С ликвидацией тирании возобновилась политическая борьба между представителями знатных родов. Афинский демос некоторое время оставался пассивным наблюдателем, подчиняясь традиционному авторитету знати. Однако в конце концов наступил момент, когда он стал активным участником событий. В 507 году до н. э. движение демоса возглавил Клисфен. Он одержал полную победу над всеми противниками. Затем по инициативе Клисфена был проведен ряд важнейших политических реформ.
Прежде всего, было введено новое административное деление афинского полиса. Государство было поделено на десять примерно равных по размеру фил, которые являлись уже не племенными, а территориальными единицами. Каждая фила как и ранее состояла из трех триттий, располагавшихся в разных частях Аттики. Одна находилась одна на территории города Афины или его окрестностей, вторая - на побережье, третья - во внутренней части страны. Как правило, триттии одной филы не граничили друг с другом. Триттии делились на самые мелкие административные единицы - демы, общим числом более ста.
Каждый из демов представлял собой либо населенный пункт сельского типа, либо один из районов города. Таким образом, афинский демос был как бы «перемешан» в едином государстве. Это вело к освобождению от древних родовых традиций и политического влияния знати.
При Клисфене все граждане, независимо от своего социального положения, получили практически равные политические права. Правда, некоторое время еще существовали доставшиеся по наследству от аристократического строя ограничения для беднейших афинян при занятии некоторых высших постов, в частности, должности архонта. Но они уже строго не соблюдались, да и сама должность архонта начала утрачивать прежнее значение.
В ходе реформ была введена новая коллегия из десяти должностных лиц, именовавшихся стратегами (военачальниками). Стратега избирали сроком на один год путем открытого голосования – хейротонии, поднятия рук. Им мог стать любой афинский гражданин, вне зависимости от своего происхождения и имущественного положения. Причем если архонтом можно было стать лишь раз в жизни, то на должность стратега дозволялось избираться неограниченное количество раз.
Вначале стратеги ведали только военной организацией государства. Но со временем они стали выполнять все функции, вытеснив архонтов из системы государственного управления. Постепенно архонты стали считаться высшими магистратами лишь номинально.
С конца VI века до н. э. высшим органом государственной власти в Греции окончательно стало народное собрание - экклесия. С 507 года местом его проведения становится невысокий холм Пникс. Собрание проводилось достаточно регулярно, являясь последней инстанцией при решении всех важных вопросов.
Роль «постоянного президиума» при народном собрании играл учрежденный Клисфеном Совет пятисот, сменивший прежний Совет четырехсот. В его состав ежегодно избирались по жребию по 50 человек от каждой территориальной филы. Совет готовил проекты постановлений для вынесения на рассмотрение народного собрания, а также ежедневно занимался текущими проблемами управления полисом.
Клисфен был озабочен тем, чтобы в Афинах никогда больше не возродилась тирания. Для предотвращения возможности захвата власти теми или иными лицами был принят закон об остракизме. Согласно ему политик, казавшийся демосу чрезмерно влиятельным и поэтому опасным, решением народного собрания мог быть безо всякой вины изгнан из города сроком на 10 лет.
Процедура остракизма проводилась следующим образом. Один раз в год, в день проведения народного собрания, каждый гражданин писал на глиняном черепке - остраконе имя человека, который, по его мнению, заслуживал изгнания. Черепки с именами собирались и подсчитывались. Лицо, получившее наибольшее количество «недовольных» голосов, должно было покинуть полис.
В результате реформ Клисфена в Афинах в основных чертах завершилось становление демократии – политической системы, при которой власть в полисе в полной мере принадлежала народу, т. е. коллективу граждан. Главной опорой клисфеновского народовластия являлись зевгиты – зажиточные земледельцы, служившие в армии в качестве гоплитов. Именно этот социальный слой был основой полиса как в экономическом, так и в военном отношении.
По прежнему значительной была роль аристократов, которая еще на протяжении столетия продолжали занимать важное положение в полисе. Рядовым гражданам приходилось считаться с тем, что аристократы были значительно образованнее и лучше подготовлены к участию в управлении государством. Поэтому на высшие должности по традиции избирали почти исключительно аристократов.
В дальнейшем преобразования, осуществленные Клисфеном в конце VI века до н.э., получили дальнейшее развитие. В итоге афинская демократия приобрела свой классический облик, описанный Аристотелем в трактате «Афинская полити́я». В этом труде также кратко, но содержательно рассказывается об эволюции народовластия от законодательства Драконта и реформ Солона до преобразований Клисфена.