Образование, реорганизация и ликвидация органов военной прокуратуры, определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляется Генеральным прокурором РФ (п. 2 ст. 46 Закона о прокуратуре).
Организационное строительство органов военной прокуратуры, как управленческий процесс, включает в себя установление системы органов, их структуры, состава, численности, штатом, управленческих связей между структурными элементами, разграничение компетенции и распределение полномочий.
Система органов военной прокуратуры является составной частью единой централизованной системы органов прокуратуры РФ (ст. 129 Конституции РФ и п. 1 ст.11, п. 6 ст. 14 Закона о прокуратуре). Она состоит из трех звеньев, находящихся на разных уровнях иерархии (п. 1 ст. 46 Закона о прокуратуре):
высший уровень — Главная военная прокуратура, которая, как отмечалось выше, действует на правах структурного подразделения Генеральной прокуратуры РФ и возглавляется заместителем Генерального прокурора РФ — Главным военным прокурором (п. 6 ст. 14 Закона о прокуратуре);
средний — девять военных прокуратур окружного звена (Восточного, Западного, Центрального, Южного военных округом, Балтийского, Северного, Тихоокеанского флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Московской городской военной прокуратуры), приравненных к прокуратурам субъектов РФ;
низовой уровень, или гарнизонное звено, включает 146 военных прокуратур гарнизонов, три военные прокуратуры ракетных армий и две военные прокуратуры флотилий, которые приравнены к прокуратурам городов и районов. В военных прокуратурах гарнизонного звена по решению Главного военного прокурора могут создаваться прокурорские участки.
Обособленность системы органов военной прокуратуры обусловлена, с одной стороны, спецификой принадлежности объектов надзора к Минобороны России и другим федеральным органам исполнительной власти, в которых предусмотрена военная служба, с другой — прохождением службы прокурорскими работниками военных прокуратур на воинских должностях и в порядке, предусмотренном для военнослужащих (п. 8 ст. 48 Закона о прокуратуре). Кроме этого, финансовое и материально-техническое обеспечение органов военной прокуратуры осуществляется за счет средств, выделяемых федеральным бюджетом на содержание Минобороны России и иных федеральных органов исполнительной власти, поднадзорных военным прокурорам (ст. 50 Закона о прокуратуре).
В связи с этим существует особый порядок реализации приказов Генерального прокурора РФ по вопросам реорганизации военных прокуратур — путем издания директив Генерального штаба Вооруженных Сил РФ и других организационно-распорядительных документов органов военного управления иных министерств и ведомств (п. 2 ст. 46 Закона о прокуратуре).
На военные прокуратуры возложено осуществление функций прокуратуры в местностях, где в силу исключительных обстоятельств не действуют иные органы прокуратуры РФ, а также за пределами Российской Федерации, где в соответствии с международными договорами находятся войска Российской Федерации (п. 1 ст. 46 Закона о прокуратуре). В настоящее время 10 военных прокуратур гарнизонов входят в состав контингентов российских Войск на территории девяти государств (Абхазия, Армения, Беларусь, Казахстан, Киргизия, Молдавия, Таджикистан, Украина, Южная Осетия), где в соответствии с международными соглашениями функционирование каких-либо иных правоохранительных органов России не предусмотрено.
В состав военных прокуратур каждого военного округа, флота входят сама военная прокуратура окружного звена, а также подчиненные ей военные прокуратуры гарнизонного звена. Например, в составе военных прокуратур Балтийского флота находятся: военная прокуратура флота, военные прокуратуры Балтийского, Калининградского, Пионерского, Черняховского гарнизонов и 306-я военная прокуратура гарнизона.
Численность военнослужащих и лиц гражданского персонала органам военной прокуратуры выделяется за счет и пропорционально численности соответственно Вооруженных Сил РФ, других войск и воинских формирований. Численность личного состава органов военной прокуратуры включается в штатную численность Вооруженных Сил РФ, других войск и воинских формирований (п. 13 ст. 48 Закона о прокуратуре).
Задачи (общие и специальные, внешние и внутрисистемные) органов военной прокуратуры реализуются в направлениях их деятельности. Эти задачи организационно возложены на имеющие соответствующие наименования штатные (основные и обеспечивающие) структурные подразделения военных прокуратур (отделы, управления, службы и пр.), а также на внештатные образования (коллегии, аттестационные комиссии, координационные совещания, рабочие группы) и предопределяют конкретные функции этих структурных подразделений, образований и входящих в их состав прокурорских и иных работников.
В соответствии с выполняемыми задачами и направлениями деятельности в Главной военной прокуратуре основными подразделениями являются управления надзора за:
— исполнением законов органами военного управления, воинскими частями и учреждениями (2-е управление);
— исполнением законов при расследовании преступлении (3-е управление);
— исполнением законов о федеральной безопасности (5-е управление);
А также:
— отдел надзора за исполнением законодательства о противодействии коррупции;
— управление обеспечения участия военных прокурором в рассмотрении дел в судах (4-е управление);
— организационное управление (1-е управление).
К штатным подразделениям обеспечения Главной военной прокуратуры относятся: управление кадров; аппарат Главного военного прокурора; служба обеспечения собственной безопасности и физической защиты работников; канцелярия; приемная; финансовый и административно-хозяйственные отделы (ст. 11, п. 1 ст. 45, ст. 46.1 Закона о прокуратуре).
Перечисленные основные структурные подразделения соответствуют основным направлениям деятельности органов военной прокуратуры, предусмотренным п. 2—4 ст. 1 Закона о прокуратуре и ст. 3 Положения о военной прокуратуре, утвержденного Указом Президиума Верховного Совета СССР от 4 августа 1981 г. № 5403-Х (действует в части, не противоречащей законодательству Российской Федерации). Кроме этого, в приказах Генерального прокурора РФ, например в ранее упомянутом приказе Генерального прокурора РФ от 7 мая 2008 г. № 84 «О разграничении компетенции прокуроров территориальных, военных и других специализированных прокуратур» выделяются приоритетные направления деятельности прокуратуры, касающиеся в том числе и органов военной прокуратуры, которые также находят свое отражение в наименованиях структурных подразделении (например, отдел надзора за исполнением законодательства и противодействию коррупции, пресс-служба и др.).