В 1651-1652 гг. разгорелся конфликт между парламентом и армией. В армии возобладали радикальные настроения, она требовала реформы церкви и государства. Вначале Кромвель попытался, достичь компромисса, но в конце концов стал выступать от имени армии. Солдаты требовали роспуска Долгого парламента, и выборов нового однопалатного парламента, способного к реформам.И 4 июля 1653 года был создан Малый или Бэрбонский парламент (Barebone'sParliament), так же известный как Пуританская ассамблея.
Парламентская республика просуществовала недолго. 20 апреля 1653 года Оливер Кромвель разогнал остатки Долгого парламент. Демократическим преобразованиям помешали внутренние разногласия между парламентариями с последующим расколом на консервативную и радикальную части. Государственный совет во главе с Кромвелем, который и сам был богатым лендлордом, не могли допустить принятие новых законов, позволяющих передел собственности. По решению консерваторов, которых оказалось большинство, вся власть в стране закрепилась за Государственным советом, что привело к установлению протектората Кромвеля. 16 декабря 1653 года он был провозглашен лордом-протектором Англии и фактически стал некоронованным королем страны.
Время протектората называют военной диктатурой Кромвеля в истории Англии.Однако он не сразу взял власть в свои руки. Вместо этого индепендентским конгрегациям было предложено назначить членов Пуританской ассамблеи, которая должна была осуществлять функции как законодательной, так и исполнительной власти. Этот орган представительной власти с энтузиазмом взялся за реформы. Его членами были назначенные местными конгрегациями "благочестивые люди". Они сразу же попытались провести демократические реформы: кодифицировать законодательство, отменить жестокие казни, церковную десятину, систему откупов, ренту лендлордам и т. п. Это вызвало резкое недовольство правящей верхушки, и вскоре парламент раскололся на консерваторов и радикалов. Борьба между ними завершилась победой консервативного крыла в декабре 1653, большинство членов которого передали свои полномочия Кромвелю.
Государственный переворот был совершен с помощью генерал-майора Джона Ламберта, второго, после Кромвеля, лица в армии. Именно Ламберт и его помощники составили так называемое «Орудие управления» – новую конституцию английского государства (принята 16 декабря 1653), Согласно установленным этим документом законам, учреждались: однопалатный парламент, избираемый каждые три года и состоящий из 400 представителей от Англии и по 30 от Ирландии и Шотландии; государственный совет, члены которого в числе от 13 до 21 человека назначались пожизненно лордами-протекторами; должность лорда-протектора Содружества (с покоренными Ирландией и Шотландией) как главы законодательной и исполнительной ветвей власти. Избирательного права были лишены католики, роялисты и беднота (из-за высокого имущественного ценза).
Пост лорда-протектора, не диктатора, но первого слуги Содружества (Республики), в которое были включены покоренные Шотландия и Ирландия, разумеется, был предложен Кромвелю. Протектору полагались очень широкие полномочия, в частности: командование всеми вооруженными силами; возможность объявления войны и заключения мира с согласия большинства членов исполнительного органа; возможность назначения новых членов совета и глав административных округов.
Оставшиеся пять лет жизни Кромвель управлял страной в качестве лорда-протектора, иногда прибегая к помощи парламента, иногда обходясь без него. Но он неизменно зависел от консультаций и поддержки Государственного совета (позднее названного Тайным советом). Первая сессия парламента протектората (3 сентября 1654 – 22 января 1655) была озабочена скорее пересмотром конституции, чем разработкой и принятием новых законов. С первых дней работы, парламент взялся за переработку «Орудия управления». Чувствуя, что парламент становится все более оппозиционным и менее контролируемым, Кромвель уже 12 сентября обращается к коммонерам с речью об основах государственного устройства Англии. В ней он ставит свои основные тезисы по этому вопросу - суверенитет разделен между ним и Палатой; полномочия парламента не бессрочные; свобода совести (ответ на притеснения сектантов); совместное его и парламента командование ополчением. После речи лорд-протектор потребовал от коммонеров подписать присягу на верность ему. Около сотни наотрез отказавшихся было принуждено к сложению депутатских полномочий.
Разногласия между лордом-протектором и парламентом оживили надежды роялистов на успех. 22 января 1655 Кромвель распустил парламент, а в марте 1655 вспыхнуло роялистское восстание. И хотя оно было немедленно подавлено, лорд-протектор счел необходимым разделить страну на округа, во главе которых поставил генерал-майоров. Противники диктатуры подвергались гонениям и арестам. В Англии действовала жесткая цензура. Малейшие народные волнения пресекались отрядами армии.Этот режим оказался крайне непопулярным и разорительным.
Тем временем Англия оказалась вовлеченной в новую войну, на этот раз с Испанией (октябрь 1655), В связи с этим ухудшается позиция английских купцов. Кромвелю удается открыть для английских купцов Балтийское море и потеснить позиции испанских купцов в Вест-Индии за счет союза с Францией. Население Англии было очень недовольно истощением ресурсов, прекращением торговли с Испанией. Армия была недовольна длительным неполучением жалованья. Вся страна – чрезмерными налогами. В 1654г дефицит казны составил 500 тысяч фунтов стерлингов. Это привело к увеличению налогов. Купечество лондонского Сити отказывает правительству в займах, и Кромвель был вынужден созвать новый парламент, чтобы утвердить военные расходы. 17 сентября 1656 прошло первое заседание второго парламента протектората, где Кромвель вновь столкнулся с серьезной оппозицией, особенно со стороны ярых республиканцев, возражавших против самой идеи протектората. В результате парламент был подвергнут «чистке», из него были удалены 160 членов, многие из которых отказались присягнуть на верность режиму. Те, кто остался, в основном сотрудничали с Кромвелем и Государственным советом, хотя и выступали против системы местного управления с помощью генерал-майоров. Тогда же группа правоведов и гражданских лидеров предложила заменить военную диктатуру конституционной монархией (королем должен был стать Кромвель) и создать государственную пуританскую церковь.
Кромвель вынужден был отказаться от предложения, поскольку эта идея встретила неприятие его старых армейских друзей и соратников. Тем не менее,в 1456 году было отменено правление генерал-майоров, а позже составлена новая конституция, которую назвали «Покорнейшей петицией и советом». Ее принятие состоялось в мае, а вступление в силу — в июне 1457 года. Основные изменения, предусмотренные «Петицией»: была восстановлена палата лордов; в палату общин могли избираться все, кроме ярых роялистов; государственный совет преобразовывался в Тайный совет; власть лорда-протектора и свобода совести была несколько ограничена.
Была сформирована верхняя палата, однако в палату общин вошли теперь ранее исключенные члены парламента, и в то же время ее покинули друзья Кромвеля, назначенные им членами палаты лордов. Поэтому уже в июне 1658 палата общин превратилась в арену нападок налорда-протектора со стороны республиканцев, выступавших за отмену новой конституции. Разгневанный Кромвель распустил и этот парламент.
С 4 февраля 1658-го года и до самой своей смерти он управлял страной без органа исполнительной власти.