Внешняя политика за время правления Бориса отличалась осторожностью и преимущественно мирным направлением, так как Борис по характеру своему не любил рискованных предприятий, да и страна после Грозного нуждалась в мире. С Польшей, от которой в предыдущее царствование понесли тяжелые поражения, старались поддерживать мир, хотя и путем перемирий, а в 1586 г., когда скончался король Стефан Баторий, была сделана попытка, впрочем, не удавшаяся, устроить избрание в польские короли царя Федора Иоанновича.
С Швецией в 1590 г., когда убедились, что Польша не окажет ей помощи, начали войну, причем сам царь выступал в поход в сопровождении Бориса и Федора Никитича Романова. Благодаря этой войне, были возвращены отнятые шведами при Иоанне Грозном города: Ям, Иван-город и Копорье, а по миру 1595 г. Корела, и получена половина Лапландии.
Деятельные сношения велись с Австрией, которой помогали против Польши и турок. Отношения к крымским татарам были натянутые, вследствие их частых набегов на южную окраину. Летом 1591 г. крымский хан Казы-Гирей с полуторастотысячной ордой подошел к самой Москве, но, потерпев неудачу в мелких стычках с московскими войсками, отступил, причем бросил весь обоз; дорогой хан понес большие потери от преследовавших его русских отрядов. За отражение хана Борис, хотя главным воеводой был не он, а князь Ф. Мстиславский, получил наибольшие из всех участников похода награды: три города в Важской земле и звание слуги, которое считалось почетнее боярского. За этот неудачный поход татары отплатили в следующем 1592 г. нападением на Каширские, Рязанские и Тульские земли, причем увели много пленных. В 1594 г. с ханом был заключен мир, но отношения оставались неопределенными.
С Турцией московское правительство старалось сохранить по возможности добрые отношения, хотя действовало вопреки турецким интересам: поддерживало в Крыму враждебную Турции партию, старалось возбудить персидского шаха против Турции, посылало цесарскому двору субсидии деньгами и мехами на войну с турками. В 1586 г. кахетинский царь Александр, теснимый, с одной стороны, турками, с другой персиянами, отдался под покровительство России. Ему послали священников, иконописцев, огнестрельные снаряды и возобновили крепость на Тереке, построенную при Грозном; оказали помощь против враждебного Александру тарковского владетеля, но защищать против турок не решались. Англичанам, которые пользовались особенным расположением Бориса, в 1587 г. позволено было торговать в России беспошлинно вольной торговлей, но в то же время отказано в их просьбе воспретить другим иноземцам торговлю в России.
В высшей степени замечательна деятельность Бориса по отношению к окраинам Московского государства, как колонизатора и строителя городов. В земле черемисов, усмиренных в начале царствования Феодора, для предупреждения восстаний на будущее время, был построен ряд городов, населенных русскими людьми: Цивильск, Уржум, Царев, город на Кокшаге, Санчурск и др. Нижняя Волга, где опасность представляли ногаи, была обеспечена постройкой Самары, Саратова и Царицына, а также постройкой в Астрахани в 1589 г. каменной крепости. Был построен город и на отдаленном Яике (Урале).
Для защиты от опустошительных набегов крымцев Борис воздвиг крепости на южной степной окраине: Курск (возобновлен), Ливны, Кромы, Воронеж, Белгород, Оскол, Валуйки, под прикрытием которых только могла идти на юг русская колонизация. Насколько эти укрепления были неприятны татарам, видно из грамоты крымского хана Казы-Гирея, в которой хан, притворяясь доброжелателем московского правительства, убеждает не строить городов в степи, так как они, находясь близко от турецкой и татарской границы, могут тем легче подвергнуться нападению, как со стороны турок, так и татар.
В Сибири, где по смерти Ермака (6 августа 1584 г.) и по уходе обратно за Урал казацкой дружины русское дело казалось проигранным, правительство Федора Ивановича восстановило русское господство. И здесь русская колонизация была упрочена постройкой городов: Тюмени, Тобольска, Пелыма, Березова, Сургута, Тары, Нарыма, Кетского острога и переводом поселенцев из России, преимущественно северо-восточной.
Во время правления Бориса также усилено укрепление Москвы постройкой Белого города (в 1586 г.), и воздвигнуты в 1596 г. каменные стены Смоленска, сослужившие великую службу в Смутное время. Ко времени правления Бориса относится учреждение патриаршества (1589), которое сравняло первосвятителя русской церкви со вселенскими восточными патриархами и дало ему первенство пред митрополитом киевским. Вместе с тем, 4 архиепископии были возведены в достоинство митрополий: Новгородская, Казанская, Ростовская и Крутицкая: 6 епископов сделались архиепископами, и предположено вновь открыть 8 епископий.
Внутренняя политика умного правителя имела целью водворение порядка и справедливости, восстановление мощи и благосостояния. Страна уже начинала "от скорби большие утешатися и тихо и безмятежно жити". Во взаимной борьбе классов Борис встал на сторону мелкого служилого люда. Современники говорят о "досадах" его "величайших". Это проявлялось и в области политической - Борис давал ход "худородным" дельцам и служилым людям, отстраняя "великородных" - и в экономической.
Указы 1586 и 1597 годов о необходимости формальных укреплений прав на холопов создавали некоторую преграду росту "дворов" боярских. Уже создавшееся закрепление крестьянства делало более прочным и обеспеченным хозяйство помещика, а указ 1597 г. устанавливал 5-летний срок для исков о беглых.