Конституция РФ, закрепляя единую систему органов исполнительной власти в Российской Федерации, не дает их полного перечня; неясны конституционные термины «система» и «структура» федеральных органов исполнительной власти, от 
сутствует четкая научная классификация субъектов, нет законов о федеральных органах исполнительной власти. Ликвидация этих пробелов позволила бы на уровне субъектов Федерации разработать и внедрить различные модели их управленческих органов. При этом законы и положения о всех звеньях управления обязательно должны включать все элементы их правового статуса: цели, функции, связи, полномочия, ответственность, организацию работы.
В Российской Федерации создано множество органов исполнительной власти, различающихся по уровню их нахождения в структуре исполнительной власти, роли и масштабу деятельности, сферам и отраслям управления, порядку принятия решений, способу образования, характеру компетенции, в связи с чем представляется важным вопрос классификации этих органов
За последнее десятилетие система органов, выражающих федеральную исполнительную власть, подвергалась неоднократным изменениям в целях определения Значительную роль при этом сыграли указы Президента РФ. Назовем в их числе Указ «О системе центральных органов федеральной исполнительной власти» от 30 сентября 1992 г.; «О структуре федеральных органов центральной исполнительной власти» от 10 января 1994 г.; «О системе федеральных органов исполнительной власти» от 14 августа 1996 г.; «О структуре федеральных органов исполнительной власти» от 14 августа 1996 г.; «Вопросы федеральных органов исполнительной власти» от 6 сентября 1996 г.; «О совершенствовании структуры федеральных органов исполнительной власти» от 17 марта 1997 г.; «О структуре федеральных органов исполнительной власти» от 30 апреля 1998 г. и от 22 сентября 1998 г. и «О системе и структуре Федеральных органов исполнительной власти» от 9.03.2004 (с изменениями от18.11.04). На основе последнего Указа строится действующая сейчас система этих органов. Система федеральных органов исполнительной власти представляет собой совокупность органов государственного управления, установленных Конституцией РФ, федеральными конституционными законами, федеральными законами и иными федеральными нормативными правовыми актами и имеющих свое специальное назначение, организационную структуру и нормативно определенную компетенцию для решения задач и осуществления функций управления.
Система федеральных органов исполнительной власти представляет собой совокупность органов государственного управления, установленных Конституцией РФ, федеральными конституционными законами, федеральными законами и иными федеральными нормативными правовыми актами и имеющих свое специальное назначение, организационную структуру и нормативно определенную компетенцию для решения задач и осуществления функций управления.
К числу федеральных органов исполнительной власти можно отнести следующие органы:
1. Правительство РФ.
2. Федеральные министерства, которые являются федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в установленной сфере деятельности. Федеральное министерство возглавляет входящий в состав Правительства РФ министр Российской Федерации (федеральный министр). Федеральное министерство самостоятельно осуществляет правовое регулирование в установленной сфере деятельности, координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении федеральных служб и федеральных агентств. Федеральное министерство не вправе осуществлять функции по контролю и надзору, правоприменительные функции, а также функции по управлению государственным имуществом.
3. Федеральные службы являются федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, а также специальные функции в области обороны, государственной безопасности, защиты и охраны Государственной границы Российской Федерации, борьбы с преступностью, общественной безопасности. Федеральную службу возглавляет руководитель (директор) федеральной службы. Федеральная служба по надзору в установленной сфере деятельности может иметь статус коллегиального органа. Федеральная служба в пределах своей компетенции издаёт индивидуальные правовые акты и не вправе осуществлять нормативно-правовое регулирование (кроме случаев, устанавливаемых указами Президента Российской Федерации), а федеральная служба по надзору – также управление государственным имуществом и оказание платных услуг. Федеральная служба может быть подведомственна Президенту Российской Федерации или находиться в ведении Правительства Российской Федерации.
4. Федеральные агентства являются федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими в установленной сфере деятельности функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом и правоприменительные функции, за исключением функций по контролю и надзору. Федеральное агентство возглавляет руководитель (директор) федерального агентства. Федеральное агентство может иметь статус коллегиального органа. Федеральное агентство в пределах своей компетенции издаёт индивидуальные правовые акты и не вправе осуществлять нормативно-правовое регулирование в установленной сфере деятельности, а также функции по контролю и надзору (кроме случаев, устанавливаемы указами Президента Российской Федерации). Федеральное агентство ведёт реестры, регистры и кадастры[2].
Конкретный перечень существующих в настоящее время федеральных министерств, федеральных служб и федеральных агентств определён Указом Президента РФ «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти».
Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки находится в ведении Министерства образования и науки РФ. Министерство возглавляет входящий в состав Правительства РФ министр Российской Федерации.
Территориальные органы федеральных министерств и ведомств РФ входят в единую систему органов исполнительной власти РФ и осуществляют свою деятельность под руководством соответствующих федеральных органов федеральной исполнительной власти, а по вопросам, входящим в компетенцию краев, областей, автономной области, автономных округов, городов Москвы и Санкт-Петербурга, — во взаимодействии с соответствующими органами исполнительной власти субъектов РФ. Таким образом, территориальные органы федеральной исполнительной власти не входят в систему органов исполнительной власти соответствующих субъектов РФ, так как они являются подразделениями федеральных органов государственной власти и непосредственно подчиняются последним. Территориальные органы исполнительной власти взаимодействуют с администрациями соответствующих субъектов РФ.
Структура и штаты территориальных органов определяются федеральными органами исполнительной власти по согласованию с исполнительными органами субъектов РФ.
Самым существенным в административно-правовой характеристике территориальных подразделений федеральных органов исполнительной власти является то, что они, действуя на территории субъектов РФ, не входят в систему органов исполнительной власти этих субъектов. В этом смысле они являются организационным звеном системы соответствующих федеральных органов исполнительной власти, вертикально подчиненным последним. Поэтому их невозможно квалифицировать в качестве местных органов исполнительной власти.
Таким образом, обобщая всю выше изложенную информацию мы видим, что Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки не является самостоятельной, а находится в ведении Министерства образования РФ. Служба вправе создавать территориальные органы исполнительной власти как и все остальные органы исполнительной власти. Их финансирование осуществляется из федерального бюджета. Но порядок их создания и деятельности определяется Правительством РФ и с разрешения Правительства РФ при согласовании с администрацией субъектов Российской Федерации. Их структура и штаты определяются в форме решений, принимаемых исключительно на заседаниях Правительства РФ согласованных с исполнительными органами РФ.