Система прокуратуры РФ определена в ст. 11 Закона о прокуратуре. Она включает следующие органы и организации [13] (ранее учреждения):
— Генеральную прокуратуру РФ — высшее звено в системе органов прокуратуры, возглавляемое Генеральным прокурором РФ;
— прокуратуры субъектов РФ (республик, краев, областей, городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, автономных округов, автономной области), а также приравненные к ним военные прокуратуры флотов, военных округов, военную прокуратуру Ракетных войск стратегического назначения, Московскую городскую военную прокуратуру и другие специализированные прокуратуры (Московскую транспортную прокуратуру, Волжскую межрегиональную природоохранную прокуратуру и др.);
— районные прокуратуры. В крупных городах в целях более оперативного руководства создаются прокуратуры этих городов, которые подчинены прокурору субъекта РФ, а сами имеют в подчинении районные прокуратуры;
— военные прокуратуры объединений, соединений, гарнизонов, приравненные к районным прокуратурам;
— транспортные, природоохранные прокуратуры и прокуратуры, осуществляющие свои полномочия в условиях закрытых административно-территориальных объединений (ЗАТО г. Междуречье и комплекса «Байконур»), приравненные к районным прокуратурам;
— научные и образовательные организации [14] (ранее учреждения). (Академия Генеральной прокуратуры РФ и входящие в нее — Юридический институт, Институт повышения руководящих кадров, Научно- исследовательский институт, Иркутский и Санкт-Петербургский юридические институты) и редакции печатных изданий органов прокуратуры, являющиеся юридическими лицами (например, журнал «Законность», научно-практический журнал Академии Генеральной прокуратуры РФ «Вестник Академии Генеральной прокуратуры Российской Федерации»).
Образование, реорганизация и ликвидация органов и организаций прокуратуры, определение их статуса и компетенции осуществляется Генеральным прокурором РФ. При этом создание и деятельность на территории России органов прокуратуры, не входящих в единую систему прокуратуры РФ, не допускаются.
Высшее звено органов прокуратуры РФ представляет Генеральная прокуратура РФ. Ее возглавляет Генеральный прокурор РФ, который назначается и освобождается от должности Советом Федерации Федерального Собрания РФ по представлению Президента РФ на срок 5 лет.
В соответствии с Законом Российской Федерации о поправке к Конституции Российской Федерации от 5 февраля 2014 г. № 2-ФКЗ «О Верховном Суде Российской Федерации и прокуратуре Российской Федерации» и изменений, внесенных Федеральным законом от 22.12.2014 № 427-ФЗ, в Федеральный закон от 17.01.1992 № 2202-1 «О прокуратуре Российской Федерации» Совет Федерации назначает и освобождает по представлению Президента РФ не только Генерального прокурора РФ, но и его первого заместителя и заместителей. Ранее они назначались на должность и освобождались от должности Советом Федерации Федерального Собрания РФ по представлению Генерального прокурора РФ. Закон Российской Федерации о поправке к Конституции Российской Федерации от 5 февраля 2014 г. № 2-ФКЗ вступил в силу 6 февраля 2014 года [15].
Кроме того, в Генеральной прокуратуре РФ образуется Коллегия в составе Генерального прокурора РФ (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности), других прокурорских работников, назначаемых Генеральным прокурором РФ.
Структуру Генеральной прокуратуры РФ составляют главные управления, управления и отделы (на правах управлении в составе управлений), в том числе и управления Генеральной прокуратуры РФ в федеральных округах — Южном, Северо-Кавказском, Центральном, Северо-Западном, Приволжском, Сибирском, Дальневосточном.
Начальники главных управлений, управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений - помощниками Генерального прокурора РФ. Кроме того, в главных управлениях, управлениях и отделах устанавливаются должности старших прокуроров и прокуроров.
Генеральный прокурор РФ имеет: советников, старших помощников и старших помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу начальников управлений; помощников и помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.
Первый заместитель и заместители Генерального прокурора РФ имеют помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.
В Генеральной прокуратуре РФ образуется на правах структурного подразделения Главная военная прокуратура, возглавляемая заместителем Генерального прокурора РФ — Главным военным прокурором.
В Генеральной прокуратуре РФ действует Научно-консультативный совет для рассмотрения вопросов, связанных с организацией и деятельностью органов прокуратуры. Положение о научно-консультативном совете утверждается Генеральным прокурором РФ.
Среднее звено в системе прокуратуры РФ представлено прокуратурами субъектов РФ, т.е. прокуратурами республик в составе Российской Федерации, краев, областей, автономной области, автономных округов, городов федерального значении (Москва, Санкт- Петербург, Севастополь), а также приравненными к ним военными и иными специализированными прокуратурами РФ, в данном случае речь идет о прокуратурах военных округом, флотов, военной прокуратуре Ракетных войск стратегического назначения, Московской городской военной прокуратуре, а также Московской транспортной прокуратуре и Волжской межрегиональной природоохранной прокуратуре. Прокуратуры субъектов РФ, приравненные к ним военные и иные специализированные прокуратуры возглавляют соответствующие прокуроры, которые имеют первых заместителей и заместителей.
Прокуроры субъектов РФ и иные прокуроры, кроме прокуроров городов, районов и приравненных к ним прокуроров, назначаются на должность в соответствии с Законом Российской Федерации о поправке к Конституции Российской Федерации от 5 февраля 2014 г. № 2-ФКЗ «О Верховном Суде Российской Федерации и прокуратуре Российской Федерации» и изменений, внесенных Федеральным законом от 22.12.2014 № 427-ФЗ в Федеральный закон от 17.01.1992 № 2202-1 «О прокуратуре Российской Федерации» - Президентом РФ по представлению Генерального прокурора РФ, согласованному с органами государственной власти субъектов РФ, на срок 5 лет.
Ранее (до изменений) Генеральный прокурор РФ самостоятельно назначал их по согласованию с региональными властями.
При этом вопрос о том, какой орган государственной власти (представительный (законодательный) или исполнительный) субъекта РФ должен принимать соответствующее решение, отнесен к ведению самих субъектов РФ.
Освобождение прокуроров субъектов РФ от должности производится Президентом Российской Федерации[16] (ранее освобождались от должности Генеральным прокурором РФ) без согласования с органами государственной власти субъектов РФ.
Военные прокуроры и иные прокуроры специализированных прокуратур, приравненные к прокуратурам субъектов РФ, так же назначаются на должность и освобождаются от должности Президентом РФ по представлению Генерального прокурора РФ на срок 5 лет. Согласия какого-либо органа государственной власти РФ или субъекта РФ при назначении (освобождении) данных должностных лиц на соответствующие должности ни Конституцией РФ, ни Законом о прокуратуре не предусматривается.
В прокуратурах субъектов РФ, приравненных к ним военных и других специализированных прокуратурах, образуются коллегии в составе прокурора субъекта РФ (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности) и других прокурорских работников, назначаемых прокурором субъекта РФ.
В прокуратурах субъектов РФ и приравненных к ним военных н других специализированных прокуратурах образуются управления и отделы (на правах управлений, в составе управлений). Начальники управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений — помощниками прокуроров субъектов РФ. Кроме того, в данных прокуратурах устанавливаются должности старших помощников и помощников прокурора, старших прокуроров и прокуроров управлений и отделов. Прокуроры субъектов РФ и приравненные к ним прокуроры могут иметь помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.
Низовое звено органов прокуратуры РФ представлено прокуратурами городов и районов, а также приравненных к ним военных прокуратур гарнизонов, объединений, соединений, транспортных прокуратур, прокуратур па надзору за законностью исполнения уголовных наказаний, межрайонных природоохранных прокуратур, прокуратур, осуществляющих свои полномочия в условиях закрытых административно-территориальных образований.
Возглавляют прокуратуры городов и районов приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры, соответствующие прокуроры, которые назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором РФ на срок 5 лет[17]. В данных прокуратурах устанавливаются должности первого заместителя и заместителей прокуроров, начальников отделов старших помощников и помощников прокуроров. По решению Генерального прокурора РФ в прокуратурах городов и районов и приравненных к ним прокуратурах могут быть образованы отделы.