Решение о строительстве новой каменной крепости в Москве было принято Иваном III, по-видимому, не позднее лета 1482 года. Связано было принятие такого решения с войной с ханом Большой Орды Ахматом и возникновением после довольно длительного затишья угрозы татарского нападения на столицу. Внешняя опасность послужила толчком для решения вопроса, который уже назрел и объективно с превращением Москвы в столицу Русского государства. Первый мастер (Антона Фрязина) очевидно приехал в Москву около 1485 года, он был нанят в Италии русским послом Мануилом Доркасом (Ангеловым).
Создание нового оборонительного комплекса начали с южной (выходящей на Москву-реку) стороны. В 1485 году на месте Чешковых ворот белокаменного кремля архитектором Антонио Джиларди (Антон Фрязин) из Виченцы была построена Тайницкая башня (она получила свое название по потайному ходу, вырытому в сторону реки). Еще через три года им же была возведена угловая Свиблова башня. На год раньше (в 1487 году) другой итальянец, Марк Фрязин (Н.М. Карамзин придает называет его Марко Руффо, некоторые итальянские ученые причисляют его к потомка Марко деи Фризони или да Корона), возвел Беклемишевскую (Москворецкую) башню у впадения реки Неглинной в Москву-реку. К началу 1490-х годов работы на южной стороне были полностью закончены.
Марк Фрязин начал также работы на восточной стороне. Летописи сообщают, что он "заложи" Никольскую и Фроловскую (Спасскую) башни. В 90-х годах XV века руководство строительством стен перешло к Пьетро Антонио Солари (Петру Фрязину) из Милана. В 1490-м году Солари выстроил с западной стороны проездную Боровицкую башню, а также стену между нею и Свибловой башней. С 1490 по 1495 годы на северо-восточной стороне одна за другой поднялись Константино-Еленинская, Спасская, Никольская, Сенатская, Угловая Арсенальная башни. В первую очередь возводились стратегически наиболее важные проездные Константино-Еленинская, Спасская и Никольские башни с отводными стрельницами и подъемными мостами. Над воротами Спасской башни с обеих сторон были помещены белокаменные доски с вырезанными надписями, рассказывающими о времени сооружения башни. Одна из них, написанная по латыни, помещена над проездными воротами отводной стрельницы со стороны Красной площади, другая - над воротами самой башни со стороны Кремля. На ней славянской вязью вырезано: "В лето 6999 (1491 г. - РГ) июля божиею милостию сделана бысть сия стрельница повелением Иоанна Васильевича государя и самодержца всея Руси и великого князя Володимерского и Московского и Новгородского и Псковского и Тверского и Югорского и Вятского и Пермского и Болгарского и иных в 30 лето государства его, а делал Петр Антоний Солярио от града Медиолана".
Никольская башня, как сообщают летописи, была заложена не на старом месте, а на новой, примыкающей к Кремлю с северо-восточной стороны территории. От башни стена пошла вниз по склону к реке Неглинной. Здесь в 1492 году над водным источником была сооружена угловая башня, названная Собакиной, по двору бояр Собакиных (сейчас Угловая Арсенальная).
Во время строительства укреплений в 1493 году в Кремле два раза вспыхивал сильнейший пожар, уничтоживший деревянные надстройки на башнях, кровли на стенах и временно возведенную деревянную стену от Никольской башни до реки Неглинной; серьезно пострадала и Боровицкая башня. Кроме того, не дожив до 50 лет, 22 ноября 1493 г. умер Солари. На некоторое время это приостановило строительные работы.
Сын и ученик Гвинифорте Солари (1429-1481), Пьетро Антонио (около 1450-1493) принимал участие в сооружении в Милане собора а также монастыря Чертозы в Павии. Кроме того, он подвизался и в качстве скульптора. В Италии сохранились две его работы, датируемые 1484 и 1485 гг.: гробница де Капитани в Александрии и скульптура Мадонны в музее замка Сфорцы в Милане. Нет сведений о том, какие причины заставили Пьетро Антонио покинуть родину ради неизвестной ему Московии. Возможно, что его побудил к этому старший брат жены Ивана III Софьи Палеолог - Андрей. Он два раза приезжал в Москву, последний раз в 1490 г. (по другим сведениям в 1489 г.) вместе с русским посольством. Посольство это было очень многолюдно, в его составе приехал и Солари. В Москве его окружили почетом. В отличие от других иностранцев летопись именует его не "муроль", а "архитектон". В одном из писем на родину, сохранившемся в Ватиканском архиве, Солари называет себя "architectus generalis Moscovial" ("главным архитектором города").
После смарти Солари строительство Кремля осталось без опытного руководителя и в 1494 году русские послы Мануил Ангелов и Даниил Мамыров привезли из Милана Алоизио да Каркано (по более современным уточненным данным его имя пишется как Алоизио да Карезано - Алевиз Старый в русских источниках). К этому времени оставалась незаконченной северо-западная сторона кремлевских стен, вдоль русла реки Неглинной. В конце XV века это была река с заболоченной поймой, подступавшей вплотную к крутым склонам Боровицкого холма. Прежде чем приступить к возведению стен, необходимо было укрепить ползучий грунт. Прежде всего потребовалось проведение серьезных гидротехнических работ. У Боровицкой башни, где Неглинная далеко отступала от стен и образовывала мыс, который неприятель мог использовать во время осады, вдоль линии стен от Боровицкой стрельницы до Москвы-реки был вырыт глубокий ров. Возле Средней Арсенальной башни возвели запруду. В 1493 году Иван III повелел расчистить от застройки широкою полосу земли за кремлевской стеной со стороны Неглинной: "постави меру от стены до дворов сто сажен да девять" (ПСРЛ т. XII стр. 236, цитирую по Архитектурные ансамбли Москвы XV - начала XX веков.) Этот отсчет (около 240 м) производился от еще существовавшей старой стены, проходившей немного дальше от берега речки. Таким образом Алевиз получил возможность в этом месте "прибавить града". Кроме того это обеспечивало открытое пространство для обстрела при возможном приближении врагов и противопожарную безопасность города. При раскопках 1965 года выяснилось, что архитектор перебросил арочные перемычки вдоль обрывистого берега, которые сравняли неровности почвы и лишь затем стал возводить стены. Он спрямил стены этого фасада, вывел их на одинаковую высоту, а длинные прясла "облокотил" на прямоугольные башни. В это время были возведены Конюшенная (Оружейная), Колымажная (Комендантская) и Граненая (Средняя Арсенальная) башни. В 1495 г. началось возведение Троицкой. В этом же году была построена и Набатная башня на восточной стороне. В 1495 году же Великий Князь повелел расчистить место за Москвой-Рекой напротив города (так называемый "Государев сад", просуществовавший до конца XVII века). В 1499 году в Кремле был заложен княжеский двор с каменными палатами и погребами. Его ограждала высокая стена, выведенная от Боровицкой башни по бровке Кремлевского холма до княжеских хором.
В 1508 году великий князь Василий Иванович, сын Ивана III, повелел вырвть ров со стороны Красной площади от Неглинной до Москвы-реки. Историки расходятся в мнении о том, кто строил этот мост. Одни приписывают его Алоизио Ламберти да Монтаньяна (Алевизу Новому русских летописей), другие - Алоизио да Каркано. Ширина его была 32-34 м, глубина 10-12 м, он был выложен белым камнем. По его краям и вдоль берега Москвы-реки возвели дополнительные кирпичные стены. Кремль превратился в своеобразный остров, труднодоступный с любой стороны - приникнуть в него можно было только по подъемным мостам у проездных ворот. Возможно, что именно тогда, при перестройке в 1516 г. Троицкого моста была сооружена прикрывающая этот мост Кутафья башня. Хотя, например, С.П. Бартенев предполагал, что она была сооружена вместе с Троицкой башней в период между 1495 и 1499 гг.
Самой последней из существующих ныне появилась небольшая Царская башня. Она была поставлена на стене в 1680 г.
Московский Кремль после реконструкции XV-XVI веков. План
По "Древнерусское градостроительство X-XV вв." М., 1993, стр. 318
Сохранившиеся башни:1. Спасская 2. Сенатская 3. Никольская 4. Угловая Арсенальная 5. Средняя Арсенальная 6. Троицкая 7. Кутафья 8. Комендантская 9. Оружейная 10. Боровицкая 11. Водовзводная 12. Благовещенская 13. Тайницкая 14. 1-я Безымянная 15. 2-я Безымянная 16. Петровская 17. Москворецкая 18. Константино-Еленинская 19. Набатная 20. Царская (построена в XVII веке)