Будущий Александр II сразу после достижения совершеннолетия и принесения присяги (в 1834 г.) был введен отцом в состав Сената, далее он постоянно участвовал в работе Государственного Совета, Комитета министров, Финансового комитета и т. п., приходилось ему и формально заменять государя, уезжавшего из столицы, в решении текущих государственных вопросов. Однако его назначение в 1835 г. в состав Синода, т. е. включение светского лица, пусть даже наследника царского престола, в состав высшей церковной власти все же вызвало у его членов отрицательную реакцию, и митрополит Московский святитель Филарет (Дроздов) высказал это императору. Противодействие привело только к недовольству Николая I, который не видел отличий в положении Святейшего Синода и любого другого ведомства своего аппарата, но более никаких последствий не имело.
Поражение в Крымской войне убедило нового императора Александра II в необходимости реформ, призванных оздоровить государственный строй и экономику России. Важнейшим преобразованием явилась отмена крепостного права, объявленная манифестом от 19 февраля 1861 г. За этим актом последовал ряд других реформ — земская, военная, судебная.
В первые годы нового царствования цензура как светская, так и духовная была ослаблена, что сразу же способствовало публичному обсуждению церковных проблем в духовных журналах и широких кругах общества. По словам И.К. Смолича «впервые в истории русской публицистики широко дискутировались вопросы о связи христианства, Церкви и духовенства с национальным, социальным и культурным развитием русского народа, указывалось на вытекающие отсюда обязанности Церкви и церковнослужителей». Не остались в стороне от этого процесса и лучшие представители духовенства, которые в своих проповедях и мемуарах активно обсуждали темы соотношения христианства с общественной жизнью, степени взаимопроникновения государства и Церкви. Совершенно особое место в этом ряду занимает дневник молодого архимандрита Порфирия (Успенского) «Книга бытия моего», в которой присутствуют необычайно зрелые, хотя и небесспорные рассуждения о «высокомерии» Русской Церкви, отступлении ее от раннехристианских канонов и утрате самого главного - соборности.
Сложившийся при Николае I и Пратасове строй церковного управления вызывал критику с разных сторон. В конце 50-х гг. за границей вышли книги бывшего профессора богословия Д. И. Ростиславова и калязинского священника И. С. Беллюстина с желчными, ядовитыми обличениями сушествовавших церковных порядков. Обе книги направлены главным образом против иерархии и монашества и оттого носят грубо протестантствующий характер.
Ho и людьми более церковных взглядов высказывались требования перемен. Известный славянофил К. С. Аксаков в 1855 г. выступил за широкую гласность и свободу церковной печати: «Деятельность мысли, духовная свобода есть призвание человека... Если найдутся злонамеренные люди, которые захотят распространять вредные мысли, то найдутся люди благонамеренные, которые обличат их, уничтожат вред и тем доставят новое торжество и новую силу правде...» Удивительно по своей прямоте и смелости высказывание Киевского митрополита Арсения (Москвина): «Мы живем в век жестоких гонений на веру и Церковь под видом коварного об них попечения».
С обоснованной критикой формализма и бюрократизма в синодальном и консисторском управлении выступил известный церковный ревнитель A. Н. Муравьев, в прошлом служивший при обер-прокуроре Синода. Он писал: «Число светских чиновников по особым поручениям и за обер-прокурорским столом, и в разных управлениях и канцеляриях умножилось до чрезвычайности». Крайнее усиление обер-прокурорской власти он находил в том, что «два таинственных слова “читал и исполнил” (которыми обер-прокурор пропускал синодальные определения к исполнению) решают дела церковные, самые важные, как и самые обыкновенные. Какой патриарх пользовался столь неограниченной властью?»
A. Н. Муравьев не помышлял ни об упразднении должности обер-прокурора, ни тем более об отмене самой синодальной системы управления. Он предлагал лишь ввести полномочия. обер-прокурора в те рамки, в которых они держались до Голицына и Пратасова, и стремился к возвышению первенствующего члена Синода. Муравьев выразил пожелание, чтобы первенствующий член, «стоящий во главе Святейшего Синода, который поставлен во главе всей Российской Церкви, пользовался особым уважением всех архиереев, с некоторыми отеческими правами в отношении их. Если заметит он какие-либо беспорядки по епархиям, то пишет прямо от себя к архиереям, и каждый из них должен обращаться к нему за советом в затруднительных случаях... Первенствующий член сносится также и с Патриархами Восточными от лица Святейшего Синода. Таким образом, в лице его сосредоточится единство всей Российской Церкви и восстановится древний порядок, первенствующей Церкви Христовой». Таким образом, не ставя вопрос о восстановлении Патриаршества, Муравьев стремился к тому, чтобы и в рамках синодального управления соблюдалось 34 Апостольское правило о первом епископе в каждом народе.
С Муравьевым вполне согласны были митрополит Петербургский Григорий (Постников) и епископ Камчатский святитель Иннокентий (Вениаминов). Митрополит Московский Филарет сочувствовал критике Муравьева, но находил его замечания слишком торопливыми и не продуманными до конца. Мудрый святитель опасался проведения новой реформы сверху, руками светской власти. Ведь свои предначертания A. Н. Муравьев направил обер-прокурору графу А. П. Толстому и при этом писал, что «один лишь обер-прокурор может вывести Церковь из того положения, в какое она поставлена, явив себя графом Пратасовым в обратном смысле».
Святитель Филарет, обращаясь к Муравьеву, писал: «Я возражаю не против сущности ваших замечаний на стеснительное положение синодального действования, но против неточности изложения, от которой могут произойти два неблагоприятных последствия — первое, что могут сделать возражения против сей неточности, и все ваше замечание окажется опровергнутым, второе, что неверно означенная неправилыюсть может получить такое исправление, которое вновь будет неправильно и неудовлетворителыю». По поводу сетований Муравьева на уничтожение Патриаршества Петром святитель заметил: «Хорошо было бы не уничтожать Патриарха и не колебать тем иерархию, до восстановлять Патриарха было бы не очень удобно, едва ли был бы он полезнее Синода. Если светская власть начала тяготеть над духовною, почему один Патриарх тверже вынес бы сию тягость, нежели Синод».
В 1856 г., воспользовавшись приездом архиереев в Москву на коронацию Александра II, митрополит Филарет провел совещание российского епископата, которое в печати получило наименование «Московского собора». По предложению святителя Филарета, на совещании решено было возобновить труды по переводу Библии на русский язык. Суждение «Московского собора» о целесообразности значительного увеличения числа епархий осталось неисполненным.
Митрополит Филарет высказывался в эти годы и по вопросу об участии представителей иерархии в деятельности Государственного совета. Он находил неудобным для духовных лиц заседать в этом учреждении; как правило, епископов мало посвящали в дела, которые обсуждались в Совете, но соединенное с членством в нем безмолвное подписывание документов могло бы уронить их в общем мнении. Вместо этого он считал целесообразным проводить в отдельных случаях совместные заседания Святейшего Синода и Государственного совета для обсуждения вопросов, одинаково важных и для государства, и для Церкви.
Осторожная и трезвая линия святителя Филарета в отношениях с правительством исходила из его стремления оградить самостоятельность Церкви и достоинство епископата. Ho он убежден был в том, что силы Русской Православной Церкви, подорванные петровской реформой, недостаточны для решительного отпора светской власти. После блаженной кончины митрополита Филарета в 1867 г. Московскую кафедру занял известный миссионер святой Иннокентий, переведенный в столицу из далекой Камчатской епархии.
Первенствующим членом Синода с 1856 г., после кончины митрополита Никанора, простудившегося во время коронационного богослужения в Успенском соборе Кремля, был митрополит Новгородский и Петербургский Григорий (Постников), почитатель и друг митрополита Московского Филарета, в прошлом ректор Петербургской духовной академии, основатель выходившего с 1821 г. богословского журнала «Христианское чтение». В 1825 г. он был хиротонисан во епископа Калужского. Перед переводом в Петербург митрополит Григорий занимал Казанскую кафедру. Это был покровитель духовного просвещения (в свое время его очень любили студенты академии) и замечательный проповедник. В проповедях он, в отличие от святителя Филарета, избегал догматических тем. Обращенные к простому народу, его проповеди исполнены искреннего религиозного одушевления и большой нравственной силы. Язык их чужд риторики и прикрас, прост, ясен, доступен некнижному человеку. В 1855 г. митрополит Григорий написал книгу «Истинно-древняя и истинно-Православная Церковь», в которой спокойно и благожелательно полемизировал против старообрядческого раскола. Как и митрополит Филарет, он был настойчивым приверженцем перевода Священного Писания на русский язык.
Всего 4 года святитель занимал столичную кафедру, но паства успела за это время полюбить твердого в вере, предельно искреннего и прямого, благородного архипастыря. Внешне он бывал порой резок и даже грубоват, но в душе необычайно добр, мягок, отзывчив. После его кончины 17 июня 1860 г. его преемником по Петербургской кафедре и в Синоде стал многоопытный пастырь митрополит Исидор (Никольский).
Значение поста обер-прокурора для деятельности Синода и церковной жизни в целом за два предыдущих царствования принципиально изменилось по сравнению с реалиями XVIII в. и было чрезвычайно велико. Будучи по правам практически равен министру, обер-прокурор присутствовал в Совете министров, хотя не являлся его членом, участвовал в заседаниях Государственного Совета; имел право еженедельного личного доклада государю, давал необходимые сведения Сенату о духовном ведомстве. Обер-прокурор представлял царю кандидатуры на назначение архиереев в епархии.
Обер-прокурорское кресло в первое десятилетие царствования Александра II занимали заурядные чиновники А. И. Карасевский и А. П. Ахматов. Военное прошлое Ахматова дало основание одному из критиков придворных порядков заметить, что «духовенство является какой-то бригадой, предводительствуемой генералами в рясах и звездах, под главой и полномочной командою какого-нибудь фельдмаршала, именуемого обер-прокурором Св. Синода».
В период между ними, с 1856 по 1862 гг., обер-прокурором был граф А. П. Толстой; человек искреннего благочестия, любивший бывать в Оптиной пустыни. Толстой, решив вести дело церковными методами, не только сам старательно изучал положение церковных дел, но и выслушивал архиереев, членов Синода. Он старался всячески возвысить авторитет синодальных архиереев и первенствующего члена, митрополита Санкт-Петербургского, уступая их мнению, даже когда сам полагал противное. Так, митрополит Григорий (Постников) писал святителю Филарету: «Новый обер-прокурор помогает нам, при всем затруднении, так много, что покойный граф едва ли бы решился так много действовать в нашу пользу. Мы весьма счастливы, что он у нас». Действительно, и сам святитель Филарет свидетельствовал о благорасположении к Церкви нового обер-прокурора и о том, что обер-прокурор «прилагает доброе попечение о делах духовного ведомства».
Правда не всегда было все безоблачно. Так А. П. Толстой возражал против перевода Библии на русский язык и после «Московского собора» 1856 г., решившего возобновить перевод, сумел заручиться поддержкой митрополита Киевского Филарета, чтобы затормозить это начинание, так что прошло еще два года, прежде чем, благодаря новым настойчивым усилиям митрополитов Московского Филарета и Петербургского Григория, работа над переводом была действительно возобновлена.
В 1865 г. обер-прокурора Ахматова сменил граф Д. А. Толстой, приобретший настолько сильное влияние на ход церковных дел, что архипастыри вспомнили тогда о временах Голицына и Протасова. Возобновляя опыт «двойного министерства», Д. А. Толстой совмещал обер-прокурорскую службу с должностью министра народного просвещения. Во внутренней политике, в постановке школьного дела он был убежденным консерватором, «главным ретроградом», как его тогда называли, ограждавшим сословный характер образования, добившимся запрета принимать в гимназии «кухаркиных детей». Священное Писание он знал мало, рвения к вере не проявлял, митрополит Санкт-Петербургский Исидор заметил как-то, что никто не упомнит, когда граф Толстой последний раз причащался. В церковном устройстве и управлении он считал идеалом «Духовный регламент». Конкретной церковной деятельностью до своего назначения Толстой не занимался и вообще не имел опыта общения в этой сфере.
В отношении к Церкви он был, подобно ненавистным ему нигилистам, вольнодумец, попросту говоря, едва ли верующий и совсем нецерковный человек. Д. А. Толстой не скрывал своего пренебрежения к епископату и духовенству. При нем опять значительно усилилось давление на иерархию. Обер-прокурор старался подорвать влияние духовенства на народную и государственную жизнь. Он стремился отстранить духовенство от участия в организации начального образования для крестьянских детей. Своей реформой гимназического образования, когда главными дисциплинами в школе стали классические языки, Д. А. Толстой низвел Закон Божий на место второстепенного предмета. За годы его обер-прокурорства в России закрыто было более 2000 приходов.
В области церковного управления он стремился деятельности всех церковных инстанций придать как можно более бюрократически упорядоченный, казенный, канцелярский характер, казалось, что делалось это для того, чтобы отнять y Церкви всякую самостоятельность, чтобы обездушить ее, лишить ее ореола неотмирности. Для укрепления обер-прокурорской власти в 1865 г. была учреждена должность товарища обер-прокурора с правами товарищей министров. С 1866 г. Толстой стал одновременно и министром просвещения, фактически повторялся опыт Двойного министерства и совмещения должностей в стремлении власти придать деятельности Синода более бюрократический, казенный характер. В 1867 г. при Синоде было создано контрольное отделение, поставленное в зависимость от обер-прокурора. Для упорядочения законодательной и судебной деятельности Синода в 1868 г. начато было издание «Полного собрания постановлений и распоряжений по ведомству Православного исповедания Российской империи».
В конце 60-х гг. Д. А. Толстым был поднят вопрос о реформе церковного суда. О неканоническом подходе обер-прокурора к задуманной реформе говорит сама формулировка вопроса: не надлежит ли и церковные суды перестроить «сообразно тем началам, на которых преобразована судебная часть по гражданскому, военному и морскому ведомству», будто y Церкви нет своих основополагающих канонических норм, независимых от государственного права.
Была образована комиссия во главе с архиепископом Тверским Филофеем (Успенским), впоследствии митрополитом Киевским. Работа этой комиссии оказалась бесплодной, но в 1870 г. был учрежден особый Комитет о преобразовании судебной части под председательством архиепископа Литовского Макария (Булгакова). В этот Комитет граф Толстой, с неприязнью относившийся к монашествующим, постарался включить лишь светских специалистов по церковным делам и лиц из белого духовенства — ни одного епископа и монаха, кроме председателя. В 1873 г. Комитет выработал проект реформы церковного суда, которым предполагалось перестроить его на тех же основаниях, на которых проведена была реформа светского судопроизводства. Проект исходил из той предпосылки, что не существует независимой от государства духовной юрисдикции, a судебные права принадлежат церковным учреждениям по полномочию от государственной власти.
Проект вызвал единодушно резкую критику со стороны епископата, a архиепископ Волынский Агафангел ответил на него отзывом о незаконности и вреде обер-прокурорского надзора. В 60-70-х гг. на усиление обер-прокурорского давления епископат реагировал более остро и смело, чем в николаевскую эпоху. Инициатору судебной реформы пришлось отказаться от своего замысла. В 60-70-х гг. Русская Церковь упрочила свои вековые связи с Православным Востоком, в особенности с Константинопольским Патриархатом. Святейший Синод через Российское правительство постоянно прилагал усилия для защиты православных подданных Турции от произвола султанской власти.
В 1877 г. Россия вступила в войну с Турцией ради защиты единоверных братьев на Балканах от массового истребления. Война закончилась победой России и освобождением Болгарии от исламского ига. Православная Церковь благословила российское воинство на брань с вековым врагом христианства. В эти дни ректор Петербургской академии протоиерей Иоанн Янышев говорил: «Мы, русские, прежде всего и больше всех должны помочь страдающим христианам на Востоке. Русская Церковь, некогда дщерь, a ныне сестра Восточных Церквей, не забыла о во веки неразрывной духовной связи со страдающими восточными членами того же самого единого вселенского Тела Христова».
Архипастырские и пастырские воззвания всколыхнули страну. В образовавшийся тогда Славянский комитет стекались громадные пожертвования отовсюду. Синод пожертвовал на военные и санитарные нужды 100000 рублей (примерно 30 миллионов по современному курсу). Члены Синода пожертвовали все свое жалование за время войны. Свои пожертвования несли епархиальные архиереи, монастыри, духовные школы, церковные братства, приходское духовенство. Московские монастыри и духовенство во главе со святителем Иннокентием за две недели собрали и отослали в Черногорию более 30 тысяч рублей. В народе война вызвала религиозный и патриотический подъем. В церквах производился кружечный сбор. Прихожане — не только состоятельные люди, но и простые крестьяне — с радостью жертвовали деньги и даже хлеб на нужды армии и на единоверных братьев.
При монастырях устраивались лазареты для раненых воинов. Около 200 монахов и до 700 инокинь посвятили себя уходу за ранеными и больными солдатами. Монастыри оказывали приют осиротевшим детям убитых воинов. Полковые священники, служившие в действующей армии, утешали раненых, напутствовали умиравших, под обстрелом противника служили молебны и панихиды.