В списке приведены те промежутки времени, для которых имеются источники, что им управляла та или иная игуменья. При этом в пропущенные промежутки монастырём, возможно, управляли те же самые настоятельницы.
- С 1590 — Домникия;
- До 1613 года — две старицы: Евлампия и Говдела;
- На 1613 год — Анисья;
- 1613—1623 — вновь Домникия;
- 1623—1624 — Маремьяна;
- 1639—1644 — Анна Левашева;
- 1649—1658 — Вера;
- 1660—1673 — Наталья;
- 1677—1685 — Екатерина;
- 1686—1688 — Анисия Зуева;
- На 1689 год — Агрипина Бердяева — переведена из Псковского Ильинского монастыря;
- 1690—1709 — Екатерина Лунинских, возможно, вместо Евгении до 1714 года;
- 1710—1713 — Евгения;
- В 1714 году — Афанасия;
- 1721—1722 — Досифея;
- 1738—1741 — Аркадия Скворцова;
- 1742—1746 — Евдокия;
- 1746—1770 — Аркадия;
- 1770—1784 — Араксана;
- 1784—1786 — Ираида
- 1787—1795 — Анастасия;
- 1795—1805 — Дорофея;
- 1805—1814 — Феоктиста;
- 1814—1818 — Евстолия;
- 1818—1822 — Митрополия;
- 5 июля 1822 — 1839 † — Серафима — мещанская дочь, девица, определена в Горний монастырь послушницей 2 ноября 1809 года, в нём же была пострижена в монахини в 1816 году. Назначена казначеем 11 декабря 1818 года;
- 21 января 1840—1844 † — Мефодия;
- 13 августа 1844 — 1847 † — Евфрасия;
- 25 сентября 1847 — 17 декабря 1848 — Раиса — перемещена в настоятельницы Устюжского Иоанно- Предтеченского монастыря;
- 2 февраля 1848 — 2 февраля 1850 † — Соломия;
- 27 мая 1850 — 22 ноября 1856 † — Раиса — повторно, перемещена из настоятельниц Устюжского Иоанно-Предтеченского монастыря;
- 22 ноября 1856 — 7 июня 1857 — Амфилохия — казначея монастыря, управляла временно до назначения новой игуменьи;
- 7 июня 1857 — 1 ноября 1866 — Смарагда;
- 31 октября 1866 — 21 января 1871 † — Севастиана;
- 21 января 1871 — 4 июня 1871 — Виталия — казначея монастыря, управляла временно до назначения новой игуменьи;
- 4 июня 1871 — 27 декабря 1893 † — Арсения (Варвара Александровна Ярышкина, в девичестве — Болтина).
- 20 февраля 1894—1904 — Сергия.
В 1918 году новая советская власть закрыла вологодские монастыри, однако в монастырских храмах, ставших приходскими, продолжали совершаться богослужения. Основу приходской общины храмов Горне-Успенского монастыря составили бывшие монахини, которые или оставались жить в монастырских строениях, или селились в домах вологжан, расположенных возле обители.
В начале 1920-х годов часть территории бывшего монастыря заняла воинская часть. Успенский собор оставался действующим до 21 июня 1924 года, когда его передали в пользование красноармейцам.
История монастыря в 1920-1940-е годы изучена слабо. Известно, что одним из первых шагов новых хозяев монастыря стала разборка на кирпич каменной ограды, башен и Святых ворот. Вместо них вся территория обители была обнесена несколькими рядами колючей проволоки.
В храмах в разное время, размещались солдатская столовая, клуб, склады. Есть сведения, что часть помещений монастыря принадлежала НКВД, который использовал их в качестве пересыльной тюрьмы для спецпереселенцев. Тогда же сравняли с землей кладбищенские могилы, сняли завершения с храмов- Успенского, Сергиевского и Алексеевского. Крест на колокольне спилили после большого пожара в середине 1950-х годов. В послевоенное время бывшие монастырские строения занимали различные воинские части, часть зданий отдали под жилье. Теплая церковь Сергия Радонежского была перестроена под автомастерскую.
Постановлением Совета Министров РСФСР от 30.08.1960 №1327 Успенская церковь и Алексеевская церковь, расположенные на ул. Крестьянской (ныне ул. Бурмагиных) 19,19 а, поставлены на государственную охрану, как обьекты культурного наследия регионального значения.
С середины 1960-х годов храмы бывшего монастыря переданы на баланс органов культуры. В 1976 году осуществлена реставрация завершений четверика и колокольни Успенского собора, который стал использоваться в качестве склада военторга и областного драматического театра. В 1980-х годах в теплом Сергиевском храме, реставрация которого не проводилась, разместился автоспортклуб. Игуменский дом и здание приюта заняты различными конторами и складами.
Современная история
В 1995 году началось возрождение Успенского храма. С 1996 года в церкви возобновились богослужения. Часть ремонтно-реставрационных работ финансировалась за счет средств областного бюджета. Велись восстановительные работы и в храме Сергия Радонежского. В деле восстановления много потрудились первые настоятели храма - иерей Василий Писарев и иерей Анатолий Барашков. Отец Василий принял монашеский постриг, теперь он - иеромонах Феодосий, (бывший сначала благочинным Кирилло-Белозерского монастыря, а с 2014 года-настоятелем архиерейского подворья «Спасо-Суморина монастыря» в г. Тотьме). Отец Анатолий безвременно скончался и погребен близ Успенского храма, на восстановлении которого он немало потрудился.
Труды по восстановлению храма продолжал настоятель Константино-Еленинского храма г. Вологды – прот. Андрей Смирнов (Успенский храм был приписан к церкви Константина и Елены).
2 октября 2015 года приехали первые сестры Горне-Успенского женского монастыря: монахиня Филарета (Дорохина) и инокиня Фотина (Ряснова), в прошлом насельницы Снетогорского женского монастыря г. Пскова.
Началось возрождение Горне-Успенского женского монастыря.
16 ноября 2015 года Комиссия Синодального отдела по монастырям и монашеству в составе настоятельницы Свято-Троицкого стефано-Махрищского ставропигиального женского монастыря игумении Елисаветы (Жегаловой) и настоятельницы Кресто-Воздвиженского Иерусалимского ставропигиального женского монастыря игумении Екатерины (Чайниковой) посетила с однодневным визитом Вологодскую митрополию.
Целью поездки было определение возможности открытия женского монастыря на архиерейском подворье Горне-Успенского женского монастыря, где образовалась монашеская община. С предложением об открытии женской обители к Священному Синоду обратился митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий.
Члены Комиссии посетили епархиальное управление с целью ознакомления с личными делами сестер, осмотрели Успенский храм, расположенный на территории архиерейского подворья, а также бывший игуменский корпус, где в настоящий момент проживают сестры.
24 декабря 2015 года в Патриаршей и Синодальной резиденции, в Даниловом монастыре, в Москве под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла состоялось заседание Священного Синода Русской Православной Церкви.
Одним из рассматриваемых на заседании вопросов было прошение Преосвященного митрополита Вологодского и Кирилловского Игнатия открыть Горне-Успенский женский монастырь в городе Вологде и назначить на должность игумении этого монастыря монахиню Филарету (Дорохину).
С рапортом по этому вопросу выступил Преосвященный архиепископ Сергиево-Посадский Феогност.
Священный Синод постановил (журнал 117), в связи с прошением Преосвященного митрополита Вологодского и Кирилловского Игнатия, открыть Горне-Успенский женский монастырь в городе Вологде и назначить на должность игумении этого монастыря монахиню Филарету (Дорохину).
26 декабря 2015 года открывается новая страница в истории Горне-Успенского женского монастыря г. Вологды.
Митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий за всенощным бдением в Горне-Успенском монастыре возвел монахиню Филарету (Дорохину) в игуменское достоинство, вручил ей посох и возложил наперсный крест.
Последний раз в Горне-Успенском женском монастыре Вологды посвящение в сан игумении монастыря с вручением наместнического посоха - символа власти игумении над сестрами обители - совершалось 93 года назад. Об этом свидетельствует надпись на келейной иконе Спасителя, которая оказалась у владыки Игнатия, и которую он на молитвенную память передал игумении Филарете, отметив, что все происходит по промыслу Божию, и Господь, поставив ее на эту должность, обязательно даст ей сил и крепости.
В этот день, после многих лет запустения, вновь затеплился огонек монашеской жизни в Горне-Успенской обители.
