Третья ссылка и служение на Красноярской кафедре
С марта 1940 года, Владыка Лука работал хирургом в ссылке в районной больнице в Большой Мурте, что 120 километрах к северу от Красноярска. Осенью 1940 года владыке Луке разрешили выехать в Томск, в городской библиотеке он изучал новейшую литературу по гнойной хирургии, в том числена французском, немецком и английском языках. На основании этого труда было закончено второе издание «Очерков гнойной хирургии».
В начале Великой Отечественной Войны Владыко отправил телеграмму председателю Президиума Верховного совета СССР Михаилу Калинину:
"Я, епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий...являясь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь войнам в условиях фронта или тыла, там, где будет мне доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука".
Телеграмму в Москву не передали, а в соответствии с существующими распоряжениями направили в крайком. С октября 1941 года Владыка Лука стал консультантом всех госпиталей Красноярского края и главным хирургом эвакогоспиталя. Он работал по 8 - 9 часов, делая 3 - 4 операции в день, что в его возрасте приводило к неврастении. Тем не менее, каждое утро он молился в пригородном лесу (в Красноярске в это время не осталось ни одной церкви).
27 декабря 1942 года епископу Луке, «не отрывая его от работы в военных госпиталях», было поручено управление Красноярской епархией с титулом архиепископа Красноярского. На этом посту он сумел добиться восстановления одной маленькой церкви в пригородной деревне Николаевка, расположенной в 5 километрах от Красноярска. В связи с этим и практически с отсутствием священников за год архипастырь служил всенощную только в большие праздники и вечерние службы Страстной седмицы, а перед обычным воскресными службами вычитывал всенощную дома или в госпитале. Со всей епархии ему слали ходатайства о восстановлении церквей. Архиепископ оправлял их в Москву, но ответа не получал.
В письмах сыну Михаилу Владыка сообщал о своих религиозных взглядах:
«...в служении Богу вся моя радость, вся моя жизнь, ибо глубока моя вера... Однако и врачебной, и научной работы я не намерен оставлять»
«...если бы ты знал, как туп и ограничен атеизм, как живо и реально общение с Богом любящих Его».
Летом 1943 года Владыка Лука впервые получил разрешение выехать в Москву, участвовал в Поместном Соборе, который избрал патриархом митрополита Сергия (Старогородского); также стал постоянным членом Священного Синода, который собирался раз в месяц. Однако вскоре он отказался участвовать в деятельности Синода, так как длительность пути (около 3 недель) отрывала его от медицинской работы; в дальнейшем Владыка стал просить о переводе в Европейскую часть СССР, мотивируя это ухудшающимся здоровьем в условиях сибирского климата. Местная администрация не хотела его отпускать, пыталась улучшить его условия – поселила в лучшую квартиру, доставляли новейшую медицинскую литературу, в том числе на иностранных языках. Тем не менее, в начале 1944 года Владыка получил телеграмму о переводе в Тамбов.
С 1943 года официальный орган РПЦ «Журнал Московской Патриархии» печатал статьи архиепископа Луки, в основном общественно-политического содержания. В частности, в статье «Праведный суд народа» (ЖМП. 1944, № 2) Владыка выступил сторонником смертной казни «обер-фюрераордыпалачейиегоближайшихсообщниковнацистов».
Служение на Тамбовской кафедре.
В феврале 1944 года Военный госпиталь переехал в Тамбов и Владыка Лука возглавил Тамбовскую кафедру. 4 мая 1944 года во время беседы в Совете по делам Русской Православной Церкви при СНК СССР Патриарха Сергия с председателем Совета Карповым, Святейший Патриарх поднял вопрос о возможности Архиепископа Луку переместить на Тульскую епархии, мотивировал такую необходимость болезнью Архиепископа Луки (малярия) в свою очередь, Карпов «ознакомил Святейшего Патриарха Сергия с рядом неправильных притязаний со стороны Архиепископа Луки, неправильных его действий и выпадов.Вслужебнойзапискенаркому РСФСР Андрею Третьякову от 10 мая 1944 года, Карпов, указывая ряд допущенных архиепископом Лукой поступков, «нарушающих законы СССР» (повесил икону в хирургическом отделении эвакогоспиталя № 1414 в Тамбове совершал религиозные обряды в служебном помещении госпиталя перед проведением операций; 19 марта явился на межобластное совещание врачей эвакогоспиталя одетым в архиерейское облачение; сел за председательский стол и в этом же облачении сделал докладпо хирургии и другое), указывал наркому, что «Облздравотдел (г. Тамбов) должен был сделать соответствующее предупреждение архиепископу Луке и не допускать противозаконных действий, изложенных в настоящем письме»…
Кафедральным храмом Архиепископа Луки стала открытая за полгода до его приезда в Тамбов городская Покровская церковь (вся епархии в 1944 году насчитывала три действующих храма): она практически не была обеспечена предметами богослужения: иконы и иные принадлежности для богослужения былипринесены прихожанами. Архиепископ Лука стал активно проповедовать (77 проповеди) они записывались и распространялись. На архиерея оказывал постоянное давление местный уполномоченный, который узнавал о событиях из его жизни через секретаря епархии протоиерея Иоанна Леоферова. Открытия бывшего кафедрального Спасо-Преображенского собора добиться не удалось: тем не менее, к 1 января 1946 года было открыто 24 прихода. Архиепископ составил чин покаяния для священников – обновленцев, а так же разработал план возрождения религиозной жизни в Тамбове, где, в частности проводить религиозное просвещение интелигенции,открытие воскресных школ для взрослых.Этот план был отвергнут Синодом. Среди прочей деятельности Луки — создание архиерейского хора, многочисленные произведения прихожан в священники. Под руководством архиепископа Луки за несколько месяцев 1944 года для нужл фронта было перечислено более 250 тыс. рублей на строительство танковой дивизии имени святого Дмитрия Донского и авиаэскадрильи имени святогоАлександра Невского. В общей сложности за неполные два года было перечислено около миллиона рублей.
В числе 7 старейшин по хиротонии архиеереев, включая Василия Ратмирова, в феврале 1945 года награжден Патриархом Алексием I правом ношения бриллиантового креста на клобуке, «во внимание к архипастырским трудам и патриотической деятельностью». В декабре 1945 года, владыка Лука за помощь Родине был награжден медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной Войне».
В начале 1946 года постановлением СНК СССР с формулировкой «За научную работу разработку новых хирургических методов лечения гнойных заболеваний и ранений изложенных в научных трудах «Очерки гнойной хирургии» в 1943 году, и «Поздние резекции при инфицировании огнестрельных ранениях суставов», опубликованном в 1944 году» архиепископу Луке была присуждена Сталинская премия первой степени в размере 200000 рублей, из которых 130000 рублей он передал на помощь детским домам. Владыка Лука был единственным священнослужителем, удостоенный этой премией.