В 40-х гг. XIX в. политическая ситуация в Северном Кыргызстане в известной мере определилась. Стала очевидной тенденция к политической консолидации некоторых племен и в то же время к сепаратизму в рамках родовых образований. В 60-е гг. XIX в. противостояние между Кокандским ханством и Россией в Жети-Суу, в том числе и Чуйской долине, стало очевидным. В отличие от южных кыргызов, северные кыргызы в политической жизни Коканд-ского ханства были пассивными наблюдателями. В 1860-1862 гг. манапы ответвления тынай из рода сарыбагыш предприняли попытки активного участия в политике ханства, однако из-за недостаточной ориентации в политических процессах были вынуждены их прекратить. К тому же беспрестанно меняющиеся ставленники на трон не внушали особого доверия.
В начале 60-х гг. царское правительство решило окончательно завершить присоединение к России кырг. родов чуйских предгорий, но для этого русским войскам необходимо было покорить крепости Коканда, расположенные в долине. Царские войска под командованием Циммермана 23 августа 1860 г. вышли из Верного, 26 августа захватили крепость Токмок и 28 августа полностью разрушили ее. Сто сарбазов из крепости были взяты в плен. В тот же день на место действия прибыл отряд казаков во главе с А. Колпаковским. На следующий день объединенное войско вышло в направлении Пишпека. 31 августа была взята и эта крепость. Большую часть ее разрушили, 627 сарбазов во главе с Атабеком-датка и Алишером-датка сдались. Стычки между русскими войсками и кокандцами завершились сражением, которое произошло 20 октября 1861 г. у пикета Узун-Агач в распадине Кара-Кастек. Известный Алымбек-датка со своим отрядом в этой битве не участвовал. В ходе военных действий русские войска под командованием А.Г. Колпаковского нанесли кокандцам значительные потери и заставили их отступить. В бою с русскими войсками геройски сражался отряд кыргызских джигитов под началом Шабдана Жантай уулу Летом 1862 г. Байтик Канай уулу - видный манап рода солто, населявшего Чуйскую долину от Пишпека до Таласа, начал борьбу против кокандского акима Рахматуллы. Байтик-баатыр хитростью заманил Рахматуллу на той и убил. После этого кыргызы несколько дней безуспешно осаждали крепость Пишпек. Видя тщет ность своих попыток, Байтик послал младшего брата Сатылгана в Верный к А. Г. Колпаковскому за помощью. Давно готовившийся к окончательному присоединению Северного Кыргызстана к России, командующий русскими войсками немедленно отдал приказ к выступлению и 13 августа прибыл с войсками к крепости Пишпек. В результате совместных действий русских войск и отряда кыргызов, возглавляемого Байтиком, 24 августа крепость была взята и за два дня разрушена.
Переселившиеся в Талас кыргызы покорились России лишь в 1865 г. Вслед за ними власть русских признали и коренные жители Таласа - роды саруу и кушчу.
Таким образом, присоединение чуйских и таласских кыргызов к России проходило как в добровольном порядке, так и насильственным путем.
Присоединение кыргызов Тенир-Тоо к России, как и других регионов Северного Кыргызстана, проходило в противоречивых и сложных социально-политических условиях. Открыто боролся с русским засильем крупный сарыбагышский манап Уметаалы Ормон уулу. Громя отдельные отряды русских войск, он 19 июня 1863 г. близ крепости Куртка в урочище Эки-Чат напал на подразделение подпоручика Зубарева, насчитывавшее около 40 солдат. Только подоспевшая через два дня помощь помешала джигитам Уметаалы разбить этот отряд.
Большое значение в реализации стратегических планов присоединения Тенир-Тоо имело вхождение в протекторат России кыргызского рода черик. Род занимал террито рию от реки Нарын до гор Куйко-Турпан на юге, берега реки Как-шаал и далее через долины Ат-Баши, Арпа, Аксай вплоть до Кашгара. В 1864—1865 гг. в состав России были включены проживавшие в верховьях Нарына бугинцы-тынымсойиты, а также саяки, занимавшие окрестности Кочкора, Жумгала, Кетмен-Тюбе. Однако са-рыбагыши, которыми правил Уметаалы, вплоть до 1867 г. продолжали оказывать сопротивление русским властям. И, только поняв бесполезность борьбы, Уметаалы подчинился.
Присоединение Россией северных кыргызов в течение 1863 — 1868 гг. было завершено окончательным утверждением Российского правления. Также очень трудным был процесс присоединения Южного Кыргызстана.Он сопровождался с народными восстаниями.
Всенародное восстание жителей Ферганского региона в 1873 -1876 гг. известно в истории под названиями "народное движение", "восстание Полот-хана", "Кокандское восстание". Возглавлял это восстание Исхак Асан уулу под именем Полот-хан.
Народное восстание 1873-1876 гг. можно разделить на два временных этапа. Первый этап, охватывающий 1873-1874 гг. Ни один кыргызский или кыпчакский род не остался в стороне от восстания 1873-1874 гг., продолжавшегося полтора года. В исторических источниках указываются представители 42 родов, насчитывающих 132 тыс. юрт. Весной 1875 г. начался второй этап движения, охвативший 1875-1876 гг. Увеличение ханом Кудаяром размера податей в три раза послужило новым толчком к развитию этого народного движения. Второй этап восстания отличался от предыдущего как по своим целям и характеру, так и по масштабам, национальному составу участников. В 1875 г. Полот-хан перешел из Чаткала в Лейлек. Здесь он продолжал руководить восстанием, которое к июлю переросло в Узгене во всенародное движение. В него включились представители и других народов - кыпчаков, узбеков, турок, таджиков.
24 июля 1875 г. в кишлаке Сары-Талап близ Коканда был объявлен ханом Насир-дин-бек. Хана Полота феодалы-заговорщики во главе с Абдырахман-аптабачи арестовали и бросили в темницу. Позже Полоту удалось бежать и уйти в Чаткал. 9 октября Полот-хан занял Коканд. Насирдин-хан бежал в Ход-Жент. В октябре повстанцы перешли к активному противодействию войскам русских.
Российские войска 8-10 января взяли Андижан. В этом штурме было убито около 20 тыс. человек. 18 января полностью была занята местность Асаке. Силы восставших были подорваны. Видя невозможность дальнейшего сопротивления русскому оружию, Аб-дырахман-аптабачи 24 января сдался М.Д. Скобелеву. Полот-хан был вынужден бежать в Чон-Алай. В результате 8 февраля 1876 г. русские войска под его командованием окончательно завладели Кокандской ордой. 19 февраля царь Александр II подписал указ о ликвидации Кокандского ханства. Плененный в этот день Исхак-Полот-хан по приказу К.П. Кауфмана был повешен 1 марта на центральном базаре Маргалана. На месте бывших владений Кокандского ханства была образована Ферганская область. Вновь назначенный военный губернатор Ферганской области Скобелев задался целью до корней истребить остатки восстания и неуклонно продолжить захватническую политику царизма. Для этого он организовал так называемую Алайскую научно-военную экспедицию.
Борьбу свободолюбивых алайских кыргызов возглавили сыновья Алымбек-датка и Курманжан-датки - Абдылдабек, Батырбек, Мамытбек, Асанбек. Ввиду тяжелых условий ведения военных действий в Алайских горах эта экспедиция по своей сложности, а также политическому и стратегическому значению была равноценна баталиям 1875-1876 гг. во всей Ферганской долине. В схватках с регулярными русскими войсками восставшие оказывали упорное и самоотверженное сопротивление. Курманжан-датка была вынуждена приехать в Чон-Алайский лагерь М.Д.Скобелева. На Скобелева произвели большое впечатление ум и проницательность датки, за что он назвал ее "Алайской царицей". На этой встрече Курманжан выразила покорность русским властям и была вынуждена содействовать переводу своих сыновей в русское подданство.