Колокольня монастыря, построенная в конце XVII века одновременно с Успенским собором, была шатровая по форме и связана с храмом.
В 1880 году из-за «открывшихся повреждений» колокольня была перестроена и находится с западной стороны, над входом в собор. Колокольня двухъярусная, вверху постепенно сужающаяся в виде шатра. Высота колокольни с крестом около 36 м (17 саженей). На колокольне 10 колоколов: самый большой весит около 4 тонн. На втором ярусе колокольни было устроено помещение для ризницы.
Алексеевская церковь.
Алексеевская надвратная церковь, 2008 год
Алексеевская церковь. Фото начала XX века
Алексеевская надвратная церковь (или церковь преподобного Алексия, человека Божия) сооружена в 1709—1714 годах, освящена в 1720 году. Для завершения её строительства игуменье с монахинями пришлось «на Москве и в городах собирать по верующим… кто что подаст». [ источник не указан 2440 дней ]
Надвратная церковь была каменная, холодная, одноэтажная, одноглавая, однопрестольная. Имела под собой Святые врата с двумя пролётами: большим и малым. Первоначально предполагалось освятить в церкви два престола: первый — во имя святителя Николая Чудотворца, второй — во имя Алексия, человека Божия. Нижний этаж не имел украшений на фасаде, был включён в ограду монастыря и служил подклетом храма. Верхний этаж занимал непосредственно сам храм с четырьмя окнами, придававшими зданию жилой вид. Фасад второго этажа был богато украшен полуколоннами и наличниками с барочными фронтонами, характерными для начала XVIII века. Купол церкви был выполнен в классическом стиле.
В храме находился древний образ Спаса Нерукотворного с изображением многих святых. Двухъярусный иконостас, который был создан в одно время с церковью, украшала золотая резьба по голубому фону.
Алексеевская надвратная церковь является памятником архитектуры (категория охраны местная). В настоящее время церковь находится в полуразрушенном состоянии.
Игуменский дом.
Современный вид игуменского дома
Двухэтажный игуменский дом построен в 1826—1828 годах. Средства на строительство были выделены императором Александром I после посещения монастыря в октябре 1824 года. Дом игуменьи является памятником архитектуры (категория охраны не установлена).
Приют и училище.
Основная статья: Вологодское епархиальное женское училище
Здание женского училища и игуменский дом. Справа виден каменный забор. Конец XIX века
Современный вид здания женского училища
Впервые мысль о создании училища была высказана преподобным Христофором 7 ноября 1862 года. Сиротский приют появился в 1869 году, когда игуменья Севастиана по совету и с благословения преосвященного Палладия приняла на полное попечение 10 девочек, в основном сирот духовенства.
Изначально приют размещался в игуменском доме, но вскоре было решено построить для него двухэтажный дом, который был заложен 25 сентября 1870 года в день преподобного Сергия Радонежского, храмовый праздник тёплой монастырской церкви. Строительство началось в 1871 и завершилось в 1873 году.
К началу 1880-х было решено соединить игуменский дом и здание приюта, достроив новый трёхэтажный корпус из-за возросшего количества воспитанниц, число которых доходило до сорока пяти в год. Строительство велось на средства преосвященного Феодосия (до 10 тысяч рублей), и ещё 9,5 тысяч рублей он потратил позже на его обустройство.
Полный курс обучения в приюте был шестилетним: три класса, по два года каждый. Преподавались чтение, письмо, «Закон Божий», объяснение богослужения, священная и отечественная история, русский язык, география, арифметика, пение и рукоделие. Всего с 1873 по 1888 год было 7 выпусков в количестве 106 воспитанниц.
В 1888 году епископом Феодосием приют был преобразован в епархиальное женское училище. На его устройство Феодосий пожертвовал около 20 тысяч рублей и выделил капитал в 10 тысяч рублей, с которых шли проценты на содержание приюта. Выпускницы получали аттестат на звание домашней учительницы, и половина из них преподавала в церковно-приходских школах. В 1902—1903 годах училище переехало в новое здание на Златоустинской набережной (сейчас набережная VI армии, 113), а на его месте был устроен детский приют.
Дом воспитанниц приюта является памятником архитектуры (категория охраны не установлена).
Богадельный корпус.
Богадельный (или больничный) корпус находился к северо-востоку от приюта. Он был построен на средства архиерейского дома при епископе Симоне, управлявшем с 1664 по 1684 год, для призрения в нём двенадцати престарелых и больных стариц. Богадельный корпус стал первым каменным зданием монастыря. В 1870 году к нему был надстроен второй деревянный этаж с деревянной крышей. С 1871 года в нём проводились общие трапезы и чтение псалтыри.
Ограда.
Святые ворота. Фотография начала XX века. Разрушены в советское время
До конца 1790-х годов монастырь был обнесён деревянной оградой. В 1890-е была выстроена новая, каменная, с четырьмя башенками по углам, которая в диаметре значительно превосходила старую деревянную. По высоте она была около 3 метров (4—5 аршин), по длине около 780 метров (365 саженей). В ограде было двое ворот. С восточной стороны находились большие въездные Святые ворота из двух пилонов, украшенных круглыми окнами. С южной стороны находились малые пешеходные.
Прочие здания.
Полуразрушенный деревянный дом, принадлежавший монастырю. Находился за оградой
В монастыре находились ещё несколько строений:
- деревянный двухэтажный дом с деревянной крышей для проживания сестёр. Находился рядом с богадельным корпусом. Был построен в 1869 году;
- деревянный одноэтажный дом с деревянной крышей для проживания больных сестёр. Находился к югу от игуменского дома. Был построен в 1875 году Н. Н. Ратаевой;
- пятнадцать деревянных келий, в которых жили в основном рясофорные и белицы;
- два амбара;
- два погреба;
- баня с прачечной;
- деревянный каретник с конюшнями.
Кроме того, монастырю принадлежали несколько зданий за оградой:
- деревянный одноэтажный дом на каменном фундаменте с прилежащими землями. Был приобретён в 1875 году на монастырские средства;
- деревянный одноэтажный дом. Был пожертвован в 1881 году Софьей Александровной Засецкой, вдовой титулярного советника.
Монастырские угодья.
Монастырю принадлежали двенадцать сенокосных дач в Вологодском и Грязовецком уездах:
- Крестовка;
- Новокупка;
- Большая Четверть;
- Малая Четверть;
- Березовка;
- Забережица;
- Попадейка;
- Лыкуша;
- Черепаниха;
- Чищенье;
- Бесовское;
- Галино Чищенье.
Также монастырю принадлежали 600 квадратных саженей земли в Грязовце, пожертвованных в 1877 году вдовой капитана Е. П. Ивановой, и земля при Николаевской Озерской церкви.