Таким образом, именно при короле Оттоне I провозглашена была самостоятельность Элладской Церкви!
Однако многие Епископы и миряне с самого начала считали, что правительство поступило неканонично, объявив самостоятельность Церкви без ведома и согласия Константинопольского Патриарха. После обнародования положения о Церкви недовольные выступили с открытыми протестами; правительство стало принимать против них строгие меры.
Константинопольский Патриарх признал неканоничным провозглашение без его согласия самостоятельности Церкви. Когда в 1841 года Синод обратился к нему по одному вопросу, он вернул пакет нераспечатанным, сказав, что не знает никакого самовластного Синода в православном греческом государстве. Попытка Синода и правительства косвенным образом получить в 1849 году признание от Патриарха также была неудачна.
Эллинское правительство тогда решило войти в прямые отношения с Патриархом.
В 1860 году оно просило его признать Синод братом во Христе и благословить дело благочестивого греческого народа. Для решения церковных дел Эллады в 1859 году Патриарх Константинопольский в 1840-1841 и 1848-1852 гг. Анфим IV созвал Собор, в деяниях которого, кроме постоянных членов Патриаршего Синода, приняли участие также бывшие на покое пятеро Константинопольских Патриархов и находившийся в Константинополе Патриарх Иерусалимский Кирилл.
Патриарх и члены Собора выразили радостное чувство по поводу старания Элладской епархии войти, после 17 лет разрыва церковного общения, в общение со своим законным Предстоятелем. Было подтверждено право Константинопольского Патриарха давать самостоятельность Церквам, ему принадлежащим.
Признание автокефалии.
Эллинская Церковь была провозглашена автокефальной, подобно другим автокефальным церквам, под управлением своего постоянного Синода, состоящего из Архиереев. Собором было указано, в разрез с регламентом греческого правительства 1833 году, что Синод должен управлять церковными делами по Священным правилам, свободно и беспрепятственно от всякого мирского вмешательства. О состоявшемся решении Патриарх Анфим известил восточных Патриархов и Русский Синод.
Эллинское правительство в 1852 года издало новый регламент, по которому Синод состоит из пяти членов – Архиереев, из которых один – обязательно Митрополит Афинский – является председателем и присутствует постоянно. Остальные члены присутствуют временно и назначаются правительством по порядку старшинства. Представителем государственной власти в Синоде является назначаемый королем прокурор, который подписывается под решениями Синода.
Ведению Синода подлежали дела внутренние и внешние. Дела внутренние – наблюдение за верностью догматов, распоряжения о богослужениях, наблюдение за исполнением клириками своих обязанностей и церковной дисциплиной, освящение храмов, заботы о религиозном просвещении народа, насколько это касается государственных законов и т. д. Дела внешние – определения, относящиеся к церковным обрядам процессий и проч., распоряжения о духовно-учебных заведениях, благотворительных и исправительных учреждениях, назначениях для клириков и т. д. Дела первого рода Синод разрешает независимо от гражданской власти, дела же второго рода, как имеющие отношение к государству, - по утверждению правительства.
В 1852 году был обнародован Закон о разделении королевства на 24 епархии, одна из которых — Афинская — была возведена в степень Митрополии, девять — в степень Архиепископий, а остальные — Епископий.
Через четыре года в 1856 году епархии были разделены на приходы.
В 1852 году при епархиальных Архиереях были учреждены Епископские суды — дикастирии. Кандидаты в Епископы избирались Синодом, но утверждались королем. Для духовного просвещения народа правительство назначило нескольких иерокириксов (проповедников), в обязанность которых входило посещать города и села своего округа и поучать всех слову Божию. Священники и диаконы избирались самими прихожанами и рукополагались Архиереями после предварительного испытания.
Сокращение монастырей.
Правительственные реформы коснулись и элладских монастырей.
В годы греческого восстания в Элладе насчитывалось 524 мужских монастыря и 18 женских. Они владели большим недвижимым имуществом, которое занимало почти четверть всей греческой территории. Общее число монахов было около 3000 человек. Правительство распорядилось закрыть все монастыри, имеющие меньше шести монахов.
Имущество закрытых монастырей подлежало конфискации в пользу народного казначейства, учрежденного для улучшения церковных дел и народного образования. Монахи из них были перемещены в действующие монастыри. Неупраздненные монастыри должны были ежегодно вносить в казначейство пять процентов от своего дохода.
В результате Церковь лишилась 394 монастырей.
Августейшая семья.
10 (23) ноября 1836 года в г. Ольденбург Король Оттон I браковенчался с Принцессой Марией Фридерикой Амалией фон Шлезвиг-Голштейн-Ольденбург (1818-1875), старшей венценосной дочерью Великого герцога (1829-1853) и Андреевского кавалера (1801/1812) Пауля Фридриха Августа I фон Шлезвиг-Голштейн-Ольденбург (1783–1853) от первого державного союза с Принцессой Аделаидой фон Шаумбург-Липпе (1800–1820).
Монарх Греции прожил с венценосной избранницей более 29 лет, однако державного потомства не оставил.
Избрание наследника.
В неспокойные годы не раз король Оттон I проявлял замечательную доброту характера.
Так, в 1861 году Монарх согласился помиловать студента Друзио, покушавшегося на жизнь королевы Марии Фридерики Амалии; но эта доброта не ослабляла его строгости в сохранении престола от посягательств.
В особенности решительность обнаруживала властолюбивая супруга Оттона I, имевшая на него сильное влияние.
Только в одном вопросе Монарх отстоял свою независимость.
Державный союз короля с принцессой Амалией оказался, к несчастью, бездетным, и потому Государю необходимо было избрать наследника престола.
Королева Амалия безосновательно желала видеть наследником герцога Антона Гюнтера Фридриха Элимара (1844-1894), из Дома Шлезвиг-Голштейн-Ольденбург, сводного младшего брата своего.
Монарх же настоял на своем младшем Августейшем брате, принце Баварии Адальберте Вильгельма Георге Людвиге (1828-1875). Спор Августейшей четы вызвал разлад, который долго занимал греческое общество.