Методология Спенсера включает классификацию и типологию эволюционных процессов. Классификация располагает все общество по шкале сложности структуры и функциональной организации от «малого простого агрегата» до «большого агрегата». На начальном этапе общество характеризуется преобладанием непосредственных связей между индивидами, отсутствием специальных органов управления и т.д. По мере развития формируется сложная структура, социальная иерархия; включение индивида в общество опосредовано принадлежностью к меньшим общин (род, каста и др..). Типология основана на конструировании двух полярных идеальных типов (моделей), с помощью которых выясняются направленность и этапы эволюции, в определенной мере решается проблема преобладающего типа развития. Спенсер выделяет два типа обществ: военные и промышленные. Военный и промышленный типы общества Спенсер характеризует прямо противоположными социальными свойствами. Зная социальную структуру, формы политического устройства, особенности социальной организации военного типа, можно прогнозировать соответствующие характеристики будущего промышленного общества.
Военное общество подчиняет внутреннюю организацию цель борьбы за выживание или агрессии. Классическим примером такого общества Спенсер считает Спарту. Для военного общества характерны доминирование коллективной цели над индивидуальными, жесткая организация и система принуждения, иерархическая структура управления, господство военной касты, наследование власти, высокий уровень сплоченности, дисциплины, религиозность сознания и др.. Военные институты распространяют влияние на все сферы общественной жизни, поощряют воспитание патриотизма, лояльности, конформизма, готовности к самопожертвованию. Военизированные общества создают эффективно функционирующую систему, которая, однако, мало приспособлена к социальным изменениям. Такие общества консервативны, и в этом главная причина гибели могущественных милитаристских государств и империй.
Промышленное общество характеризуется противоположными признаками. Реально такие общества только начинают формироваться (Англия и др.)., Но многие их черты можно предсказать. Спенсер рисует картину будущего промышленного общества, впечатляющую глубиной научного предвидения. В новом обществе управление децентрализовано и строится на принципах самоорганизации и самоуправления, широкое распространение получают различные неформальные объединения, подчинение индивида государству заменяется охраной прав человека, позитивное управление уступит место негативному (по принципу «Все, что не запрещено, разрешено»), единство идеологии сменится плюрализмом, вознаграждаться будет не должность, а труд, общества станут открытыми для международного сотрудничества, восприимчивыми к инновациям, сословное право сменится гражданским, сфера общественного контроля будет ограничена, а область частной жизни станет шире и др..
Совокупность факторов эволюции Спенсер делит на «первичные» и «вторичные». К первым относит факторы географической среды, биологическую и психическую конституцию индивида. Ко вторым - то, что Гегель назвал «второй природой». Хотя действие привычных факторов сохраняется на протяжении всей эволюции общества, в ходе ее продвижения возрастает и становится решающей роль «второй природы», то есть культуры. К первичным (природным) свойствам человека добавляются качества, связанные с участием в общественной жизни. Однако эта плодотворная идея не получила развития, так как противоречила антиисторическим установкам эволюционизма, согласно которым истории как таковой не существует вообще, а есть только логика вечных законов эволюции, не допускающих волевого вмешательства.
Его философская система оказалась очень тесно связанной с духовной и интеллектуальной атмосферой викторианской эпохи. Другой причиной падения популярности Спенсера явилось то, что созданная им интеллектуальная конструкция была последней попыткой создания всеохватывающей философской системы. Эта форма интеллектуального творчества окончательно изжила себя к концу XIX века. Социальную почву, на которой росли такие системы, исчез вместе с развитием науки и индустриального способа производства. Спенсер опирался на огромный фактический материал, большая часть которого быстро устаревала. Однако стремление Спенсера выйти за рамки абстрактных рассуждений по поводу общества, широко использовать данные общественных и естественных наук способствовали формированию новых стандартов научной деятельности в социологии. Спенсер был последователем Конта, но его обучения принципиально отличалось ориентацией на индивидуализм и социологический номинализм. В социологии Спенсера гораздо сильнее выражена натуралистическая тенденция. Вся его теоретическая система была насыщена внутренними противоречиями.