В 1555 году Ченслер ещё раз отправился в Москву. Царь выдал льготную грамоту для английской компании. Грамота давала право свободной и беспошлинной торговли оптом и в розницу, построить дворы в Холмогорах и Вологде (дворы не облагались податями), подарил двор в Москве у церкви св. Максима, компания могла иметь собственный суд, при рассмотрении торговых дел суд совершал царский казначей. Таможенники, воеводы и наместники не имели права вмешиваться в торговые дела компании, компания могла нанимать русских приказчиков (не более одного в каждом дворе).
Патент 1567 года. В 1567 году королева Елизавета Тюдор выдала компании новый патент. За компанией остался монопольный доступ к Беломорскому пути. Новая льготная грамота была выдана компании и в Москве. Компания получила право беспошлинной торговли, но должна была предоставить право царской казне первой совершать закупки — это старинное русское правило соблюдалось с XV века.
Компания получила право строить в разных городах дворы, нанимать русских работников. В Вологде разрешалось построить канатную фабрику (Вологда была центром российского льноводства), в Вологде было отведено место для поиска железной руды. Царь мог арестовывать членов компании и их имущество. Разрешалось хождение английской монеты в Москве, Новгороде и Пскове. Компания могла отправлять свои «комиссии» для охраны своих товаров от разбойников, пользоваться ямскими лошадьми. Ни один корабль (даже английский), не принадлежащий Московской компании, не мог заходить в Печору, Обь, Колу, Мезень, Печенгу, Холмогоры, Соловецкий остров. Ни один иностранец (даже англичанин, не входящий в компанию) не мог следовать через Россию в Китай, Персию, Бухару, Индию. Члены компании имели право сами ловить таких путешественников и конфисковывать их имущество.
Подобные привилегии позволили компании занять важные места в России. В 1567 году компания открыла свою главную контору в Москве, Ричард Грей в Холмогорах построил прядильную фабрику. Свои дворы компания имела в Новгороде, Пскове, Ярославле, Казани, Астрахани, Костроме, Ивангороде.
Остальные иностранные купцы должны были хранить свои товары на общественных гостиных дворах.
Английские купцы завышали цены на свои товары, занижали на российские. Это вызывало недовольство, и царь в 1569 и 1572 году жаловался на компанию английскому послу. Со своей стороны английские купцы жаловались на неплатежи и долги. Для решения проблем в Москву приезжал Дженкинсон. Иван Грозный ограничил права компании, в Казань и Астрахань компания могла заходить с разрешения царя. Компания должна была платить половину от таможенных сборов.
Утрата монополии. После Ливонской войны иностранцы получили разрешение торговать на российском севере. Англичане пытались вернуть свою монополию на торговлю через российский север. После смерти Ивана Грозного Фёдор I Иоаннович послал в Лондон посла Бекмана. Фёдор Иоаннович предлагал королеве вернуть монопольные права на торговлю с Россией в обмен на свободную торговлю русских гостей в Англии. В ответ английская королева попросила дать Московской компании монополию на торговлю со всей Россией, закрыв доступ в Россию всем иностранным купцам.
Привилегия 1587 года. В 1587 году царь выдал компании привилегию торговать свободно и беспошлинно, но только оптовой торговлей. Члены компании могли через Россию путешествовать в другие страны, но товары они могли покупать только в царской казне, и закупленные в других странах товары, тоже должны были продаваться казне. Компания могла держать дворы в Москве, Холмогорах, Ярославле, Вологде. Члены Московской компании выступали не от своего имени, а от имени компании.
Царствование Бориса Годунова. Борис Годунов оставил привилегии за Московской компанией, но не расширил её права. Английские послы просили права свободного прохода в Персию и Китай, но однозначного ответа от царя не получили ЦарствованиеМихаил Фёдоровича. Михаил Фёдорович оставил Московской компании право беспошлинной торговли, но компания обязывалась поставлять в царскую казну ткани и прочие товары по ценам, по которым они продаются в стране изготовления. Компании запрещалось вывозить шёлк, ввозить табак.
В 1619 году были выданы привилегии на 23 человека. По этим привилегиям торговали 70 человек. Беспошлинная торговля в России дала возможность Московской компании захватить российский оптовый рынок. Англичане скупали оптом российские товары, и продавали их в Архангельске иностранным купцам. Такое положение дел было выгодно мелким и средним российским торговцам, но подрывало крупную торговлю.
ЦарствованиеАлексея Михайловича. В 1646 году российские гости подавали челобитную царю с просьбой ограничить деятельность Московской компании. В 1649 году был казнён Карл I. Это дало повод Алексею Михайловичуограничить деятельность Московской компании. За компанией осталось право торговать в Архангельском порту. После воцарения Карла II деятельность была восстановлена. Англия пыталась вернуть привилегии, но безуспешно.
Утрата монополии и торговых привилегий. Компания утратила свои монопольные привилегии в 1698 году в ходе преобразований Петра I. Компания прекратила операции в 1808 году.