Важнейшей составной частью внутренней политики СССР в послевоенные годы продолжала оставаться национальная политика. Сталин смотрел на нее как на сферу своей компетенции и специализации. Он был Комиссаром по делам национальностей в первом советском правительстве, позже лично определял границы республик СССР, обозначив их на карте. В послевоенный период острые проблемы в национальной политике были связаны прежде всего с ситуацией в западных регионах СССР — Западной Украине, Прибалтике, отчасти в Молдавии и Западной Белоруссии. Здесь после победы над Германией разгорелась своя война, по существу, гражданская, между местными националистами, буржуазией и коммунистами. Эти события хорошо отражены, например, в литовском художественном фильме «Никто не хотел умирать». На западе Украины еще в годы войны происходили столкновения между советскими партизанами и националистами из Украинской повстанческой армии (УПА). Немалое число украинских националистов во время войны прямо служило немцам, в том числе в войсках СС. Разгром немецких войск объединил фракции бандеровцев и мельниковцев (названные так по фамилиям лидеров украинских националистов), до того расколотые разным отношением к оккупантам. Уже в 1944 г. УПА развернула боевые действия в тылу Красной Армии по обе стороны новой польско-советской границы. После 1945 г. УПА поддерживалась с Запада, где нашли убежище ее вожаки. В республиках Прибалтики — Латвии, Литве и Эстонии — основу отрядов «лесных братьев», продолжавших оказывать сопротивление, составили созданные нацистами полицейские и эсесовские формирования. Их также поддерживали западные державы, отказавшиеся признавать Прибалтику частью СССР. Помимо «лесных братьев» и независимо от них, в Литве и Западной Белоруссии действовали боевики польской Армии крайовой (АК), подчинявшиеся польскому правительству, находившемуся в эмиграции в Лондоне. В 1945—1948 гг. сопротивление скрывавшихся в лесах антисоветских отрядов и широкого подполья в населенных пунктах наносило советским властям и их сторонникам тяжелый урон. Тем не менее в 1946 г. власти добились некоторых успехов в разгроме «лесных братьев» в Литве. Наиболее ожесточенная борьба шла на Украине. Ситуация вновь обострилась после того, как в 1949—1950 гг. в новых республиках и областях началась сплошная коллективизация. Сопротивление принудительному колхозному строительству толкало к националистам многих крестьян. Власть отвечала суровыми репрессиями и депортациями «враждебных элементов». Коллективизация, последовавшая за страшным голодом, вызвала в 1949 г. вспышку возмущения даже в сравнительно лояльной Молдавии. К 1951 г. коллективизация в основном завершилась, а зажиточное крестьянство («кулачество»), главная опора сопротивления, подверглось раскулачиванию или поголовной высылке. Это ослабило массовую базу националистов. Следует иметь в виду, что параллельно с коллективизацией, также по образцу времен «великого перелома», на западе СССР проводилась ускоренными темпами и индустриализация. Восстанавливались разрушенные войной и одновременно возводились новые предприятия, быстро шел процесс урбанизации. Промышленное производство в Латвии и Эстонии уже в 1950 г. превышало довоенный уровень примерно в 3 раза, в Литве, в западных областях Украины и Белоруссии — примерно в 2 раза. Значительных (хотя более скромных) успехов достигла и Молдавия. Националистическое подполье в новых условиях теряло опору. Уже к 1948 г. была полностью разгромлена польская Армия крайова. К 1950 г. было покончено с очагами сопротивления в Латвии, Эстонии, Молдавии. В Литве и на западе Украины разгром боевиков УПА и «лесных братьев» завершился только в 1953 — 1954 гг. Советская власть действовала против подполья жестоко, но и националисты прибегали к массовому террору, в том числе против собственных народов. Террор становился тем свирепее, чем бессмысленнее была их борьба. Жертвами убийств и терактов являлись рядовые коммунисты, члены семей военнослужащих, учителя, нередко просто «добровольно» вступившие в колхоз крестьяне. Всего от рук националистов в западных регионах СССР погибло в 1944—1954 гг. около 40 тыс. мирных жителей, из них 25 тыс. — в западных областях Украины. Боевые потери советской армии и внутренних войск СССР за послевоенные годы сопоставимы с потерями в стратегических операциях Великой Отечественной войны. Только на западе Украины потери составили около 30 тыс. военнослужащих за 10 лет. УПА на этой территории потеряла более 55 тыс. человек убитыми, более 100 тыс. было осуждено. Лишившись массовой поддержки населения, националистическое движение прекратило существование. Гражданская война в западных регионах завершилась победой коммунистов. В 1952 г. в Закавказье начинается «мингрельское дело», фактически направленное против Л.П. Берии, который был мингрелом по национальности. Представители этой малой народности в 1930—1940-е гг. заняли многие видные посты в грузинском руководстве. Теперь среди партийных и советских работников-мингрелов начались повальные аресты. В вину им вменялись как политические, так и уголовные преступления. Одновременно с осени 1952 г. союзное МГБ приступило к «делу врачей». Источником его послужило обвинение в неправильном лечении А.А. Жданова. Подавляющее большинство арестованных врачей составляли евреи. Еще в ноябре 1952 г. по инициативе Сталина прошел процесс над рядом евреев — руководителей компартии Чехословакии. На этом процессе сионизм был провозглашен главной угрозой коммунистическому движению. В январе 1953 г. газета «Правда» объявила «врачей-вредителей» еврейскими «буржуазными националистами» и агентами международного сионизма. Хрущев так вспоминал о позиции Сталина в еврейском вопросе: «Крупным недостатком Сталина являлось неприязненное отношение к еврейской нации». Возвращение к официальному антисемитизму после долгих десятилетий столь же официального интернационализма вызвало шок в общественных кругах западных стран. Уже в октябре 1952 г. США обвиняли И. Сталина в «массовых репрессиях» против евреев. Теперь в эти обвинения верилось все большему числу людей за границей. Левые силы стали отворачиваться от СССР, подвергать Сталина критике. Колебались и западные коммунисты. «Дело врачей» вызвало полный разрыв и без того давно охладевавших советско-израильских отношений. Вслед за бурным возмущением в израильской печати 9 февраля 1953 г. произошел взрыв бомбы в советском посольстве в Тель-Авиве. СССР через два дня разорвал дипломатические отношения с Израилем.
В итоге союзного строительства в СССР сложилась своеобразная иерархия народов. Русский народ теперь признавался первым среди равных. Это разительно отличалось от положения в 1920-х гг., когда «великорусский шовинизм» считался главным врагом власти. Следующую ступень занимали титульные народы союзных республик. К 1953 г. в СССР, кроме РСФСР, состояло уже 15 союзных республик. Это Украина, Белоруссия, Карело-Финская, Эстония, Латвия, Литва, Молдавия, Грузия, Армения, Азербайджан, Казахстан, Киргизия, Узбекистан, Туркменистан, Таджикистан. Из них для наиболее пострадавших от войны Украины и Белоруссии И. Сталин добился в 1945 г. даже особых мест в ООН. Далее в советской иерархии народов шли последовательно титульные народы автономных образований — республик и областей. Замыкали иерархию малочисленные («малые») народы, лишь для некоторых из которых предусматривались в составе краев и областей «национальные округа». Но помимо этого, имелись еще народы, «наказанные» общей ссылкой по подозрению в неверности и сотрудничестве с немцами в годы войны. Существование таких народов (немцев Поволжья, калмыков, чеченцев, ингушей, крымских татар и др.) в ту пору попросту замалчивалось. Определенному статусу народа соответствовали и строго определенные возможности в культурном развитии. Во всех союзных республиках создавались свои академии наук со статусом, почти равнозначным «большим», общесоюзным академиям. Автономным республикам своя академия наук не полагалась, зато в каждой столице автономной республики, независимо от ее реальных потребностей, предполагалось открыть по университету. Постепенно складывается система, при которой более богатые и развитые на данном этапе республики становятся «донорами» для отстающих. Только предоставление обширной экономической помощи пострадавшим от войны регионам сделало возможным их быстрое восстановление. Нередко регионам требовалась помощь в чрезвычайных ситуациях. Так, голод 1946— 1947 гг. побудил Центр перебросить значительные ресурсы на поддержку пострадавшей Молдавии. СССР предоставил безвозмездную помощь Туркмении, пострадавшей в 1948 г. от страшного землетрясения. Постепенно среди республик — получателей помощи выделилась группа наиболее привилегированных. Это в немалой степени касалось Украины — не только в силу урона, нанесенного ей войной, но и с целью укрепления позиций советской власти на западе СССР. В своеобразную зажиточную «витрину социализма» превратились республики Прибалтики. Многие жители Советского Союза приезжали туда из других частей страны, удивляясь благополучию, чистоте, порядку, покупали здесь дефицитные товары, отдыхали в летнее время как в санаториях и домах отдыха, так и снимая частное жилье. Наконец, с довоенных времен сохранялось особое положение родины Сталина — Грузии.