Первые «заповедные» территории в Восточной Пруссии появились еще в начале нашей эры. Их создание связано с языческими верованиями древних жителей этой земли — пруссов, у которых существовали священные рощи, населенные, по преданиям, богами и душами умерших людей. Самой известной из них считается священная роща Ромове (рядом с нынешним пос. Липовка Багратионовского р-на Калининградской обл.), в ней совершал свои обряды главный жрец пруссов — Криве-Кривайтис. В этих рощах строго запрещалась какая-либо хозяйственная деятельность, в частности вырубка деревьев. У пруссов священными (охраняемыми) объявлялись не только деревья, но также реки, камни, животные и т. д. Такие объекты можно считать прототипами современных особо охраняемых природных территорий.
Первый этап развития охраняемых территорий Восточной Пруссии относится к началу XVIII в. По приказу немецких правителей некоторые богатые дичью местности, пригодные для охоты, в целях защиты от браконьерства были взяты под особую охрану. Одной из них стала Куршская коса — излюбленное место проведения королевских охот на протяжении столетий начиная с XVI в. Богатые охотничьи ресурсы уже в те времена привлекали браконьеров. По их вине начали исчезать олени в девственных лесах, что побудило короля Фридриха Вильгельма I подписать указ об организации заповедника «Королевский лес» в южной части Куршской косы. Особый режим ее охраны спас прекрасный участок елового леса от вырубки и уничтожения обитающих в нем животных.
Другой охраняемой территорией, учрежденной в этот период, стала Роминтенская пуща. Ранее, в орденский период, «дикие заросли» Роминтена были местом добычи строительного дуба, липы (для получения древесного угля), а также других лиственных деревьев на дрова, смолу и для изготовления пчелиных ульев. Лесные чащи использовались и в качестве охотничьих угодьев. В XVIII в. площади диких лесов сильно уменьшились, поэтому в 1890 г. кайзер Вильгельм II объявил Роминтен императорскими придворными охотничьими угодьями. В это время было окультурено 25 тыс. га чащи. После 1918 г. Роминтенские государственные охотничьи угодья особо славились оленями с ветвистыми рогами.
Второй этап начался в 1937 г., когда был создан государственный природный заповедник «Немецкий лосиный лес». Он включал в себя земли к востоку и юго-востоку от Куршского залива общей площадью 46 550 га. В 1939 г. к «Лосиному лесу» были присоединены округа Куршской косы Росигтен и Шварцорт, объединенные в 1940 г. в лесной уезд Росигтен. В 1941 г. весь округ «Лосиный лес» перешел в непосредственное подчинение имперской службе лесного и охотничьего хозяйства. Слияние 11 провинциальных уездов в централизованное, управляемое государством заповедно-охотничье хозяйство не имело аналогов в истории Восточной Пруссии. Работникам этого заповедника удалось достичь значительных успехов в развитии охотничьего хозяйства и селекции восточно-прусского лося. С целью сохранения уникального природного комплекса был также создан заповедник на болоте Целаубрух (Правдинский р-н).
Третий этап формирования системы ООПТ начался в 60-х гг. XX в. В целях охраны и обогащения животного мира в Калининградской области была создана сеть государственных природных заказников регионального значения: «Вислинская коса» (1963 г., площадь 21 км2), «Каменский» (1963 г., 255 км2), «Майско-Краснополянский» (1963 г., 298 км2), «Куршская коса» (1967 г., 66 км2), «Новоселовский» (1976 г., 198 км2). Ряд уникальных природных объектов получил статус памятников природы, в том числе озеро Виштынецкое и река Красная.
Четвертый этап (1987—1991) был обусловлен осознанием необходимости повышения статуса существующих ООПТ и формированием природного каркаса Калининградской области. В 1987 г. постановлением Совета министров РСФСР был учрежден государственный природный национальный парк «Куршская коса» — первый ООПТ федерального значения в этом регионе.
С реализации идеи организации трансграничных ООПТ в 1992 г. начался пятый этап, когда была разработана концепция создания польско-литовско-российской Виштынецко-Сувалкской трансграничной территории, охватывающей следующие части:
• северную, наиболее возвышенную и сильно изрезанную часть сувалкского Приозерья с Сувалкским пейзажным (ландшафтным) парком (примерно 30 тыс. га);
• региональный Виштынецкий парк на территории Литвы (20 тыс. га);
• российскую часть Роминтенской пущи — Виштынецкий заказник на территории Калининградской области (около 32 тыс. га);
• польскую часть Роминтенской пущи (18 тыс. га).
С целью сохранения и восстановления особо ценных природных комплексов и объектов на территории Калининградской области и формирования системы ООПТ в 1997—1999 гг. был выполнен российско-шведский проект «Разработка плана охраны природы для Калининградской области». Итоговый документ содержит краткое описание предполагаемых для учреждения ООПТ общей площадью 824 км2 (5,4 % территории области, 6,3% площади ее суши) и 10 охраняемых речных систем, площадь которых не определена. Все существующие и предполагаемые (планируемые) ООПТ были ранжированы по уровню значимости (I — общебалтийский, II — приграничный, III — областной, IV — местный) и по степени угрозы для сохранения (А — существует реальная угроза для сохранения, Б — непосредственной угрозы для сохранения нет или она невелика). Разработка этого документа осуществлялась под руководством Комитета природных ресурсов по Калининградской области Министерства природных ресурсов России. Одновременно началась подготовка к созданию национального парка «Виштынецкий», который призван стать ядром трансграничной ООПТ международного уровня.
Одновременно с этим в 1998 г. распоряжением губернатора Калининградской области Л. П. Горбенко правовой статус заказников «Громовский», «Дюнный» и «Виштынецкий» был понижен с комплексного до зоологического, а заказник «Вислинская коса» вообще лишился статуса ООПТ. В 1999 г. особо охраняемыми водными объектами главой областной администрации объявлены водно-болотные угодья (торфоместорождения) общей площадью 264,9 км2. В это же время с целью сохранения популяции лося был образован зоологический заказник «Заповедный».
Таким образом, система особо охраняемых природных территорий Восточной Пруссии — Калининградской области получила наибольшее реальное развитие на втором этапе (в первой половине XX в.). Именно в этот период преобладающей формой ООПТ были заповедники, имеющие наивысшую категорию охраны.