В 40-х гг. XIX в. политич. ситуация в Сев. Кыргыз-не в известной мере определилась. Стала очевидной тенденция к политич. консолидации некоторых племен и в то же время к сепаратизму в рамках родовых образований. Противостояние родовой знати сарыбагышей и бугу дало знать о себе и во внешнеполит. взаимоотношениях. Бугинские манапы не поддерживали устремления Ормон-хана к самостоятельной консолидации. В результате русская администрация проводила более тесные отношения с кыргызами бугинцами и одними из первых включила их в свой протекторат. В 1854 г. Ормон был захвачен в плен и убит. Мстя за смерть хана, сарыбагышы под предводительством воеводы Торокельды-баатыра и сына Ормона Уиетаалы неоднократно организовывали набеги на бугинцев. Чтобы избежать истребления в это смутное время, главный манап рода бугу Боромбай пришел к решению принять подданство России. 26 сентября 1854 г. было снаряжено посольство бугинцев во главе с манапом Качыбеком Шералином в г. Омск, он в качестве доверенного и полномочного посла от своего народа на Коране дал клятву о переходе в протекторат России. В 60-е гг. XIX в. противостояние между Кокандским ханством и Россией в Жети-Суу, в том числе и Чуйской долине, стало очевидным. В отличие от южных кыргызов, северные кыргызы в полит. жизни Коканда были пассивными наблюдателями. В 1860-1862 гг. манапы из рода сарыбагыш предприняли попытки активного участия в политике ханства, однако из-за недостаточной ориентации в полит. процессах были вынуждены их прекратить. К тому же беспрестанно меняющиеся ставленники на трон не внушали особого доверия. В начале 60-х гг. царское правительство решило окончательно завершить присоединение к России кыргыз. родов чуйских предгорий, но для этого русским войскам необходимо было покорить крепости Коканда, расположенные в долине. Царские войска под командованием Циммермана в 1860 г. захватили крепость Токмок и полностью разрушили ее. Сто сарбазов из крепости были взяты в плен. В тот же день на место действия прибыл отряд казаков во главе с А. Колпаковским. На следующий день объединенное войско вышло в направлении Пишпека. 31 августа была взята и эта крепость. Большую часть ее разрушили, 627 сарбазов во главе с Атабеком-датка и Алишером-датка сдались. Стычки между русскими войсками и кокандцами завершились сражением, которое произошло 20 октября 1861 г. у пикета Узун-Агач. Известный Алымбек-датка со своим отрядом в этой битве не участвовал. В ходе военных действий русские войска под командованием А.Г. Колпаковского нанесли кокандцам значительные потери и заставили их отступить. В бою с русскими войсками геройски сражался отряд кыргызских джигитов под началом Шабдана Жантай уулу. Летом 1862г Байтик Канай уулу - видный манап рода солто начал борьбу против кокандского акима Рахматуллы. Байтик-баатыр хитростью заманил Рахматуллу на той и убил. После этого кыргызы несколько дней безуспешно осаждали крепость Пишпек. Видя тщетность своих попыток, Байтик послал младшего брата Сатылгана в Верный к А. Г. Колпаковскому за помощью. Давно готовившийся к окончательному присоединению Сев. Кырг-на к России, командующий русскими войсками немедленно отдал приказ к выступлению и 13 августа прибыл с войсками к крепости Пишпек. В результате совместных действий русских войск и отряда кыргызов, возглавляемого Байтиком, крепость была взята и за два дня разрушена.
Переселившиеся в Талас кыргызы покорились России лишь в 1865 г. Вслед за ними власть русских признали и коренные жители Таласа - роды саруу и кушчу.
Таким образом, присоединение чуйских и таласских кыргызов к России проходило как в добровольном порядке, так и насильственным путем. Весной 1863 г. был организован так называемый "Кашгарский отряд" под командованием капитана генштаба Проценко. Отряд выступил в направлении Центр-го Тенир-Тоо и 3 мая прибыл в Джумгальскую долину, где кокандцы отступили, не принимая боя. Присоединение кыргызов Тенир-Тоо к России, как и других регионов Сев. Кыргыз-на, проходило в противоречивых и сложных соц.-полит. условиях. Открыто боролся с русским засильем крупный сарыбагышский манап Уметаалы Ормон уулу. Большое значение в реализации стратегических планов присоединения Тенир-Тоо имело вхождение в протекторат России кыргызского рода черик,,занимавший территорию от р.Нарын до гор Куйко-Турпан на юге, берега реки Как-шаал и далее вплоть до Кашгара. Черики платили дань и Коканскому ханству, и цинь-мань-чжурским правителям, а позднее и наместнику Кашгара Жакып-беку, находясь таким образом под тройным гнетом. Видя выход из создавшейся сложной ситуации в присоединении к России весной 1863 г. бии рода черик направили письмо "белому царю" через губернатора округа Ала-Тоо Колпаковского. Император дал знать, что просьба чериков о русском подданстве удовлетворена. В 1864—1865 гг. в состав России были включены проживавшие в верховьях Нарына бугинцы и саяки, занимавшие окрестности Кочкора, Жумгала, Кетмен-Тюбе. Однако са-рыбагыши, которыми правил Уметаалы, вплоть до 1867 г. продолжали оказывать сопротивление русским властям. И, только поняв бесполезность борьбы, Уметаалы подчинился.