Обработка результатов
Цель работы:
Знакомство с компьютерной программой «PROTEIN 3D» и ее использование для анализа белковых структур.
Описание компьютерной программы «Protein 3D»
Компьютерная программа «Protein 3D» (Визуализатор надмолекулярных биоструктур «Protein 3D ») является одним из таких визуализаторов, предназначенных для просмотра файлов в формате PDB. Помимо различных и общепринятых форм рендеринга, в программе реализованы представления о системах сопряженных ионно-водородных связей, которые делают ее в своем роде уникальной и полезно для изучения студентами.
Учебное задание №1.
На белом фоне в форме представления Atoms 1 (иконка Render) с качеством Best Quality в формате.jpeg и производят запись картинки в файл и с помощью Windows проверяют качество записи.
При помощи иконки «file» открываем файл «4HHB.PDB»
Содержание всех команд, представленных в иконке File, показано на рис. 1.
Рис. 1. Команды, записанные в иконке File.
С помощью иконки «Render» меняем форму представления структуры анализируемого объекта на «atom 1».
В иконке Render содержатся команды, обеспечивающие различные формы представления (рендеринга) структуры анализируемых объектов. Мы проведем разбор этих форм на белках.
Рис 2. Содержание команд иконки «Render».
3 ) Меняем качество рисунка на «Best quality» во вкладке «JPEG File quality» в иконке «File».
Сохраняем результат в формате «jpeg» при помощи иконки «File».
Учебное задание 2.
Записать выделенные в субъединице гемоглобина ССИВС в текстовый файл и проверить наличие записи в файл. Студенты все выполняют предложенное задание. В результате должен быть записан текстовый файл с названием 4HHB.txt.
Для начала поставим во вкладке «Select bond types» иконки «CIHBS» галочку на против «Show all».
Иконка CIHBS (сокращение от Conjugated Ionic-Hydrogen Bonвs Systems - Системы Сопряженных Ионно-Водородных связей – ССИВС) содержит ряд специально разработанных команд для работы с этими системами.
Рис 4. Команды иконки CIHBS.
Команды «Скрыть атомы в ССИВС » (Hide atoms in CIHB mode) и «Притемнить неактивные ССИВС » (Darken inactive CIHB) отмечены красными кружками. В программе они являются установленными заранее и предназначены для улучшения восприятия выделяемых в анализируемой структуре. ССИВС. Так, в отсутствие команды «Hide atoms in CIHB mode», ряд атомов, в первую очередь атомы углерода боковых цепей, создают дополнительный «шум» и затрудняют просмотр ССИВС. Включение этой команды существенно улучшает восприятие ССИВС.
Команды «Обозначить активированные ССИВС » («Sign activated CIHBS») и «Показать связи ССИВС » («Show CIHBS links»). Для анализа ССИВС важно знать, между какими атомами такие связи образовались. Эта информация реализуется с помощью команд «Sign activated CIHBS» («Обозначить активированные ССИВС») и «Show CIHBS links» («Показать связи ССИВС»).
Затем поставим галочку напротив «Trace in Memory» в иконке «CIHBS».
Эта установка позволяет в дальнейшем производит запись информации в текстовый файл.