Там в настоящее время нет полной протеой карты Т. гондий, хотя ряд крупномасштабного целого протеомическим анализа тахизоитов В настоящее время проводится (Wastling, неопубликованный). Тем не менее, в настоящее время общепризнанно, что ни один метод separa-ции не является достаточным для решения полного протеома даже относительно простых эукариотических организмов, в том числе протозойных паразитов, такие как токсоплазмы.
Одним из первых двумерный выделений Toxoplasma белков, используемых 2-DE, чтобы сравнить белковые образцы из штаммов RH и BK Т. гондия; однако, с протеомики технологии все еще развивается, проверки и идентификации дифференциально экспрессированных белков, не была достигнута с помощью MS (Geißler и др., 1999). Вместо этого, двумерный Вестерн-блоттинг использовали для характеристики реакционной способности антитела к семи различным маркерам антигенов Т. гондий, которые оказались полезными в дифференциации между острым и скрытым Тохо-plasmosis. Точно так же, Dlugonska и сотрудники использовали 2-DE, чтобы характеризовать подмножество выделительных антигенов в Т. гондий (Dlugonska и др., 2001). Опять же, идентификация белок помощью Вестерн-блоттинга и, следовательно, ограничена ранее доступных иммунологических реагентов против этих антигенов. Способность последовательности Toxoplasma белков с помощью масс-спектрометрии с использованием ограниченного генома и баз данных EST для T.gondii, впервые была предпринята в работах Nischik и сотрудниками, и Reichmann и сотрудники (Nischik и др., 2001; Reichmann и др., 2001). Nischik и сотрудники были заинтересованы в определении факторов вирулентности у Т. гондия, и использовал сравнительные 2-DE разделения, чтобы идентифицировать дифференциально экспрессированные протеины в ослабленных изолят Т. гондий. В этом исследовании, экспрессия некоторых выводных белков (которые были идентифицированы и использовали сравнительные 2-DE разделений, чтобы идентифицировать дифференциально экспрессированные протеины в ослабленных изолятов Т. гондий. В этом исследовании, экспрессия некоторых выводных белков (которые были идентифицированы и использовали сравнительные 2-DE разделений, чтобы идентифицировать дифференциально экспрессированные протеины в ослабленных изолятов Т. гондий. В этом исследовании, экспрессия некоторых выводных белков (которые были идентифицированы
иммуноблоттинг), как представляется, модулируют в ослабленных паразитов. Кроме того, несколько других дифференциально экспрессированные белки было обнаружено и, что важно, впервые идентифицированным с помощью ESI-MS / MS трипсиновых пептидов, элюированных из белковых пятен 2-DE. В то же время, Райхманн и сотрудники были в состоянии использовать комбинацию деградации по Эдману, MALDI-MS и ESI-MS / MS, чтобы охарактеризовать тахизоит специфические изоформы лактатдегидрогеназы (Райхманн и др., 2001).
Первое значительное Протеомные отображение Т. гондий тахизоитов была предпринята Коэна и сотрудниками, которые использовали ряд иммобилизованных градиентов рН и высокой разрешающей способностью 2-DE, чтобы отделить более 1000 Toxoplasma белков. Масс-спектрометрия была использована для анализа 71 из этих белков с помощью MALDI-MS и анализа распада после источника MALDI (PSD) (Cohen и др., 2002). Следует отметить, что это исследование показало, что во многих случаях несколько белковых пятен, как представляется, кодируются одним и тем же геном, что свидетельствует о том, что пост-трансляционной модификации и / или альтернативного сплайсинга события могут быть общей чертой функциональной экспрессии генов в Т. гондий. Пептид массы-дактилоскопия с помощью MALDI-MS позволило НАУМА-белка к неоднозначности идентификациям быть сделана, где полная информация последовательности гена была доступна. Тем не менее, интерпретация данных пептидных массовых отпечатков пальцев с использованием T. гондий EST последовательность была менее надежной. Данные фрагментации пептидов, приобретенные PSD MALDI-MS, оказалась более успешной стратегией для идентификации Toxoplasma белков с использованием базы данных EST. Пост-источник распад анализирует, как ESI-MS / MS (который теперь в значительной степени заменить его) дает информацию о последовательности пептидов и не полагается на соответствие массовых отпечатков пальцев, чтобы предсказать практически полные белковые последовательности. Этот ранний эксперимент показал жизнеспособность протеомики анализа для Т. гондия, даже при отсутствии полной последовательности генома, а также потенциальной ценности протеомических данных в качестве вспомогательного средства для аннотирования базы данных последовательностей в Т. гондиях. как ESI-МС / МС (который теперь в значительной степени заменить его) дает информацию о последовательности пептидов и не полагается на соответствие массовых отпечатков пальцев, чтобы предсказать практически полные белковые последовательности. Этот ранний эксперимент показал жизнеспособность протеомики анализа для Т. гондия, даже при отсутствии полной последовательности генома, а также потенциальной ценности протеомических данных в качестве вспомогательного средства для аннотирования базы данных последовательностей в Т. гондиях. как ESI-МС / МС (который теперь в значительной степени заменить его) дает информацию о последовательности пептидов и не полагается на соответствие массовых отпечатков пальцев, чтобы предсказать практически полные белковые последовательности. Этот ранний эксперимент показал жизнеспособность протеомики анализа для Т. гондия, даже при отсутствии полной последовательности генома, а также потенциальной ценности протеомических данных в качестве вспомогательного средства для аннотирования базы данных последовательностей в Т. гондиях.
SUB-протеомов ИЗ
Т. Gondii
Хотя около 30 уникальных Т. гондия тахизоят белки были идентифицированы Коэном и его сотрудниками,
| ПРОТЕОМИКА АНАЛИЗ RHOPTRY органелл Т. гондий |
наиболее легко идентифицированы белки, являющиеся более высокого уровень экспрессии rhoptry, плотные гранулы и структурные белки (Cohen и др., 2002). Это отражает присущие трудности анализа общей протеом доминировал на подмножество с высоким уровнем экспрессии белков. Для того, чтобы добывать глубже в протеом, альтернативный подход необходим, в котором суб-протеом интереса обогащается перед анализом. Потенциал для анализа суб-протеомов из Т. гондий была признана в качестве мощного инструмента для изучения суб-наборов белков, участвующих в важных биологических процессах, в том числе, возможно, наиболее определяющей чертой Apicomplexa - способность проникать в клетки.