Во время богослужения, когда раку преподобного вынесли на улицу и начали обносить вокруг храма, налетела страшная буря с грозой.
31 июля 2000 г. после вхождения Патриарха Алексия Второго в Троицкий собор сразу же закрыли все двери, хотя внутри храма было почти пусто. Простой народ, несколько сот человек, слушали праздничное вечернее богослужение через динамики под проливным дождем и ветром. Ночью сверкали молнии, громыхал гром, разразилась буря, которая усилилась во время утренней литургии 1 августа. В завершение при крестоцеловании, даваемом Патриархом Алексием Вторым прихожанам, был внезапно, как и присутствующие, удивлен, увидев, как потоки воды, смывая известь со стен собора, лились из- под купола на прихожан. Взрывались лампы-миньоны на паникадилах, осколки сыпались вниз, в том числе и на Святейшего. Черные тучи нависли рад монастырем. В связи с этим стихийным бедствием не удалось пройти с мощами и иконой преп. Серафима (ее несли казаки) по 
Канавке Царицы Небесной. Обошел Крестный ход лишь вокруг Троицкого собора. Многие плакали, понимая, что через непогоду Господь нам устроил праздник. Такая же непогода была три дня на ПАСХУ. В Дивеево шел снег 30 апреля, 1 и 2 мая 2000 г. стояла холодная погода, ветер срывал с некоторых зданий монастыря листы железа с крыш.
Свидетельство участиника: «Когда мощи несли рака так нагрелась, что ее невозможно было нести, руки обжигала».
Cильнейший ветер рвал из рук людей иконы и хоругви. Кого-то закрутило, кто-то закричал и крестному ходу была дана команда: «Бегом!» Теряя обрамление и крестики с хоругвей, крестный ход еле успел обогнуть Троицкий собор и забежал в храм. Но сам патриарх и его окружение попали под ливень и мгновенно вымокли! Кто-то из блаженных увидел в небе Лик разгневанного Господа. И в этот момент раздался оглушительный раскат грома и ярчайшая молния ударила в центральный купол Троицкого собора и несмотря на громоотводы, пустое подкупольное пространство и кирпичный свод, змейкой дошла до паникадила и рассыпалась над установленной внизу ракой с мощами!!!
Свет в храмах погас! Но и до этого многие лампочки паникадила уже начали лопаться из-за врывающегося в открытые окна ливня, превратившегося на улице в одну сплошную ревущую отвесную стену. Такого еще никогда не было! Апокалипсис не просто приблизился, а стал реальностью!
В Дивееве православные убеждены, что прославлению Царской семьи помогло чудесное вмешательство прп. Серафима Саровского. По преданию, он говорил: «Царь, который прославит меня, того и я прославлю». И вот как преподобный это сделал. В том самом 2000 году накануне юбилейного Архиерейского Собора МП в день обретения мощей прп. Серафима в Свято-Троицком соборе Дивеевского монастыря совершалось торжественное богослужение во главе с Алексием II. 
Из нескольких городов пришли крестные ходы, однако их не впустили в храм с иконами "непрославленного" Царя. Погода не внушала никаких опасений, однако во время патриаршего крестного хода вокруг собора с мощами преподобного внезапно налетела грозовая буря, разметавшая хоругви и клобуки духовенства. Процессия поспешила укрыться в храме, однако и там внезапно разлетелось окно под куполом и в храм полилась вода. Лампочки на паникадиле стали лопаться, осыпая духовенство стеклом, у Алексия II, державшего речь, отказал микрофон. После чего, по свидетельству очевидцев, растерянный первоиерарх тихо произнес: «Надо прославлять».
Всегда, какая бы не была плохая погода, в Дивеево 1 августа тепло и ярко светит солнце. В этот год на праздник в Серафимо-Саровский монастырь собрались около 30 тысяч паломников. Присутствовал Патриарх Алексий II и собирался прилететь Президент России. Как всегда светило солнце до тех пор, пока мощи Серафима Саровского не вынесли из храма, 
Патриарх собрался было служить молебен, а в небе появился вертолет, на котором летел президент. В считанные секунды небо потемнело от туч, хлынул проливной дождь, засверкали молнии, подул ураганный ветер. Из-за порывов этого ветра вертолет с Президентом не смог приземлиться в Дивеево и, развернувшись в воздухе, улетел обратно в Нижний Новгород.
Мощным порывом ветра опрокинуло Московского Патриарха Алексия II, и хотя у самой земли его подхватили на руки стоявшие рядом священники, тем не менее, Патриарший головной убор - куколь - свалился на землю. После этого вновь выглянуло солнце, а стоявшие поближе к народу священники и монахи, стали говорить, что не угоден Богородице в Дивеево Алексий II. Верующие миряне высказывались еще проще – «Уволила Царица Небесная Патриарха».