На декабрь 2009 года большая часть акций авиакомпании контролировалась её менеджментом, в частности 25,42 % принадлежало председателю совета директоров Александру Плешакову, 8,09 % — его жене, генеральному директору компании Ольге Плешаковой, 14,79 % — у ООО «Трансаэро-финансы» (100%-ная дочерней компании «Трансаэро»). Ещё 6,48 % акций принадлежало главному исполнительному директору российского ретейлера X5 Retail Group Льву Хасису.
До весны 2006 года 30 % акций компании принадлежало структурам, контролируемым Борисом Березовским, однако позже они были выкуплены менеджментом «Трансаэро».
В 2007 году, предположительно в начале, ООО «Трансаэро-Финансы» продало 5 % акций «Трансаэро» компании «Prosperity Voskhod Fund». Продажа была проведена в рамках программы частного размещения акций. По этой же программе в июне 2007 года часть акций, принадлежавших «Трансаэро-Финансы», была продана компании «Тройка Диалог» за 350,58 млн руб.
В марте 2011 года акции компании получили листинг на ММВБ, и там были начаты биржевые торги акциями. Пакет, выставленный для торгов на бирже (13,84 %), состоял из казначейских акций и акций, принадлежащих некоторым акционерам.
Флот авиакомпании Трансаэро.
Компания обладает самым большим парком широкофюзеляжных дальнемагистральных воздушных судов в России, СНГ и Восточной Европе. Она также является единственным в этом регионе эксплуатантом пассажирских самолетов Боинг-747.
Парк авиакомпании состоит из 70 современных авиалайнеров, в который входят самолеты: Боинг-777, Боинг-747, Боинг-767, Боинг-737, Ту-214. Такое гармоничное сочетание различных типов воздушных судов позволяет авиакомпании в максимальной степени удовлетворить потребности пассажиров на различных маршрутах. Парк «Трансаэро» постоянно пополняется, в первую очередь, за счет дальнемагистральных самолетов нового поколения Боинг-777 и Боинг-747-400.
| Самолёт | Количество | Число мест | Примечания |
| Боинг-747 | 352-496 | ||
| Боинг-777 | |||
| Боинг-767 | |||
| Боинг-737 | |||
| Туполев-214 | |||
| Ил-62М | Выведены из эксплуатации | ||
| Ан-124 | Выведены из эксплуатации | ||
| Ил-76 | Грузовой | Выведены из эксплуатации | |
| Ту-154С | Выведены из эксплуатации | ||
| DC-10-30 | Выведены из эксплуатации | ||
| Ил-86 | Грузовой | Выведены из эксплуатации | |
| A310-300 | Выведены из эксплуатации | ||
| Boeing 757-200 | Выведены из эксплуатации | ||
| Boeing 737-700 | Выведены из эксплуатации | ||
| Boeing 737-200 | Выведены из эксплуатации |
Деятельность компании Трансаэро
«Трансаэро» становится обладателем премии «Крылья России 2007» в номинации «Авиакомпания года — перевозчик на международных воздушных линиях».
«Трансаэро» становится обладателем самого крупного парка дальнемагистральных воздушных судов в России.
Авиакомпания «Трансаэро» стала обладателем сертификата эксплуатационной безопасности IOSA (IATA Operational Safety Audit).
На самолетах Boeing 777 и Boeing 747 «Трансаэро» ввела новый уникальный продукт — класс Империал, сочетающий самые современные технологии и традиции российской роскоши и гостеприимства.
«Трансаэро» ввела новый продукт — трехклассную компоновку своих воздушных судов Boeing 737 и Boeing 767: бизнес-класс, премиальный экономический класс и туристический экономический класс.
Социальный проект «Трансаэро» по реабилитации детей с онкологическими заболеваниями был включен в федеральную программу «Год семьи» и стал лауреатом всероссийского конкурса «Корпоративный донор России».
Маршрутная сеть.
Трансаэро выполняет собственные регулярные и чартерные пассажирские рейсы по следующим направлениям:
Россия
Анадырь — Международный аэропорт «Угольный»
Анапа — Международный аэропорт «Витязево»
Благовещенск — Аэропорт «Игнатьево»
Владивосток — Международный аэропорт «Кневичи»
Екатеринбург — Международный аэропорт «Кольцово»
Казань — Международный аэропорт «Казань»
Краснодар — Международный аэропорт «Краснодар»
Красноярск — Международный аэропорт «Емельяново»
Магадан — Международный аэропорт «Сокол»
Магнитогорск — Аэропорт «Магнитогорск»
Москва
Международный аэропорт «Домодедово» — основной хаб
Международный аэропорт «Шереметьево»
Новосибирск — Международный аэропорт «Толмачёво»
Новый Уренгой — Аэропорт «Новый Уренгой»
Омск — Международный аэропорт «Омск-Центральный»
Петропавловск-Камчатский — Международный аэропорт «Елизово»
Ростов-на-Дону — Международный аэропорт «Ростов-на-Дону»
Самара — Международный аэропорт «Курумоч»
Санкт-Петербург — Международный аэропорт «Пулково»
Сочи — Международный аэропорт «Адлер»
Томск — Аэропорт «Богашёво»
Улан-Удэ — Международный аэропорт «Улан-Удэ-Байкал»
Уфа — Международный аэропорт «Уфа»
Хабаровск — Международный аэропорт «Новый»
Южно-Сахалинск — Международный аэропорт «Хомутово»
Якутск — Аэропорт «Якутск»
Пермь — Международный аэропорт «Большое Савино»
СНГ
Казахстан
Актау — Аэропорт «Актау»
Алма-Ата — Международный аэропорт «Алматы»
Астана — Международный аэропорт «Астана»
Атырау — Аэропорт «Атырау»
Караганда — Аэропорт «Сары-Арка»
Костанай — Аэропорт «Наримановка»
Уральск — Аэропорт «Ак жол»
Шимкент — Аэропорт «Шымкент»
Узбекистан
Бухара — Международный аэропорт «Бухара»
Ташкент — Международный аэропорт «Ташкент»
Украина
Киев — Международный аэропорт «Борисполь»
Одесса — Международный аэропорт «Одесса»
Симферополь — Международный аэропорт «Симферополь»
Донецк — Международный аэропорт «Донецк»
Азия
Израиль
Тель-Авив — Международный аэропорт «Бен-Гурион»
Индонезия
Денпасар — Международный аэропорт «Нгура Рай»
Китай
Пекин — Международный аэропорт «Кэпитал»
Санья — Международный аэропорт «Санья-Феникс»
Мальдивы
Мале — Международный аэропорт «Мале»
Таиланд
Бангкок — Международный аэропорт «Суварнабхуми»
Пхукет — Международный аэропорт «Пхукет»
Япония
Токио — Международный аэропорт «Нарита» (из Санкт-Петербурга)
Африка
Египет
Хургада — Международный аэропорт «Хургада»
Шарм-эль-Шейх — Международный аэропорт «Рас Назрани»
Тунис
Монастир — Международный аэропорт «Монастир-Хабиб Бургиба»
Маврикий
Порт-Луи
Европа
Австрия
Вена — Международный аэропорт «Швехат»
Великобритания
Лондон — Международный аэропорт «Хитроу»
Германия
Берлин — Международный аэропорт «Тегель»
Франкфурт — Международный аэропорт «Франкфурт»
Греция
Ираклион — Международный аэропорт «Никос Казандзакис» (сезонный)
Испания
Барселона — Международный аэропорт «Эль-Прат» (сезонный)
Тенерифе — Международный аэропорт «Рейна София» (сезонный)
Кипр
Пафос — Международный аэропорт «Пафос» (сезонный)
Турция
Анталья — Международный аэропорт «Анталья» (чартер)
Хорватия
Сплит — Международный аэропорт «Каштела» (сезонный)
Пула — Международный аэропорт "Пула" (сезонный)
Дубровник — Международный аэропорт «Дубровник» (сезонный)
Черногория
Тиват — Международный аэропорт «Тиват» (сезонный)
Чехия
Пардубице — Международный аэропорт «Пардубице» (сезонный)
Латвия
Рига — Международный аэропорт «Рига»
Северная Америка
Канада
Торонто — Международный аэропорт «Пирсон»
Куба
Варадеро — Международный аэропорт «Хуан Гуальберто Гомес» (чартер)
Мексика
Канкун — Международный аэропорт «Канкун»
США
Нью-Йорк — Международный аэропорт им. Джона Кеннеди
Майами — Международный аэропорт «Майами»
Центральная Америка