Значение Н.В. Склифосовского в истории русской хирургии очень велико. Он жил в одну из самых интересных эпох хирургии: середина XIX в. ознаменовалась важными открытиями - введением метода Листера, т.е. введением антисептики, и введением общего наркоза эфиром и хлороформом. Эти открытия разделили историю хирургии на два периода. Большое количество гнойных, гнилостных воспалений, анаэробных флегмон (воспаление подкожной клетчатки) и гангрен (омертвлений), септических (гнилостных) и септикопиэмических (гноекровных) раневых осложнений с колоссальной смертностью характеризовало прежний период истории хирургии. Отсутствие наркоза вело к значительному ограничению применения хирургических вмешательств: только кратковременные операции можно было перенести без тяжёлых мучительных болей. Хирурги сделались техниками-виртуозами. Чтобы сократить срок операции, они старались развить технику быстрого оперирования. Надо удивляться блестящей оперативной технике, которую приобрели хирурги того времени; продолжительность операции исчислялась минутами, а иногда и секундами.
Н.В. Склифосовскому принадлежит большая заслуга прежде всего внедрения в хирургическую практику принципов антисептики (обеззараживание с помощью химических средств), а затем и асептики (обеззараживание с помощью физических средств) у нас в России. Как часто бывает, новые открытия не всегда входят в жизнь легко. Так было и с антисептикой. Даже крупные специалисты Европы и России не только не хотели признать метод, который открыл новую эпоху в хирургии, но даже издевались над этим методом борьбы с микробами при помощи антисептических средств.
Как хирург Н.В. Склифосовский пользовался заслуженной мировой славой. Можно сказать, что во второй половине XIX в. среди хирургов он был наиболее крупной фигурой. Как истинный ученик и последователь Пирогова, Н.В. Склифосовский тщательно изучал анатомию, уделяя много времени вскрытию трупов. Уже в начале своей работы в Одессе он обычно после занятий в операционной и палатах шёл заниматься изучением топографической анатомии и оперативной хирургии. Его не смущало плохое оборудование секционной, отсутствие вентиляции. Он засиживался за изучением анатомии иногда до полного изнеможения, так что однажды его нашли лежавшим около трупа в состоянии глубокого обморока.
Благодаря постоянному практическому изучению основ хирургии Н.В. Склифосовский блестяще владел оперативной техникой. Уже в доантисептическое время он проводил с успехом такие крупные операции, как удаление яичника, когда эти операции не производились ещё во многих крупных клиниках Европы. Он один из первых ввёл у нас лапаротомию (чревосечение) - вскрытие брюшной полости.
Он шёл не только в ногу с веком, но как учёный и хирург часто опережал его. Он один из первых сделал операцию гастростомии (иссечение желудка), применил пуговку Мерфи, первый в России ввёл глухой шов мочевого пузыря, операцию зоба, иссечение рака языка с предварительной лигатурой язычной артерии, удаление гортани, операцию мозговой грыжи и др. Наконец, сложные операции по пластической хирургии также нашли в Н.В. Склифосовском не только мастера хирургической техники, но и автора новых методов операций. Одна из таких операций при ложных суставах под названием "замка Склифосовского" или "русского замка", с успехом произведённая им, описывается в русских и заграничных учебниках. Н.В. Склифосовский оперировал во всех областях хирургии; он был одинаково блестящим хирургом, как в мирной, так и в военно-полевой хирургии. Это явилось следствием исключительной одарённости Н.В. Склифосовского и его неустанных занятий в секционной, операционной, на поле боя, в библиотеке, в заграничных и отечественных клиниках. Это явилось следствием широкого внедрения в практику всех достижений науки. Неудивительно, что даже крупнейшие хирурги называли Н.В. Склифосовского "золотыми руками".
Имя Н.В. Склифосовского как крупнейшего учёного было известно всему миру. Развивая и расширяя рамки хирургии, дав ряд новых методов оперативной техники, он выступил в хирургии как новатор, тесно связавший теорию с практикой. Оценив по существу все преимущества антисептического метода, Н.В. Склифосовский не ограничился применением карболовой кислоты, а сменял антисептические средства соответственно апробации их наукой. Нужен был очень сильный авторитет, какой имел Н. В. Склифосовский среди учёных Европы, среди профессоров, врачей и широкой публики, чтобы внедрить новые методы антисептики в России.
Перу Н.В. Склифосовского принадлежит более 110 научных работ, посвящённых самым разнообразным разделам хирургии:
а) гинекологии (которая в то время была отделом хирургии и лишь начинала практически отмежёвываться от неё); Н.В. Склифосовский посвятил диссертацию и ряд работ этому разделу;
б) новым методам операций, впервые применявшимся в России (операции зоба, гастростомия, холецистостомия, шов мочевого пузыря, резекция мозговой грыжи и др.);
в) костной и костно-пластической хирургии: резекции суставов, челюсти, операциям по поводу ложных суставов и др.;
г) вопросам военно-полевой хирургии, которую Н.В. Склифосовский, как участник четырёх войн, знал очень хорошо.
Главнейшие труды Н.В. Склифосовского: О кровяной околоматочной опухоли. Диссертация на степень доктора медицины, Одесса, 1863; научные статьи: К вопросу о Пироговском остеопластическом отнятии голени, "Военно-медицинский журнал", 1877, май; О ранении брюшины, там же, июль; Из наблюдений во время славянской войны 1867-1877 гг., там же, ноябрь; Thyreotomia при новообразованиях в полости гортани, там же, 1879, март; Высечение опухоли матки, обоих яичников, "Медицинский вестник", 1869; Транспортный станок в вагоне для перевозки раненых. Перевозка с поля битвы раненых. Наше госпитальное дело на войне, там же, 1877; Гастростомия при сужении пищевода, там же, 1878; Вырезывание языка после предварительной перевязки язычных артерий, "Врач", 1880; Возможно ли иссечение брюшного пресса (pressum abdominale) у человека. Употребление иодоформа в хирургии, там же, 1882; Шов мочевого пузыря при надлобковом сечении, там же, 1887; Иссечение опухоли печени, там же, 1890; Грыжа мозговых оболочек. Удаление мешка мозговой грыжи вырезыванием, "Летописи хирургического общества в Москве", 1881 и многие другие статьи разбросаны по различным медицинским журналам; перечень их дан в статье Спижарного.
Н.В. Склифосовский не был кабинетным учёным. Он нес свет науки в широкие массы врачей-практиков, организовывал научную работу в клиниках.
Его клиника стояла высоко как в практическом и лечебном, так и научном отношениях. Он первый ввёл клинические опыты с историями болезни по образцу отчётов заграничных клиник. Такая же отчётность была у Н.В. Склифосовского и после войны (Плевна и др.), где им были обработаны наблюдения на большом количестве случаев.
Занимаясь всю жизнь научной хирургией, Н.В. Склифосовский сделал много для организации науки в России. Он был образцом служения родине: он - член-учредитель Общества русских врачей, член Московского хирургического общества, в котором принимал активное участие; он был членом-учредителем и председателем 1-го и 6-го съездов хирургов. Большое значение до Великой Октябрьской социалистической революции имели Пироговские съезды. Н.В. Склифосовский был организатором, почётным председателем и активным участником этих съездов. Особенно ярко организационная деятельность Н.В. Склифосовского выразилась в блестящем проведении в Москве 12-го Международного съезда хирургов в 1897 г., а также в организации медицинского образования как в Московском университете, где он был 8 лет деканом медицинского факультета, так и в Петербурге - в должности директора Института усовершенствования врачей.
Н.В. Склифосовский принял большое участие в создании клинического городка на Девичьем поле в Москве, где в дальнейшем и расцвели клиники Московского университета (ныне 1-го Московского ордена Ленина медицинского института).
Как истинный учёный Н.В. Склифосовский придавал большое значение медицинской печати, обмену опытом и наблюдениями хирургов. Н.В. Склифосовский был редактором первых в Москве специальных научных хирургических журналов того времени: "Хирургическая летопись" и "Летопись русских хирургов". На издание этих журналов он тратил значительные суммы из собственных средств. Съезды, заседания научных обществ и журналы много способствовали развитию хирургической мысли и образованию хирургов. Придавая большое значение усовершенствованию врачей, Н.В. Склифосовский с жаром взялся за дело организации Института усовершенствования врачей в Петербурге. Как из Одессы не хотели отпустить ещё молодого хирурга Склифосовского и предлагали ему профессорское содержание "не в пример прочим", так неохотно отпускала Н.В. Склифосовского и Москва. Трогательны были проводы; искренностью дышит адрес, поднесённый Н.В. Склифосовскому, с сотнями подписей его учеников и почитателей. Его любили как врача-профессора, как человека, учёного и общественного деятеля. Но Н.В. Склифосовский считал, что он должен выполнять долг по отношению к врачам, обычно в большом количестве посещавшим его клинику, по отношению к тем из них, которые нуждались в организованно проведённом усовершенствовании и повышении квалификации. За 7 лет заведывания Институтом усовершенствования врачей Н.В. Склифосовский построил новые здания, электрифицировал их, добился значительного увеличения ассигновок на Институт, перестроил операционные, увеличил штаты, оклады и т.д. За это время Институт вырос в учреждение, каким могла гордиться Европа. Неудивительно, что в день 25-летия профессорской деятельности среди сотен телеграмм, полученных Н.В. Склифосовским, декан медицинского факультета в Лозанне проф. Ларгье де Венсель писал: "Вы стоите во главе учреждения, которому другие народы Европы завидуют".
Мечта Н.В. Склифосовского о том, чтобы дать квалификацию врачам, после Великой Октябрьской социалистической революции осуществилась в полной мере: до Отечественной войны мы имели 12 институтов усовершенствования врачей, пропускавших до 16 000 врачей в год.
Склифосовский заведовал клиникой четырнадцать лет, и за это время в ней перебывало множество врачей из разных стран мира. Склифосовский считал, что врачей необходимо периодически собирать для профессиональной переподготовки в соответствии с последними достижениями медицины. Для этого он организовал учебное заведение нового типа - институт усовершенствования врачей. Это новое дело также потребовало от него больших усилий: надо было не только перестроить старые здания, но и оснастить их всем необходимым. А ведь Склифосовскому в это время уже было за 60.