После установления Советской власти началась ликвидация исполкомов Временного буржуазного правительства России. Политическую основу рабоче-крестьянского государства составляли Советы в форме диктатуры пролетариата, руководимой большевиками. Военные формирования Советской власти первоначально составляли красногвардейцы, которые возникли в Ходженте и железнодорожных станциях. 18 апреля 1918 г. Ходжентский Совет принял решение о формировании отрядов Красной армии. Вместо полиции была создана народная милиция. Для борьбы с контрреволюцией была образована Чрезвычайная комиссия (ЧК) и революционные трибуналы. Народные суды были созданы в декабре 1918 г. Однако в силу сложившихся традиций некоторое время сохранялись казийские суды, проводившие судопроизводство на основе шариата.
В соответствии с декретами Советской власти в ноябре-декабре 1917 г. были национализированы все хлопкоочистительные и маслобойные заводы, нефтепромыслы САНТО, Шурабские каменноугольные копи и др. Управление промышленностью осуществлял ВСНХ, который на всех предприятиях ввел 8-часовой рабочий день и рабочий контроль.
На основе ленинского «Декрета о земле» были национализированы земли, ирригационные сооружения и каналы. В 1918 г. были созданы комитеты по борьбе с голодом.
В середине 1918 года началось религиозно-освободительное движение, против Советской власти в котором принимали участие бывшие байи - землевладельцы, исламское духовенство и местное население. Стремясь возвратить исламские ценности и восстановить исламское государство, в вооруженной борьбе против Советской власти принимали участие и трудящиеся дехкане. Это движение в советской литературе названа «борьба против басмачества (на узбек. яз. - грабитель)». Основными причинами начала гражданской войны были следующие действия:
. Неприятие Советской властью религии ислама и местных религиозных обычаев, национализация вакуфных (церковных) земель;
. Запрещение деятельности мелкобуржуазных и национально-религиозных партий (партии меньшевиков, эсеров, «Шурои исломия» и др.)
. Разгром правительства «Кокандской автономии» в Фергане и Бухарского эмирата, у которых имелось много сторонников.
. Разбойные и карательные действия красноармейских отрядов (дашнаков, эсеров и др.) против местного населения.
Гражданская война в Северном Таджикистане протекала в 1918-1921 гг. В декабре 1918 г. в городе Ходженте было предотвращено восстание под руководством эсера Стерлигова. В Ферганской долине антисоветские военные силы возглавляли курбаши Мадаминбег и Эргаш, которые пополняли свои отряды с помощью активной антисоветской агитации местных баев, духовных лиц и националистов. В Туркестане при участии командующего туркестанским фронтом М. Фрунзе, В. Куйбышевым и Элиавой вместе с местными активистами Ч. Зокировым, Ч. Усмоновым, Б. Содиковым были проведены совместные действия. В августе 1919 года части Красной армии и местных добровольческих отрядов разгромили отряды курбаши Мадаминбега и Эргаша. В 1920 году все антисоветские силы в Ферганской долине были ликвидированы. В 1921-1923 годах началась борьба против отрядов курбаши Холбутты, Рахмонкулбега и Хамрокула в Уратюбе, Кистакузе и Зеравшанской долине, в ходе которой они были разгромлены. В 1921-1922 годах Советская власть вернула вакуфные земли во владение мечетям, что способствовало спаду антисоветского сопротивления. В 1920 году Ахмадходжа, объявивший себя беком Матчи, несколько раз подписывал с Советской властью перемирие и нарушал его. В 1923 году части Красной армии перешли в наступление и окончательно разгромили отряды Ахмадходжи.
Особенно долго продолжалась гражданская война в Восточной Бухаре - в Центральном и южном Таджикистане. В сентябре 1921 года курбаши Ибрагимбек окружил красноармейцев в Душанбе, однако в 13 октября потерпев поражение, отступил от города. Антисоветские силы в конце 1921 года возглавил назначенный эмиром Бухары главнокомандующим военных сил эмирата, бывший министр обороны Турции Анвар-паша. Совместно с джадидами, председателем исполкома Бухары У. Пулатходжаевым, начальником народной милиции Али Ризо и народного ополчения Д. Ориповым они организовали заговор против Советской власти. Однако заговор был раскрыт и им, не удалось захватить Душанбе. Анвар-паша объединил все вооруженные отряды и в феврале 1922 года вытеснил красноармейцев из Душанбе, Бойсуна и Шурабада. В Восточной Бухаре были созданы Реввоенсоветы, которые взяли на себя все полномочия власти. Борьбу против Анвара-паши возглавили командующие частями Туркестанского фронта С.С. Каменев и Н. Какурин. В июне 1922 года с двух направлений Бойсун-Душанбе и Термез-Куляб началось наступление частей Туркфронта. 14 июля 1922 года был освобождён Душанбе. 4 августа возле Балджуана были разгромлены основные силы, в бою погибли Анвар-паша и бек Балджуана Давлатмандби. Осенью 1922 года вновь начались военные действия курбаши Ибрагимбека и отрядов, возглавляемых турецким офицером Салим-пашой. Против них начали совместную борьбу красноармейцы и местные добровольческие отряды под командованием Усто Шарифа (из Душанбе), Карши аксакала (из Явана), Муллошарифа Рахимова и Юлдоша Сохибназарова (из Гиссара), Каро-командира (из Даханакиика) и других. 15 июля 1923 года в Лакайской долине были разгромлены отряды Салим-паши. В 1923 году продолжались военные действия против бывшего бека Каратегина Фузайлмахсума и бека Дарваза Диловаршо, которые также были разгромлены частями Красной армии и бежали в Афганистан. Однако антисоветское сопротивление на юге Таджикистана продолжалось вплоть до 1926 года.