Покоренная Болгария была разделена на области (фемы), во главе которых были поставлены византийские правители. Самая обширная из фем была образована на Юго-западе страны и названа “Болгария”, хотя ничего общего с прежней Болгарией не имела. Были существенно урезаны и права болгарской церкви. Главой ее вместо патриарха стал архиепископ, местом пребывания - г. Охрид. Несмотря на то, что византийский император Василий II в своих грамотах подтвердил автономию болгарской церкви, лишь первый охридский архиепископ был болгарином, а затем высший церковный пост Болгарии занимали только греки. Правда, в их ряду были и весьма просвещенные иерархи. Таковым, несомненно, являлся болгарский архиепископ Феофилакт, бывший высшим болгарским иерархом в конце XI - нач. XII вв.
В Болгарию переехало множество византийских поселенцев. Лучшие земли страны переходили в руки греческой аристократии. Большие богатства принадлежали церквам и монастырям, ряду из которых покровительствовала Византия. В 1083 г. высший византийский начальник, севаст, и великий доместик Григорий при покровительстве византийских властей основал монастырь св. Богородицы у села Бачково. Как повествовал сам Бакуриани в уставе основанного им монастыря, храм располагался недалеко от города Филиппополя. Ему принадлежали окрестные села, земли, пастбища. Монастырь был освобожден от уплаты налогов и был полностью автономен.
Но в целом, о владениях светских феодалов в Болгарии в XI -XII вв. и о положении местной знати известно очень немного. Территория завоеванной страны стала фондом для наделения землей византийских собственников. Их вотчины располагались главным образом к югу от Балканского хребта. Север Болгарии был менее колонизован византийцами. Наиболее распространенной формой земельной собственности стала так называемая прония - временное пожалование за военную или административную службу. Земли делились на господские и крестьянские. Зависимые крестьяне, имеющие земельные участки, были преобладающей группой населения. Оформление основных феодальных институтов в Болгарии: крупного землевладения, личной зависимости крестьян и иммунитета - произошло в Болгарии в XI -XII вв.
Сколь тяжко было господство греков и нелегким положение населения, можно представить по византийским источникам, в частности письмам архиепископа Болгарии Феофилакта, которые он достаточно регулярно отправлял из Болгарии на родину. Византийское чиновничество охарактеризовано им весьма нелицеприятно. По его отзывам, чиновники “клириков раздевают и оголяют, париков считают и пересчитывают, землю измеряют прыжками блохи. Все взвешивают, получают подарки, а получив, становятся еще более алчными, т.к. одержимы бесом лихоимства”. Положение вверенной Феофилакту Охридской области в его письмах выглядят весьма плачевным. Архиепископ пишет, что Охридское озеро в Болгарии, видимо, вскоре совсем исчезнет, поскольку о нем никто не заботится. В адрес высшего византийского начальства поступали письма, в которых сообщалось, что Охридская область мала, бедна, производит мало масла и буквально “является самой окаянной из других областей”. “Пусть твоя милостивая и заботливая власть, - обращался Феофилакт к византийскому севастократору,- смилостивится и по вопросу набора пехоты и уменьшит набор. Фема маленькая и ее расположение служит спасением для всех путешествующих. Она заслуживает быть помилованной моим господином, если не из-за нее самой, то по крайней мере для спасения проходящих”.
Положение покоренной страны привело к тому, что на ее территории обогащались византийские феодалы, чиновники, содержались иностранные воинские гарнизоны. Кроме того, в XI - XII вв. усилились грабительские набеги кочевых народов с севера, прежде всего печенегов. Усилилось и богомильское движение, теперь направленное против византийского государства и церкви.
В 1040 г. вспыхнуло восстание болгар против Византии. Поводом для него послужила финансовая реформа, согласно которой прежние натуральные налоги заменялись денежными. При этом размер налогов значительно вырос, а при их сборе допускался произвол. Возглавил восстание Петр Делян. Повстанческое войско, захватив города Ниш и Скопле, устремилось к Фессалонике. Тем временем поднялись жители Никопольской и Драчской фем, где проживало смешанное греческое, албанское и болгарское население. К восстанию присоединилась и Средецкая область. Слухи о грозном движении достигли самых отдаленных византийских провинций, в том числе и малоазийских. Оттуда в лагерь повстанцев прибыл один из потомков болгарской царской династии Алусиан. Получив под свое командование большое войско (ок. 40 тыс. чел.), он попытался захватить Фессалонику, однако был разбит под стенами города. После поражения он коварно ослепил Деляна и бежал в Византию. Византийские войска перешли в наступление, усмиряя одну за другою восставшие области. Наиболее сильное сопротивление каратели встретили в Средецкой области. Восстание удалось подавить. Причины подавления ясны. Слишком явственны были военное превосходство Византии и разногласия в лагере восставших.
В 1072 г. началось новое восстание против Византии, на этот раз в Юго-Западных областях Болгарии. Снова поводом для него послужило увеличение налогов. “Так как не могли выносить ненависть Никифора (министра финансов) болгары поднялись на восстание против царьградской власти”,- сообщает византийский писатель Скилица. Движение возглавил болярин из Скопле - Войтех. А на помощь ему поспешил сербский отряд во главе с Константином Бодином, сыном сербского князя. Но лишь вначале действия повстанцев были успешными. Удалось захватить города Скопле, Охрид и другие. Затем дали себя знать военная мощь еще сильной византийской империи и предательская роль части болгарской знати, сражавшейся на стороне византийцев. Повстанческое войско было разгромлено под Костуром, Скопле и на Косовом поле.
Неудача восстания 1072 г. освободительной борьбы болгар не остановила. И выступления продолжались. Правда, это были локальные разрозненные попытки сбросить иноземную власть, в частности в Придунайских городах, а также в Месемврии, Софии и ряде других. Не затухало движение богомилов и павликиан во Фракии.
Третье крупное, на этот раз победоносное, восстание болгар против Византии (1186 - 1188) развернулось в Северо-Восточной Болгарии. В этой области, достаточно удаленной от центра империи, была относительно сильна власть местной аристократии. Здесь была более многочисленной прослойка свободного крестьянства. И в целом эта часть страны имела больше сил для активной борьбы. Вождями восстания стали болгарские боляре - братья Петр и Асень, а центром движения - Тырново, тогда еще небольшая крепость. Поводом для выступления послужило буквально ограбление болгарского населения в связи с женитьбой византийского императора Исаака II Ангела. Восставшие провозгласили одного из братьев - Петра - царем. В короткое время была освобождена почти вся Северо-Восточная Болгария. Повстанцы перешли Старую Планину и начали военные действия во Фракии. Междоусобицы в Византии облегчили борьбу повстанцев.
Летом 1186 г. византийский император отправился в поход против восставших. Ему удалось проникнуть в Северную Болгарию и потеснить болгар за Дунай, после чего, уверовав, что восстание подавлено, император вернулся в Константинополь. Между тем, болгары не только сохранили свое войско, но и усилили его за счет присоединившихся кочевников и затем опять появились во Фракии. Весной 1187 г. последовал еще один поход византийского императора, который пытался овладеть городом Ловеч. Осада была снята после того, как младший брат Петра и Асеня - Иваница (Калоян) был отправлен как заложник в Византию.
Стремясь получить международное признание своей повстанческой акции, Петр и Асень обратились за помощью против византийцев к появившимся в ту пору на Балканах крестоносцам, предводительствуемым Фридрихом Барбароссой. Болгары предложили западным рыцарям военную помощь взамен на признание императорского титула Петра.
Уход войск крестоносцев вновь воодушевил византийского императора, который не замедлил появиться на территории Болгарии (1190 г.). Был осажден г. Тырново. Но и на этот раз византийцы потерпели поражение и покинули территорию Болгарии. Начиналась история Второго Болгарского царства.