В январе 1942 года был создан Крымский мусульманский комитет, позднее переименованный в Симферопольский мусульманский комитет. 3 января 1942 года состоялось его первое заседание, в котором приняли участие офицеры вермахта, СД и представители татарских общин. Комитет направил Гитлеру верноподданническое послание: «Татары Крыма готовы по Вашему зову бороться вместе с германской народной армией на любом фронте. В настоящее время в лесах Крыма находятся партизаны, еврейские комиссары, коммунисты и командиры, которые не успели бежать из Крыма. Для скорейшей ликвидации партизанских групп в Крыму, мы убедительно просим Вас разрешить нам, как хорошим знатокам дорог и тропинок крымских лесов, организовать из бывших кулаков, стонущих уже в течение 20 лет под гнетом еврейско-коммунистического господства, вооружённые отряды, руководимые германским командованием. Заверяем Вас, что в самый короткий срок партизаны в лесах Крыма будут уничтожены до последнего человека». В борьбе с партизанами татары играли очень важную роль: хорошо зная местность, татары служили проводниками германских войск. Но они старались брать на себя и более активную роль, и вскоре под немецким руководством были созданы вооружённые формирования крымских татар – отряды самообороны. К концу декабря 1941 года им удалось завербовать в эти группы, отряды до 14 тыс. чел. из татарского населения, главным образом из мужчин призывного возраста.
К февралю 1942 года число вооружённых коллаборацинистов из числа крымских татар достигло около 19 тыс. человек: части 11-й армии и ротах СД (около 10 тыс. человек), участники отрядов самообороны (около 4 тыс. человек) и около 5000 резервистов. Со второй половины января по июль 1942 года крымско-татарские подразделения были главной антипартизанской силой. Помощь крымских татар отметил даже сам Гитлер: 24 мая 1942 года в своём выступлении в рейхстаге он заявил: «в частях германской армии, наряду с литовскими, латышскими, эстонскими и украинскими легионами, принимают участие в боях с большевиками также татарские вспомогательные войска…»
В ноябре 1943 года крымская группировка германских войск была отрезана от основных сил вермахта с суши. В апреле 1944 года началось освобождение Крыма КраснойАрмией. В это же время из татарских военнопленных был создан Татарский горно-егерский полк СС (нем. Tataren-Gebirgsjäger-Regiment der SS). Его создание и подготовка начались на учебном полигоне Мурлагер в Германии. 8 июля 1944 года полк был переформирован в Татарскую горно-егерскую бригаду СС. Бригадой командовал штандартенфюрер СС В. Фортенбах. В середине июля 1944 года бригада была переведена из Германии в Венгрию, где проходила дальнейшую подготовку и несла гарнизонную службу. В это время состав бригады входили: 11 офицеров, 191 унтер-офицер и 3316 рядовых – всего 3518 человек. После освобождения Крыма все факты коллаборационизма стали известны, и 11 мая 1944 года вышло постановление ГКО № ГОКО-5859 в котором, в частности указывалось: «в период Отечественной войны многие крымские татары изменили Родине, дезертировали из частей Красной Армии, обороняющих Крым, и переходили на сторону противника, вступая в сформированные немцами добровольческие татарские воинские части, боровшиеся против Красной Армии; в период оккупации Крыма немецко-фашистскими войсками, участвуя в немецких карательных отрядах, крымские татары особенно отличились своими зверскими расправами по отношению к советским партизанам, а также помогали немецким оккупантам в деле организации насильственного угона советских граждан в германское рабство и массового истребления советских людей».
Операция по депортации началась рано утром 18 мая 1944 года и закончилась в 16:00 20 мая. Для её проведения были задействованы войска НКВД в количестве более 32 тысяч человек. Депортируемым лицам отводилось от нескольких минут до получаса на сборы, после чего их на грузовиках транспортировали к железнодорожным станциям. Оттуда эшелоны с конвоируемыми отправлялись к местам ссылки. Выселению подверглись 193 865 человек. Из них 151 136 было направлено в Узбекистан, 4.286 – в Казахстан, а остальные в различные регионы РСФСР. Во время операции по выселению было изъято: минометов – 49, пулеметов – 622, автоматов – 724, винтовок 9888 и патронов – 326887. Режим спецпоселения для крымских татар был боле жёстким, чем для других народов, а когда чеченцам, ингушам и карачаевцам Хрущёв разрешил вернуться на родину, татары этого права не получили. Вернуться в Крым им разрешил уже Горбачев в 1989 году.