Смутное время кончилось, но тяжелые следы его долго не изглаживались в русской жизни. В первые годы царствования Михаила шайки воровских казаков и литовцев ходили по всем областям, производя опустошения. Монастыри и церкви подвергались разграблению и разорению. Церковный порядок пришел повсюду в расстройство, а от наплыва на Русь иноземных, католических и протестантских влияний ослабела и религиозная жизнь, особенно в высших классах. Между тем от самой смерти Гермогена до 1619 года Русская церковь оставалась без патриарха. После смерти Ефрема Казанского, венчавшего царя Михаила на царство, с конца 1613 года церковными делами управлял митрополит Иона Крутицкий, человек мало к тому способный как по своему недальнему образованию, так и по недостаткам своего мелочного, упрямого и мстительного характера. Главный кандидат на патриаршество митрополит Филарет (помним, что он отец михаила фед) был в плену и не желал, чтобы ради его освобождения была уступлена Польше хоть одна пядь земли Русской. Он воротился в Москву уже после заключения мира и по обоюдному (с обеих сторон) размену пленников. С ним возвратились и воевода Шеин с архиепископом Сергием; Шуйский и Голицын умерли в плену. Царь радостно встретил своего родителя и сделал его патриархом, воспользовавшись для его поставления (в июне 1619 г.) пребыванием в Москве патриарха Феофана иерусалимского.
Патриаршество Филарета было временем полного развития патриаршей власти. Оставаясь главным, начальным человеком в России, русский первосвятитель еще во время междуцарствия успел возвратить себе высокое государственное значение, которое было подорвано при Грозном. При царе Михаиле, когда русским первосвятителем сделался отец самого царя, патриарх получил уже прямо царский титул "великого государя," и наступило время полного государственного двоевластия. Все распоряжения верховной власти выходили от имени обоих великих государей; обоим делались доклады, обоим представлялись иностранные послы. Великий государь патриарх был постоянным пособником и руководителем великого государя царя во всех государственных делах. Β смутное время ослабело даже предание самодержавной власти прежних царей - есть известие, что молодой Михаил был ограничен в своей власти боярами и земским собором. Филарет, как опытный боярин времен Грозного, снова восстановил это предание Рюриковичей и передал его дому Романовых. При дворе не стало при нем никаких других сильных лиц, кроме самих великих государей. Своими строгими мерами к восстановлению государственного порядка патриарх получил репутацию человека сурового, опальчивого и властительного; говорили, что его побаивался даже сам великий государь царь, как почтительный сын его. Таким же властительным являлся он и в своем церковном управлении. В делах церкви он мало был сведущ - не к ним он готовился смолоду; но он принес много пользы для внешнего возвышения церкви. Церковный суд, например, не стеснялся при нем ни перед какими сильными лицами. Своей царственной обстановкой патриарх придал особенное величие и своему сану.
Двор патриарший был устроен по образцу царского. Сильный отец царя завел у себя все чины и должности широкого дворцового обихода. Тут были свечники, чашники, скатертники, повара, хлебники, пивовары, истопники, конюхи, иконописцы, серебряники и другие мастера, певчие дьяки трех станиц, книгописцы и разные должностные лица по патриаршему управлению - бояре, окольничие, стольники, стряпчие, тиуны, дети боярские, дворяне, дьяки, десятильники и другие. Со времен Филарета появились и указанные выше патриаршие приказы. Обширная патриаршая епархия была и прежде привилегированнее всех других, но в ней до сих пор еще оставались разные сильные монастыри, помимо патриарха подчинявшиеся, в силу несудимых грамот, суду самого царя или приказа большого дворца. Β 1625 году патриарх выпросил у царя жалованную грамоту, по которой все духовенство его епархии, монастыри и церкви с своими слугами и крестьянами подчинены были гражданскому суду одного патриарха и только в исках на посторонних имели дело с приказами, где ведомы были ответчики. Β управление патриаршей епархии этим вносилось больше единства и порядка.
Соборы: 1620 г., подтвердивший сложившийся к тому времени на Руси обычай перекрещивать католиков и протестантов при их присоединении к Православию; 1654 г., отменивший это решение Собора 1620 г. и начавший по инициативе Патриарха Никона исправление церковных книг;