В 1928 г. он получает титул архиепископа и направляется на Самарскую кафедру. Свою деятельность в Самарском крае Священномученик Архиепископ Александр начинает в самый разгар гонений на церковь. К этому времени был взорван Воскресенский собор и закрыто большинство самарских храмов. Обновленцы имели своего лжемитрополита и захватили все оставшиеся храмы в городе. Народ был запуган. На первую службу с новым Владыкой собралось немногочисленное духовенство, оставшееся верным православию, одевшись в штатское. Служба проходила на окраине в древнейшем храме Самары - маленькой Спасо-Преображенской церкви, которая вскоре становится кафедральным собором.
Владыка поселился в сторожке при Троицкой церкви, но вскоре эта церковь была разрушена и тогда его приютила у себя прабабушка первого проректора Самарской Духовной семинарии игумена Вениамина (Лабутина) Александра Михайловна Никифорова. С конца 1931 года почти год он прожил в доме по ул. Галактионовской, 60. Впоследствии, этот дом стал приютом для гонимых властью священников и монахинь.
Владыка Александр активно принимается за возрождение православия в Самаре и епархии. Из-за невозможности победить обновленчество в городе, он отправляется в сельские храмы. Все его службы проходят очень торжественно и привлекают множество народа. Поучения, которые произносит Владыка, имеют простой и понятный крестьянскому народу смысл. В них он призывает избежать раскола, держаться православия. Каждое богослужение обязательно заканчивается колокольным звоном и крестным ходом. С целью сохранения и восстановления священства Владыка старался за каждым богослужением рукополагать священников и диаконов из грамотных крестьян. Благодаря труду владыки Александра, по губернии православных приходов становилось всё больше и больше. Не забывал Владыка и о монашестве, проводя тайные постриги достойных, тайно рукополагая их. Кроме того, он поддерживал духовную связь и помогал материально бывшим монахиням Серафимо-Дивеевского монастыря. Многие из монахинь нашли приют в Самарской епархии у владыки Александра. Постепенно из ссылок и тюрем возвращалось духовенство, и Владыка Александр помогал им зарегистрироваться и получить разрешение на службу. Своим духовным наставником он считал преподобного Серафима Саровского и своих прихожан призывал подражать ему.
Подобно Серафиму Саровскому Александр был прост, скромен и милосерден. Часто раздавал свои вещи неимущим вернувшимся из заключения священникам. Помогал семьям репрессированных, духовно укрепляя их. Был строгим постником и, поучая духовных чад, говорил: «Что от плоти убавишь - то душе прибавишь». Спал не более 6 часов в сутки, свободное время посвящал молитве и чтению Святого Евангелия. Строго запрещал православным посещать обновленческие храмы под угрозой отлучения, и сам отказывался идти с ними на любые контакты.
Владыка Александр совместно с несколькими священниками и мирянами создал тайную семинарию – «институт научного тайного духовенства». В тайной семинарии из числа интеллигенции подготавливались кадры для священства.
В своем дневнике Владыка Александр писал: «Господь меня послал восполнить пастырей на ниве церковной».
К 1933 г. православная жизнь в храмах восстановилась на всей территории Самарской епархии. Всё это вызвало резкое недовольство обновленцев. В 1933 г. Владыка был арестован за антисоветскую деятельность. Покровители обновленцев истолковывали его призывы за православие как призывы против Советской власти, богослужения в селах и проповеди как антиколхозную агитацию, крестные ходы как антисоветские демонстрации, тайные хиротонии и постриги как подготовку контрреволюционных кадров на случай интервенции. Владыку вместе с духовенством и мирянами ссылают на три года на Урал в Екатеринбургскую область.
После возвращения в Самару в 1936 году служил по благословению правящего Самарского архиерея в Петропавловском храме.
С 1937 года гонения на Русскую Православную Церковь усилились. В ноябре 1937 года было арестовано всё духовенство Петропавловской крепости. 30 ноября 1937 года был арестован и архиепископ Александр.
Обладая великим мужеством, Владыка Александр выдержал все жестокие мучения, отверг все обвинения и не подписал ни одного признания, тем самым он спас жизнь многих людей, чьи имена значились в протоколах. 21 декабря 1937 его и ещё нескольких священников приговорили к расстрелу. 14 января 1938 года приговор был приведен в исполнение.
Все расстрелянные священномученики были погребены в общей безвестной могиле. В наши дни на этом месте построен храм в честь Собора самарских Святых, на месте мученичества многих наших пастырей и благочестивых мирян.
Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.