Видовое (таксономическое) разнообразие того или иного сообщества является показателем его экологического состояния. Известно, что в благоприятных условиях формируются богатые по числу видов (таксонов) биоценозы, которые отличаются полидоминантностью (poli – много), то есть высокими показателями численности и биомассы могут характеризоваться сразу 5–6 и более видов. Пример благоприятных условий – большинство южных водоёмов, там одновременно или сменяя друг друга в течение года, доминируют несколько видов, или очень чистые речки, в которых численность и биомасса бентофауны могут быть невысоки, но равномерно распределены между видами.
В сообществах, обитающих в экстремальных условиях, как правило, снижается видовое (таксономическое) разнообразие, и они становятся монодоминантными, то есть высокую численность и биомассу имеет 1, в крайнем случае, 2 вида. Примерами экосистем, развивающихся в экстремальных условиях, могут служить экосистемы водоёмов в приполярных районах, где низкие температуры позволяют обитать лишь немногим видам; или сильно загрязнённые участки водоёма, где ограничивающим фактором служит не температура, а количество загрязняющего вещества. В таких условиях происходит изменение структуры донных сообществ, которое может быть выражено индексами видового разнообразия. Приведём примеры расчёта двух из них.
1. Индекс Шеннона (H) широко используется для оценки видового разнообразия сообществ: 
и где ni и bi – общая численность и биомаса вида, N и B – общая численность и биомасса сообщества. Таким образом, 
и 
– доля особей i –го вида в численности и биомассе сообщества. Для простоты расчёта индекса Шеннона используют вспомогательные таблицы, которые можно найти в литературе. Достоинством индекса H является его комплексность, он учитывает количество видов (видовую плотность) и их выравненность. Мы имеем возможность дать оценку видового разнообразия каждого ценоза в отдельности.
2. Индекс выравненности Бергера-Паркера (d) более прост для вычисления: 
, где N – общая численность сообщества, ni max – численность самого обильного вида. Увеличение индекса показывает увеличение разнообразия и снижение степени доминирования одного вида, то есть состояние сообщества улучшается.
Практическая работа Определение индекса Шеннона для сообщества глубоководной части пруда. Рассчитаем индекс Шеннона для сообщества глубоководной части пруда, используя данные таблицы 5. Результаты представим в таблице 7.
| Таблица 7 | ||
| Расчет индекса Шеннона для пелофильного сообщества глубоководной зоны пруда | ||
| Вид | HN (по численности) | HB (по биомассе) |
| Tubifex tubifex | =64·log264= -0,41 | =30·log230= -0,52 |
| Stylaria lacustris | =1·log21= -0,07 | =1·log21= -0,07 |
| Pisidium amnicum | =1·log21= -0,07 | =6·log26= -0,24 |
| Procladius choreus | =13·log213= -0,38 | =8·log28= -0,29 |
| Chironomus plumosus | =21·log221= -0,47 | =55·log255= -0,47 |
| Сумма (со знаком «-») | 1,40 | 1,59 |
Следует использовать только один вариант, предпочтительнее вычислять индекс Шеннона по численности, особенно если в бентофауне присутствуют редкие, но крупные моллюски или личинки насекомых. В сообществах сбалансированных, имеющих высокое видовое разнообразие, величина индекса – от 3 до 5. В экстремальных условиях, в частности при загрязнении, его величина снижается.
Выводы: Пелофильное донное сообщество глубоководной зоны пруда отличается низкой величиной индекса Шеннона.