Конституция предусматривает широкие полномочия Президента в сферах организации обороны государства, политического руководства Вооруженными Силами, управления войсками. Президент в соответствии с Конституцией формирует и возглавляет Совет Безопасности, утверждает военную доктрину, назначает и освобождает высшее командование Вооруженных Сил, ведет переговоры и подписывает международные договоры о совместной обороне, по вопросам коллективной безопасности и разоружения, является Верховным Главнокомандующим, вводит военное положение. Конкретно полномочия Президента в рассматриваемой сфере закреплены в Федеральном законе «Об обороне» и в Законе РФ «О воинской обязанности и военной службе». Президент определяет основные направления военной политики государства, осуществляет руководство Вооруженными Силами РФ, другими войсками, воинскими формированиями и организациями. В полномочия Президента входит утверждение концепций и планов строительства и развития Вооруженных Сил РФ, мобилизационных планов, планов создания запасов материальных ценностей государственного и мобилизационного резервов, Плана гражданской обороны и Положения о территориальной обороне. Президент РФ принимает решения о дислокации и передислокации Вооруженных Сил, издает указы о призыве граждан на военную службу, военные сборы, а также об увольнении с военной службы, утверждает общевоинские уставы, положения о порядке прохождения военной службы, о Министерстве обороны и Генеральном штабе Вооруженных Сил РФ. Президентом осуществляются иные полномочия в области обороны, возложенные на него законом. Как Верховный Главнокомандующий Вооруженными Силами Президент в пределах своих полномочий издает приказы и директивы, обязательные для исполнения Вооруженными Силами, другими войсками, воинскими формированиями и органами. Президент РФ вводит военное положение на всей территории РФ или в отдельных ее местностях с объявлением состояния войны, а также в случае непосредственной угрозы агрессии. Военное положение вводится Указом Президента с незамедлительным сообщением об этом обеим палатам Федерального Собрания РФ. Указ Президента о введении военного положения нуждается в утверждении Совета Федерации. Основаниями для введения чрезвычайного положения являются попытки насильственного изменения конституционного строя, массовые беспорядки, сопровождающиеся насилием, межнациональные конфликты, блокада отдельных местностей, угрожающая жизни и безопасности граждан, нормальной деятельности государственных институтов, а также стихийные бедствия, эпидемии, эпизоотии, крупные аварии, требующие проведения аварийно-спасательных и восстановительных работ. Чрезвычайное положение вводится указами Президента РФ. О введении режима чрезвычайного положения незамедлительно сообщается обеим палатам Федерального Собрания. Конституция РФ относит утверждение указа о чрезвычайном положении к ведению Совета Федерации. Совет Федерации вправе не согласиться с принятием указа. Введение чрезвычайного положения допускается с согласия органов государственной власти субъектов РФ. В период действия на всей территории РФ чрезвычайного положения не может быть распущена Государственная Дума. Конституция России (ч.1 ст.87) предусматривает совмещение в одном лице поста главы Российского государства и поста Верховного Главнокомандующего Вооруженными Силами Российской Федерации в целях обеспечения единства политического и военного руководства, координации усилий и тесного взаимодействия органов государственной власти и органов военного управления в решении вопросов обороны. В военной области полномочия Президента достаточно широки. Он является Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами РФ, утверждает военную доктрину Российской Федерации, назначает и освобождает высшее командование Вооруженных Сил РФ. Военная доктрина является составной частью концепции безопасности РФ. Она представляет собой систему официально принятых в государстве взглядов, определяющих военно-политические, военно-стратегические и военно-экономические основы обеспечения военной безопасности России. Положение Верховного Главнокомандующего позволяет Президенту отдавать любые приказы Министерству обороны, министр обороны работает под непосредственным руководством Президента. Президент вправе в любой момент, в случае войны или угрозы агрессии, взять на себя командование Вооруженными Силами, войсками и воинскими формированиями, которые подчинены различным министерствам и ведомствам. В случае агрессии против России или ее непосредственной угрозы Президент вводит на территории РФ или в отдельных ее местностях военное положение с незамедлительным сообщением об этом Совету Федерации и Государственной Думе. Но объявить состояние войны Президент не вправе. Конституцией РФ предусмотрено, что режим военного положения определяется федеральным конституционным законом. Конституцией РФ также предусмотрено, что указ Президента РФ о введении военного положения требует утверждения Советом Федерации.
В Федеральном законе «Об обороне» закреплен ряд военных полномочий Президента РФ: определение основных направлений военной политики РФ, осуществление руководства Вооруженными Силами РФ, другими войсками, воинскими формированиями и органами, введение в действие нормативных правовых актов военного времени и прекращение их действия, принятие в соответствии с законами решения о привлечении Вооруженных Сил и других войск к выполнению задач с использованием вооружения не по их предназначению, утверждение концепции и планов строительства и развития Вооруженных Сил, утверждение программ вооружения и развития оборонного промышленного комплекса, утверждение программ ядерных испытаний, утверждение структуры и состава Вооруженных Сил и других войск, ведение переговоров и подписание международных договоров в области обороны, издание указов о призыве на военную службу и др.