С июня 1848 года Национальное собрание должно было решать сложную проблему, доставшуюся ему по наследству от Бундестага – проблему Шлезвиг-Гольштейна. Оба герцогства были связаны личной унией с датской короной, но при этом Гольштейн входил в Германский союз, а Шлезвиг – нет. Если Гольштейн был заселен преимущественно немцами, то в Шлезвиге ситуация была сложнее: на севере большинство составляли датчане, на юге – немцы, и права на весь Шлезвиг предъявляло как датское национальное движение, так и немецкое. Простое отделение герцогств друг от друга противоречило условиям международного договора 1460 г. (Рипенского), в котором были зафиксированы и права датского короля.
В предмартовский период немецкое национальное движение в Шлезвиге и Гольштейне требовало собственной общей конституции и независимого от Копенгагена правительства, чтобы таким образом обеспечить герцогствам самостоятельность. Но в то же время датское национальное движение выдвинуло требование включить весь Шлезвиг в датское государство. То, что в Шлезвиге и Гольштейне существовало разное право наследования престола, делало проблему еще более запутанной. В конечном итоге, в шлезвиг-гольштейнском вопросе в непримиримое противоречие пришло староевропейское династическое право и процессы национально-государственного строительства.
После того, как новый датский король в начале 1848 г. заявил о желании присоединить Шлезвиг к Дании, в герцогствах поднялась волна протеста. В Киле было сформировано временное правительство для обоих герцогств; оно обратилось в Бундестаг с просьбой присоединить Шлезвиг к Германскому союзу. Жители Шлезвига приняли участие в выборах в Национальное собрание. По просьбе кильского правительства Бундестаг принял решение о вооруженном выступлении против Дании. От имени Германского союза войну с Данией начала Пруссия. Национальное собрание 9 июня подтвердило решение Бундестага. В специальном постановлении было заявлено, что война за Шлезвиг и Гольштейн является «делом всей немецкой нации».
Война с Данией развивалась успешно для Пруссии и была чрезвычайно популярна в Германии. Но датско-германский конфликт, экспансия рождающегося немецкого национального государства за границы Германского союза создавали угрозу Венской системе международных отношений и не могли не вызвать реакцию великих держав. Под давлением Англии и России Пруссия отступила. 26 августа она заключила в Мальмё перемирие с Данией, которое предусматривало освобождение герцогства от германских войск, ликвидацию временного правительства в Киле, отмену всех его решений. Пруссия заключила это перемирие в одностороннем порядке, без согласования с Паульскирхе и правительством. Тем самым Пруссия нарушила закон, по которому вопросы войны и мира и договоров с иностранными государствами должно было решать центральное правительство по соглашению с Национальным собранием. Таким образом, Национальному собранию и правительству был продемонстрирован действительный объем их власти.
Перемирие в Мальмё вызвало в стране острый политический, так называемый «сентябрьский» кризис. В общественном мнении поднялась буря возмущения «предательством» Пруссии. В самом Национальном собрании по вопросу о перемирии развернулись бурные прения. Угроза европейской войны и разрыва с Пруссией пугала многих депутатов. В конечном итоге, 16 сентября 1848 года большинством в 21 голос перемирие было ратифицировано.
При первых сообщениях о результатах голосования начались массовые собрания в ряде городов, в том числе во Франкфурте. Для защиты депутатов в город были введены прусские, австрийские и гессенские войска. 18 сентября стычки с солдатами переросли в уличные бои, но в тот же день франкфуртское восстание было подавлено. Однако оно нашло живой отклик в Юго-Западной Германии, например, в Бадене, где была предпринята новая попытка республиканского восстания. Сентябрьский кризис сопровождался сменой центрального правительства.
Проблема Австрии
Вопрос о границах будущей единой Германии включал в себя еще одну чрезвычайно сложную проблему – проблему Австрии. Большинство депутатов Паульскирхе занимало великогерманскую позицию: Австрия должна была войти в состав Германской империи. Но среди великогерманцев не было единства по вопросу, с какими территориями она войдет. Существовало два проекта. Первый предполагал включение только тех австрийских областей, которые входили в Германский союз («проект семидесяти»). Но это означало, что территория Австрии будет разделена на две части – имперскую и неимперскую, одна из которых будет иметь имперские органы власти, законодательство, суд, армию и т. д., а вторая свободна от этого. В результате, даже при формальном сохранении государственного единства, Австрия превратится в скрепленный личной унией союз.
Второй проект предусматривал включение всех территорий Австрии в состав Германской империи. В результате должно было образоваться центрально-европейское государство с 70 млн жителей. Но такое государство, как считали авторы проекта, не могло быть ничем иным, как только союзом государств. Речь, по сути, шла об изменении границ Германского союза при его сохранении. Но эта идея была неприемлема как для немецкого политического общества, так как перечеркивала его надежду на национальное единство, так и для остальных народов, так как в будущем государстве они составляли бы меньшинство. 27 октября Национальное собрание проголосовало за «проект семидесяти». Голосование поставило Австрию перед альтернативой: или войти в Германскую империю ценой государственного единства или сохранить государственное единство ценой исключения из империи. Победа контрреволюции в Австрии осенью 1848 г. усилила решимость австрийского правительства отклонить франкфуртский план. 27 ноября Феликс Шварценберг от имени австрийского правительства сделал заявление, которое явилось поворотным пунктом в конституционном развитии революционного периода. Смысл заявления состоял в следующем: Австрия останется единым государством, она по-прежнему будет частью германского мира, но одновременно – и частью Европы. Не следует торопить естественный ход событий. В перспективе предусматривалось создание Двойного союза (Doppеlbund) из «обновленной Германии и обновленной Австрии». Но этот союз должен быть оформлен в виде межгосударственного соглашения.