Последнее упоминание о последнем заседании Боярской думы относится к 1704 г. Возникшая в 1699г. Ближняя канцелярия (учреждение, осуществлявшее административно-финансовый контроль в государстве) приобрела первостепенное значение. Реальной властью обладала заседавшая в здании Ближней канцелярии Консилия министров - совет глав важнейших ведомств при царе, управлявший приказами и канцеляриями, обеспечивавший армию и флот всем необходимым, ведавший финансами и строительством (после образования Сената Ближняя канцелярия (1719) и Консилия министров (1711) прекращают свое существование).
Следующим этапом в реформе центральных органов власти стало создание Сената. Формальной причиной послужил отъезд Петра на войну с Турцией. 22 февраля 1711 г. Петр собственноручно написал указ о составе Сената, который начинался фразой: "Определили быть для отлучек Наших Правительствующий Сенат для управления". Содержание этой фразы дало повод историкам до сих пор спорить о том, каким учреждением представлялся Петру Сенат: временным или постоянным. 2 марта 1711г. царь издал несколько указов: о компетенции Сената и правосудия, об устройстве государственных доходов, торговли и других отраслей государственного хозяйства. Сенату предписывалось:
• "Суд иметь нелицемерный, и неправедных судей наказывать отнятием чести и всего имения, то ж и ябедникам да последует"
• "Смотреть во всем государстве расходов, и ненужные, а особливо напрасные, оставить".
• "Денег, как возможно, собирать, понеже деньги суть артерия войны".
Члены Сената назначались царем. В его состав первоначально входило всего девять человек, которые решали дела коллективно. В основу комплектования Сената был положен не принцип знатности, а компетентности, выслуги и близости к царю.
С 1718 по 1722 г. Сенат стал собранием президентов коллегий. В 1722 г. он был реформирован тремя указами императора. Изменен состав, включающий как президентов коллегий, так и сенаторов, коллегиям чуждых. Указом "О должности Сената" Сенат получил право издавать собственные указы.
Круг вопросов, которые находились в его ведении, был достаточно широк: вопросы правосудия, расходы казны и налоги, торговля, контроль за администрацией разных уровней. Сразу же вновь созданное учреждение получило канцелярию с многочисленными отделами - "столами", где работали подьячие. Реформа 1722 г. превратила Сенат в высший орган центрального управления, вставший над всем государственным аппаратом.
Своеобразие эпохи петровских реформ состояло в усилении органов и средств государственного контроля. А для надзора за деятельностью администрации при Сенате была учреждена должность обер-фискала, которому должны быть подчинены провинциал-фискалы (1711). Недостаточная надежность фискалитета привела в свою очередь к возникновению в 1715 г. при Сенате должности генерального ревизора, или надзирателя указов. Главное дело ревизора - "чтобы все исполнено было". В 1720 г. сделан был более сильный нажим на Сенат: предписано было наблюдать, чтобы здесь "все было сделано порядочно, и суетных разговоров, крика и прочего не было". Когда и это не помогло, через год обязанности и генерального прокурора и обер-секретаря возложили на военных: один из штаб-офицеров армии дежурил в Сенате помесячно для наблюдения за порядком, а "кто из сенаторов бранился или невежливо поступал, того дежурный офицер арестовывал и отводил в крепость, давая, разумеется, знать государю".
Наконец в 1722 г. эти функции возложили на специально назначенного генерал-прокурора, который "должен был накрепко смотреть, дабы Сенат в своем звании праведно и нелицемерно поступал", иметь надзор над прокурорами и фискалами и вообще быть "оком государевым" и "стряпчим в делах государственных".
Таким образом, царь-реформатор вынужден был постоянно расширять созданную им специальную систему организованного недоверия и доносительства, дополняя существующие органы контроля новыми.
Однако создание Сената не могло завершить реформы управления, так как отсутствовало промежуточное звено между Сенатом и губерниями, продолжали действовать многие приказы. В 1717-1722 гг. на смену 44 приказам конца XVII в. пришли коллегии. В отличие от приказов, коллегиальная система (1717-1719 гг.) предусматривала систематическое разделение администрации на определенное количество ведомств, что само по себе создавало более высокий уровень централизации.
Сенат назначил президентов и вице-президентов, определил штаты и порядок работы. Кроме руководителей, в состав коллегий входили четыре советника, четыре асессора (заседателя), секретарь, актуариус, регистратор, переводчик и подьячие. Специальным указам предписывалось с 1720 г. начать производство дел новым порядком.
В 1721 г. была создана Вотчинная коллегия, заменившая Поместный приказ, в ведении которой находилось дворянское землевладение. На правах коллегий были Главный магистрат, который управлял городским сословием, и Святейший правительствующий Синод. Его появление свидетельствовало о ликвидации автономии церкви.
В 1699 г. с целью улучшить поступление в казну прямых налогов была учреждена Бурмистерская палата, или Ратуша. К 1708 г. она превратилась в центральное казначейство, заменив Приказ большой казны. В нее вошли двенадцать старых финансовых приказов. В 1722 г. из единой Берг-мануфактур-коллегии выделилась Мануфактур-коллегия, на которую, кроме функций управления промышленностью, были возложены задачи экономической политики и финансирования. За Берг-коллегией остались функции горнодобычи и монетного дела.
В отличие от приказов, действовавших на основании обычая и прецедента, коллегии должны были руководствоваться четкими правовыми нормами и должностными инструкциями. Наиболее общим законодательным актом в этой области был Генеральный регламент (1720), представлявший собой устав деятельности государственных коллегий, канцелярий и контор и определявший состав их членов, компетенцию, функции, порядок деятельности. Последующее развитие принципа чиновной, бюрократической выслуги нашло отражение в петровской "Табели о рангах" (1722). Новый закон разделил службу на гражданскую и военную. В нем было определено 14 классов, или рангов, чиновников. Всякий получивший чин 8-го класса становился потомственным дворянином. Чины с 14-го по 9-й тоже давали дворянство, но только личное.
Принятие "Табели о рангах" свидетельствовало о том, что бюрократическое начало в формировании государственного аппарата, несомненно, победило начало аристократическое. Профессиональные качества, личная преданность и выслуга становятся определяющими для продвижения по службе. Признаком бюрократии как системы управления являются вписанность каждого чиновника в четкую иерархическую структуру власти (по вертикали) и руководство им в своей деятельности строгими и точными предписаниями закона, регламента, инструкции. Положительными чертами нового бюрократического аппарата стали профессионализм, специализация, нормативность, отрицательными - его сложность, дороговизна, работа на себя, негибкость.