Введение
EMBL - the EMBL Nucleotide Sequence Database – база данных нуклеотидных последовательностей Европейской Молекулярно-Биологической Лаборатории пополняется большей частью непосредственно авторами, определившими первичную структуру фрагмента ДНК или РНК и, кроме последовательности нуклеотидов, содержит разнообразную информацию о каждом фрагменте, включая литературные ссылки, перекрестные ссылки на документы других баз данных, таблицы особенностей и др. Существует с 1982 года. База данных - продукт сотрудничества EMBL (ФРГ), GenBank (США) и DDJP (Япония), каждая из этих трех групп собирает свою порцию информации из всех возможных мировых источников, ежедневно обмениваясь новыми и обновленными документами друг с другом. Удобна своей географической близостью для доступа на территории Европы. В России есть сайт, на котором хранится ежедневно обновляемая копия базы.
История создания
EMBL была основана в 1974 году как ведущая европейская лаборатория наук о жизни - межправительственная организация с более чем 80 независимыми исследовательскими группами, занимающимися спектром молекулярной биологии.
GenBank является американской базой данных и финансируется правительством США, хотя и содержит информацию, собранную со всего мира. Созданная в 1980 г. в Европе аналогичная база данных EMBL Data Library явилась первым международным хранилищем информации о последовательностях ДНК. Основные цели, преследовавшиеся при ее организации, — это обеспечение бесплатного доступа к коллекции опубликованных нуклеотидных последовательностей, выработка определенных стандартов и развитие информационного и компьютерного обеспечения проводимых молекулярно-биологических исследований. Свой первый релиз, охватывающий информацию о 568 последовательностях общей протяженностью 585 433 нуклеотида, EMBL Data Library выпустила в апреле 1982 г. Первое время очередные релизы, распространяемые на магнитных лентах, предоставлялись по запросу любому желающему. Однако рост как самой базы, так и числа пользователей привел к тому, что дальнейшие выпуски стали распространяться по подписке. В 1994 г. база данных EMBL Data Library трансформировалась в EMBL Nucleotide Sequence Database и стала курироваться Европейским институтом биоинформатики (European Bioinformatics Institute, или EBI).
Передача технологии
EMBL Enterprise Management Technology Transfer GmbH (EMBLEM) является филиалом и коммерческим подразделением EMBL. EMBLEM, основанная в 1999 году, идентифицирует, защищает и коммерциализирует интеллектуальную собственность, разработанную в мире EMBL, от выпускников EMBL и от третьих лиц, не входящих в EMBL. EMBLEM облегчает и ускоряет передачу инновационных технологий от фундаментальных исследований к промышленности, тесно сотрудничая с промышленными партнерами, охватывающими рынки биотехнологий, информационных технологий и машиностроения / электротехники.
В настоящее время EMBLEM управляет портфелем из 300 индивидуальных патентов, патентных заявок, авторских прав, товарных знаков и полезных моделей. Портфель технологий охватывает науки о жизни в самом широком смысле и включает в себя технологии, молекулярные инструменты и методы, инструменты, а также программы и базы данных.
Исследования в области молекулярной биологии
1. Биоинформатика в EMBL
EMBL имеет большое процветающее сообщество биоинформатиков, работающих в тесном сотрудничестве с учеными-экспериментаторами и с тесными связями с другими местными учеными и учреждениями.
Междисциплинарные исследования, связанные с биоинформатикой, имеют давнюю традицию в EMBL и активно продвигаются через специализированный вспомогательный персонал, обеспечивающий обучение и консультации по всем аспектам биоинформатики, от статистики до сетевой биологии. Среда сотрудничества EMBL предоставляет отличные возможности для биоинформатиков на всех уровнях.
2. Химия в EMBL
В EMBL многие группы включают различные области химии в свои исследования, такие как химический синтез, спектроскопические и спектрометрические методы, хемоинформатика, химическая стыковка и моделирование, полусинтез и инженерия белков, а также аналитическая и медицинская химия. Химия часто позволяет понять биологические феномены, к которым трудно подходить по-другому. Таким образом, EMBL предлагает уникальную возможность участвовать в разработке и применении химических инструментов (любого характера) для ответа на биологические вопросы. Область применения варьируется от расшифровки сигнальных путей и взаимодействий лиганд-макромолекул до открытия лекарств, и это лишь некоторые из них.
3. Физика и инженерия в EMBL
В EMBL многие группы включают в свои исследования различные области физики и техники, такие как биофизика, оптика, спектроскопия, визуализация, робототехника и микроинженерия. Эти дисциплины предоставляют технологические возможности для многих биологических применений, таких как исследования цитоскелета и клеточной механики, структурная биология, микроскопия, анализы на одну клетку / одну молекулу и высокопроизводительный скрининг. Таким образом, EMBL предлагает уникальную возможность участвовать в междисциплинарных проектах в области наук о жизни.
4. Математика и статистика в EMBL
Биология стала наукой, богатой данными. Количество и сложность данных, полученных в биологии, в настоящее время превышает таковые в любой другой научной области. Как следствие, статистический анализ и математическое моделирование становятся все более важными компонентами во многих областях биологии, включая генетику, клеточную биологию, структурную биологию, развитие и эволюцию.
Основные объекты
Модель EMBL для основных объектов завоевала отличную репутацию в европейском сообществе наук о жизни. Основные объекты вносят значительный вклад в проведение внутренних и внешних учебных курсов и семинаров, часто в сотрудничестве с промышленными партнерами. Кроме того, учреждения в государства часто обращаются за советом и руководством при создании своих основных средств и служб для повышения эффективности и результативности своих научных исследований.
Основные объекты EMBL играют решающую роль, позволяя ученым достигать амбициозных целей в области исследований экономически эффективным способом. После создания небольшого комплекса объектов в 2001 году поддержка Совета EMBL позволила значительно расширить его с созданием ряда групп поддержки высокого уровня, которые помогают сосредоточить различные наборы знаний и новейшие технологии на конкретных биологических проблемах. В настоящее время объекты охватывают следующие области:
· Усовершенствованная световая микроскопия
· Химическая биология
· Электронная микроскопия
· Проточной цитометрии
· Genomics
· Метаболомика
· Экспрессия и очистка белка
В соответствии с миссией EMBL по предоставлению услуг государствам, основные учреждения открыты как для внутренних, так и для внешних ученых, которые получают значительную пользу от вклада EMBL и рекомендаций и могут проводить исследования на уровне и за пределами обычного уровня техники.
Основные объекты укомплектованы технологическими экспертами, которые полностью сосредоточены на предоставлении услуг, предоставляя технологии для использования в исследовательских проектах, разработанных и управляемых другими. Каждый из них управляется руководителем объекта, который отвечает за ежедневные операции и обеспечивает высокую степень удовлетворенности пользователей. Пристальное внимание уделяется предоставлению качественных услуг, быстрому реагированию на запросы пользователей, доступным ценам и полной интеграции основных объектов с научными целями EMBL.
Такие атрибуты дополняются пользовательским комитетом (внутренним), который состоит из представителей исследовательских подразделений EMBL. Комитет помогает обеспечить соответствие деятельности по поддержке требованиям исследовательского сообщества, поддерживает внедрение новых услуг, помогает определить будущие стратегии и предоставляет ценные отзывы о текущих операциях.
Заключение
Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) является одним из ведущих в мире исследовательских институтов и ведущей европейской лабораторией наук о жизни.
EMBL - это межправительственная организация, специализирующаяся на фундаментальных исследованиях в области наук о жизни, финансируемая государственными исследовательскими фондами из более чем 20 государств, включая большую часть Европы и Израиля, и двух ассоциированных членов, Аргентины и Австралии. EMBL возглавляет Генеральный директор, в настоящее время профессор Эдит Херд, назначенный руководящим органом, Советом EMBL. Совет состоит из представителей всех стран и ассоциированных государств.
Миссиями EMBL являются:
· выполнить фундаментальные исследования в области молекулярной биологии;
· обучать ученых, студентов и посетителей на всех уровнях;
· предлагать жизненно важные услуги ученым в государствах;
· разрабатывать новые инструменты и методы;
· активно участвовать в передаче технологий;
· интегрировать европейские исследования в области наук о жизни.
Исследования в EMBL подчеркивают экспериментальный анализ на нескольких уровнях биологической организации, от молекулы до организма, а также вычислительную биологию, биоинформатику и системную биологию.
Список литературы
1. https://www.ebi.ac.uk/embl/
2. https://www.genebee.msu.su/
3. https://ru.wikipedia.org/wiki/GenBank