии. Для пополнения казны Токугава ввелгс лицензии, которые продавались цехам и гильдиям. Это мероприятие укрепило юридическое положение как ремесленников, так и торговцев.. Торговля и ремесло в 17 больших городах были изъяты из юрисдикции феодалов, поставлены в прямое подчинение центральному правительству и управлялись специальными градоначальниками. Среди этих го-,родов на первом месте стояли Осака, Киото и Эдо.
Токугавская регламентация оформила некоторые изменения и во внутренней структуре самурайского сословия. Во главе всего дворянства стоял верховный сюзерен, продолжавший носить старое наименование — сегун. Особое положение занимали его ближайшие вассалы, сподвижники за власть. Затем шли «посторонние князья» — феодалы, не связанные с Токугава прямым вассалитетом. Но как первые, так и вторые каждый раз, когда менялся сегун, должны были получить от него подтверждение их прав на владение землей. Над всем аппаратом управления был организован специальный институт надзора — мэцукэ (буквально — «прикрепить око») — чиновники сегуна, соединявший полицейские функции с контролем над деятельностью феодалов, чиновников и учреждений.
Вне четырех сословий находились бесправные «жители поселков», занимавшиеся «нечистыми» профессиями: обработкой кож, уборкой нечистот, захоронением покойников и трупов животных, акушерстврм и актерской деятельностью. Они относились к самым низам феодального общества и их социальное положение было наследственным.
Токугава Иэясу поддерживал отношения с англичанами и голландцами, надеясь при их помощи ослабить влияние испанцев и португальцев, миссионерскую деятельность которых он запретил. В 1630 г. прекращается ввоз европейских, а также китайских книг, где имелось малейшее упоминание о христианстве. Тремя последовательными указами – 1633, 1636, 1639 гг. – сёгунат под угрозой смертной казни запретил японцам покидать пределы страны, а также строить большие суда, пригодные для дальнего плавания. Одновременно страна закрывается для иностранцев. Исключение было сделано для голландцев, участвовавших в подавлении симабарского восстания, и киайцев, торговым судам которых разрешалось в ограниченном количестве заходить в Нагасаки, где на искусственном острове Дэдзима происходил торг.
Политика искусственной изоляции страны от внешнего мира проводилась в течение более двух веков, но она не была полной.