Положение новой республики было очень сложным. Перед нею стояли трудные задачи, которые должны были решаться в обстановке сильного упадка и расстройства хозяйственной деятельности, всё обостряющихся внутри них противоречий и целого ряда серьёзнейших опасностей, грозивших молодому буржуазному государству извне. Чтобы укрепить новый политический строй, надо было защитить его от покушений со стороны старых, лишённых власти феодальных сил, действовавших внутри страны и вне её пределов. С другой стороны, новые правители Англии, чтобы удержать в своих руках власть, должны были отвести угрозу их господству со стороны народных масс, которые не могли удовлетвориться буржуазной республикой, к тому же лишённой даже тех черт демократизма, которые уже выдвигались представителями радикальных политических течений в революции – левеллерами и диггерами. Индепендентская армейская верхушка и офицерство, а также поддерживавшие их силы, сумевшие получить во время революции власть и состояние и удовлетворённые проведёнными в стране преобразованиями, выступали ярыми противниками продолжения революции и передачи даже малой части своей власти народу. Они были такими же реакционерами, как и пресвитериане до них. Таким образом, республика «оказалась между двух огней»: поднимавшими голову роялистами и жаждавшими реформ левеллерами и диггерами, способными повести за собой народные массы.
Левеллеры были идеологами революционной мелкой буржуазии и отстаивали принципы буржуазной демократии, отражая в этом отношении интересы широких масс английского народа: крестьянства, ремесленников, сельских и городских «низов», солдатской массы. В своих многочисленных памфлетах и программных документах они подвергли индепендентскую республику резкой критике, пропитанной демократическим радикализмом и духом народных масс. В первую очередь левеллеры боролись за принятие Англией конституции. Свой вариант они назвали «Народное соглашение» и представили на рассмотрение офицерского собрания, где оно было подвергнуто значительным искажениям, были выпущены основные пункты программы. Это побудило Джона Лильберна – лидера левеллеров - опубликовать 15 декабря 1648 года изначальный, неискажённый текст документа. 19 января левеллеры выступают с петицией в парламент с требованиями свободы печати: «Подтверждено на практике, что всегда все, стремившиеся к тирании, закрывали рот народу, чтобы он не производил шума, когда похищают его свободы». На следующий день, 20 января, в палату общин была внесена переработанная офицерским собранием редакция «Народного соглашения», которое даже в таком усечённом варианте оказалось неприемлемым для парламента. Оно было отложено на неопределённый срок и впоследствии никогда не рассмотренное. В то же время военное командование пыталось уменьшить влияние левеллеров в армии, с целью не допустить её возможный раскол. Был принят ряд репрессивных мер, в особенности против агитаторов, а также установлены суровые наказания за пропаганду и подстрекательство.
Реакцией на такой поворот событий послужил памфлет Джона Лильберна «Разоблачение новых цепей Англии» (England New Chains Discovered) от 26 февраля. В этом документе он с резкой критикой обрушивается, прежде всего, на Государственный совет, но в то же время обращается к олдерменам и членам парламента достаточно сдержанно, надеясь на то, что они прислушаются к его словам. Основные положения этого памфлета: 1) выражение опасений по поводу того, что Государственный совет, образованный недемократическим путём и обладающий значительными полномочиями, может сосредоточить всю полноту власти у себя в руках; 2) обращение к членам парламента по поводу сложившейся ситуации; 3) Лильберн клеймит «великих» интриганов (contrivers), лелеющих планы порабощения республики, т. е. высших чинов армии; 4) критика предоставленного в парламент проекта «Народного соглашения» и существующего государственного строя республики. Вслед за этим через месяц, 24 марта, выходит «Вторая часть разоблачения новых цепей Англии» (The Second Part of England New Chains Discovered) или «Печальное представление о ненадёжном и опасном положении республики». На этот раз Лильберн критикует парламент, взывая к некоторым наиболее разумным членам палаты. Лильберн также предлагает перейти к активным действиям: он призывает к восстанию народа.
Ответ на такие резкие высказывания последовал незамедлительно. 27 марта «Вторая часть…» объявляется мятежной, а авторы подвергаются судебному преследованию по обвинению в государственной измене. На следующий день четыре видных деятеля движения левеллеров – Лильберн, Уолвин, Принс, Овертон – были арестованы и отправлены в Тауэр. 29 января они были допрошены перед Государственным советом. На следующий день в их поддержку была направлена петиция, под которой поставили подписи 30 тысяч человек, а 1 апреля – 80. Но несмотря ни на что 11 апреля парламент принял решение о предании руководителей левеллеров «Суду высокой скамьи». В тюрьме Лильберн и остальные заключённые пишут ещё два документа: «Картина Государственного совета, представленная свободному народу Англии» и датированный 14 апреля «Манифест подполковника Джона Лильберна, мистера Уильяма Уолвика, Мистера Томаса Принса и мистера Ричарда Овертона, заключённых в лондонском Тауэре», в котором они объясняли программу своего движения – «нашей целью является такое положение республики, когда каждый с наивозможной обеспеченностью будет пользоваться своей собственностью (be enjoy his propriety). Пока лидеры левеллеров находились в заключении, движение в их поддержку не ослабевало и распространилось на армию: 16 апреля – 10 тысяч подписей, 18 апреля – новое многочисленное выступление в Лондоне, 23 апреля – подавлено выступление левеллеров в полку Уолли.
В то же время, 1 мая 1649 года, выходит последняя, третья редакция «Народного соглашения». Его основные положения: народный суверенитет; республика с однопалатным парламентом, избираемым раз в год; принцип разделения властей; ограничение полномочиё верховных органов власти; требования религиозной свободы и свободы печати; равенство всех перед законом; свобода торговли; защита интересов революции. Но и этот проект не был принят властью во внимание. Следующие крупные выступления левеллеров произошли осенью в армии (Оксфордшир и Бекингемшир) незадолго до суда над Джоном Лильберном и были подавлены. Суд проходил 24-26 октября, и в результате процесса Лильберн был оправдан, но впоследствии был выслан парламентом из страны.