Софийский собор подвергался многочисленным переделкам. Наиболее значительными были: замена позакомарного покрытия четырёхскатной кровлей в первой половине XVIII века и растёска большинства оконных проёмов в конце XVII и в начале XIX века. В 30-х годах XVII века к западному порталу было пристроено деревянное крыльцо, которое заменили каменным в конце XVII века. Позакомарное покрытие и оригинальную ширину окон вернули в ходе реставрации 1958—1965 годов.
Согласно В. С. Баниге и Н. В. Перцеву, со времени строительства до пожара 1612 года собор имел шлемовидные завершения и позакомарное покрытие. После пожара собор восстанавливали и украшали в течение всего XVII столетия. В 1621—1622 годах в соборе поставили новый главный иконостас, увеличили главы, сделав их пучинистыми, и покрыли железом. В 1628 году в окна вставлены слюдяные окончины. В 1630-х годах к западному порталу было пристроено деревянное крыльцо. В 1645 году поставлена деревянная сень над престолом. В 1670-х годах были сделаны новые главы, покрытые чешуёй[18].
После следующего пожара 1698 года, были восстановлены главы прежней формы — пучинистые, но сделаны они были слишком большими. В результате к концу 1720-х годов центральная глава осела и повредила соседние. При последующей реконструкции были поставлены пучинистые главы меньше прежних, которые в последующем не переделывали. В 1686—1700 годах к западному порталу пристроено каменное крыльцо, сохранившееся до настоящего времени. Перед остальными дверями крыльца оставались деревянными. Перед росписью 1686 года были растёсаны пять окон четверика и прорублены окошки в нижней части апсид[18].
После очередного пожара 1724 года, между 1737—1744 годами был поставлен новый пятиярусный иконостас, существующий и сейчас. В 1740-х годах вместо позакомарного покрытия было установлено четырёхскатное, которое разобрали при реставрации 1950—60-х годов. В 1760 году в алтаре было прорублено большое квадратное окно. В 1765 году пол в соборе был выстлан чугунными плитами, отлитыми на Терминском железном заводе.
|
|
При капитальном ремонте 1848—1851 годов ко всем входам были пристроены каменные притворы. При этом западный притвор закрыл своими стенами каменное крыльцо XVII века. Также были расширены оконные проёмы, крыша покрашена в зелёный цвет. В 1860-х годах вокруг Софийского собора была поставлена каменная ограда с железной решёткой[18].
В 1929 году чугунный пол был снят, и настлан деревянный. В 1966—1968 годах Всесоюзные научно-реставрационные мастерские (ВСНРМ) под руководством архитектора В. С. Баниге провели реставрационные работы. Вместо железной четырёхскатной крыши раскрыто позакомарное покрытие, установлены новые купола, восстановлены узкие окна. Позакомарное покрытие и купола покрыты оцинкованной сталью. Разобраны устроенные в 1850 году каменные притворы у входов в собор, восстановлены порталы входов, сделан ремонт наружной штукатурки, побелены стены. Полностью раскрыто западное каменное крыльцо XVII века. Внутри храма под руководством художника-реставратора Н. В. Перцева проводились работы по закреплению старинной фресковой живописи[10].
С 1999 по 2007 год проводилась комплексная реставрация собора. Восстановлена разрушенная лицевая кладка, произведена обработка кирпичей цокольной части специальными влагонепроницаемыми составами, устроен пол из белого камня в западном крыльце. В соборе устроен тёплый пол с вентилируемым подпольным пространством. Выполнены работы по реставрации иконостаса [20].
|
|
Стенные росписи
История
Софийский собор стал первым храмом Вологды, расписанным стенным письмом. Собор начали расписывать 20 июля 1686 года артелью ярославских мастеров во главе со знаменщиком Дмитрием Григорьевым Плехановым. Об этом говорится в настенной летописи собора, а также в записи книги Архиерейского двора:
| 1686 г. марта 23 подрядился на Вологде Соборную церковь и с алтарем и с пределы подписать стенным письмом Ярославец иконописец Дмитрей Григорьев сын Плеханов [18]. | 
|
Там же приводятся данные о расчётах за эту работу:
|
| Ряжено ему от того всего стенного писма 1500 рублев, дано ему по рядной записи наперед 400 рублев. Да ему ж иконописцу Дмитрию Григорьеву к тому стенному писму дано на покупку гвоздья на восемьдесят тысяч 50 рублев. [18]. |
|
Христос Вседержитель. Роспись купола
Дмитрий Плеханов — живописец первой статьи, выходец из Переславля-Залесского. До Вологды принимал участие в работах по росписи церквей Троицы в Никитниках (1635), церкви Григория Неокесарийского (1667—1669), Успенского собора Троице-Сергиевой лавры (1684), церкви Ростовского кремля, церкви Фёдоровской Богоматери в Ярославле (1715) и ряда других [21].
Работы по росписи продолжались два года. Общая площадь росписей — 5000 квадратных метров. Организация работ разделялась по выполнению специальных видов работ отдельными членами артели. Нанесению росписи предшествовало нанесение известковой грунтовки — левкаса — с укреплением гвоздями. Старший мастер — Знаменщик (иконопись) — знаменил работу, то есть создавал рисунок, определял систему росписей, процарапывая (графя) её по влажной штукатурке. Остальные члены артели наносили рисунок по разграфлённой основе: доличники писали одежды, мастера палатного письма писали растительность и орнаменты, уставщики наносили надписи, лики (лица) писал личник. Техника росписи Софийского собора соответствует приёмам, применявшимся в то время в русской монументальной живописи: роспись по непросохшему левкасному грунту и дальнейшей проработкой темперными или клеевыми красками.
|
|
Работы по росписи стен Софийского собора, западного крыльца и порталов были завершены 9 июля 1688 года. В последующем роспись несколько раз поновлялась. Так, в 1852 году живопись Софийского собора подверглась капитальному поновлению: почти все фрески переписаны заново, а недостающие части дописаны. Работы были выполнены ярославским штатным иконописцем А. Колчиным с артелью. Был искажён колорит живописи, пропала характерная моделировка светотени.
С 1963 года проводились реставрационные работы, благодаря которым вся роспись освобождена от позднейших записей[18].