11 февраля 1943 года И.В. Сталин подписал решение Государственного Комитета Обороны о программе работ для создания атомной бомбы под руководством В.М. Молотова. Но уже в постановлении ГКО СССР о лаборатории И.В. Курчатова, принятом 3 декабря 1944 года, именно Л. П. Берии поручалось «наблюдение за развитием работ по урану», то есть примерно через год и десять месяцев после их предполагаемого начала, которое было затруднено в условиях войны.
Репрессии против военных, расстрелы заключённых
Под руководством Берии в июле-августе 1941 года арестованы многие видные военачальники (Д.Г. Павлов, Григорьев, Н.А. Клич, П.В. Рычагов и др.). Все перечисленные в том же 1941 были расстреляны. Берия был одним из инициаторов бессудных расстрелов заключённых в начале Великой Отечественной войны.
Депортации народов
После 22 июня 1941 года были осуществлены депортации советских немцев, финнов, греков и некоторых других народов. Начиная с 1943 года и позже по решению Политбюро тотальные депортации, были применены к массово переходившим на сторону Гитлера калмыкам, чеченцам, ингушам, карачаевцам и балкарцам, крымским татарам, туркам - месхетинцам, а также некоторым другим народам Северного Кавказа и Крыма. В отношении «депортации кавказцев», на основании новых рассекреченных документов военной контрразведки тех лет «Смерш» сегодня известно, что на весну-лето 1944 г. «Абвер» и «СД» готовили массовые засылки на Северный Кавказ агентов-инструкторов как из числа немцев, так и кавказских боевиков — операция «Римская цифра 2». Общее количество достигало несколько сот человек агентов-инструкторов и боевиков для организации массовых вооружённых выступлений на Кавказе и в Калмыкии, в стратегическом нефтяном регионе. Цель этих выступлений была — организации масштабной «кавказской войны» в СССР в ходе ВОВ. Для предотвращения выхода Красной армии к границам Европы в 1944 г. и для организации перелома хода войны в пользу нацистской Германии, после поражения под Курском. Нефть этого региона, большое количество дезертиров из Красной армии из числа местного населения, и самое главное неспособность местных «элит» противодействовать готовящимся вооружённым выступлениям в этих республиках и привело к принятию решения руководством страны о выселении некоторых народов. Для справки, осенью 1942 г., во время наступления немцев на Кавказ и на Сталинград в ЧИАССР произошли вооружённые выступления боевиков под руководством немецких агентов-инструкторов в 5-ти районах Чечни. Зимой-весной 1944 г. часть немецкой агентуры была уничтожена и отловлена в калмыцких степях. Арестован и впоследствии расстрелян руководитель этих боевиков - капитан фон Шеллер. Часть боевиков, прорвалась на Кавказ и проводила отдельные диверсии и теракты на Кавказе, как во время войны, так и после неё. Однако повлиять эти отдельные акции на ход Войны уже не смогли. После выселения из стратегического региона части населения, немецкая разведка свернула активную деятельность в этом направлении.
Послевоенные годы
Курирование ядерного проекта СССР
После испытания в пустыне под Аламогордо первого американского атомного устройства, работы в СССР по созданию своего собственного ядерного оружия были значительно ускорены.
Специальный комитет был создан на основании постановления ГКО от 20 августа 1945 года. В него входили Л.П. Берия (председатель), Г.М. Маленков, Н.А. Вознесенский, Б.Л. Ванников, А.П. Завенягин, И.В. Курчатов, П.Л. Капица (затем отстранён из-за разногласий с Л.П. Берией, формально на почве личной неприязни), В.А. Махнев, М.Г. Первухин. На Комитет было возложено «руководство всеми работами по использованию внутриатомной энергии урана». В дальнейшем был преобразован в Специальный комитет при Совете Министров СССР. Л.П. Берия, с одной стороны, организовывал и руководил получением всей необходимой разведывательной информации, с другой стороны — осуществлял общее руководство всем проектом. В марте 1953 года на Специальный комитет было возложено и руководство другими специальными работами оборонного значения. На основании решения Президиума ЦК КПСС от 26 июня 1953 года (в день ареста и смещения Л.П. Берии) Специальный комитет был ликвидирован, а его аппарат передан во вновь образованное Министерство среднего машиностроения СССР.
29 августа 1949 года атомная бомба успешно прошла испытание на Семипалатинском полигоне. 29 октября 1949 года Л. П. Берии была присуждена Сталинская премия I степени «за организацию дела производства атомной энергии и успешное завершение испытания атомного оружия». Л.П. Берии также было присуждено звание Почётный гражданин СССР.
Испытание первой советской водородной бомбы, разработку которой курировал Г.М. Маленков, состоялось 12 августа 1953 года, уже вскоре после ареста Л.П. Берии.
«Дело Берии» — уголовное дело, возбуждённое в 1953 году против Лаврентия Павловича Берии после смещения его со всех партийных и государственных постов. В результате этого дела он был расстрелян в декабре 1953 года по приговору суда и до настоящего времени не реабилитирован, хотя большая часть обвинений историками и юристами оспаривается. Сами материалы уголовного дела Берии засекречены, но, несмотря на это, значительные фрагменты этого дела были опубликованы в российской и зарубежной печати.
Основные обвинения
В день ареста Берии 26 июня был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР «О преступных антигосударственных действиях Берия» за подписями Ворошилова и секретаря Пегова. В указе констатировались «преступные антигосударственные действия Л.П. Берия, направленные на подрыв Советского государства в интересах иностранного капитала». Этим указом Берия был лишён полномочий депутата Верховного Совета СССР, снят с постов заместителя Председателя Совета Министров СССР и с поста министра внутренних дел СССР, а также лишён всех званий и наград. Последним пунктом указа постановлялось сразу передать дело Берии на рассмотрение Верховного Суда СССР (то есть ещё до проведения следствия).
2 июля 1953 года на Пленуме ЦК КПСС Берия был формально выведен из состава Президиума и ЦК и исключён из КПСС. Главным обвинением было то, что Берия якобы пытался поставить органы МВД над партией. Выступления сопровождались эпитетами «буржуазный перерожденец», «мразь», «авантюрист», «подлец», «негодяй», «продажная шкура», «фашистский заговорщик» (Каганович), «пигмей, клоп» (Маленков) и др. Только тогда информация об аресте и смещении Берии появилась в советских газетах и вызвала большой общественный резонанс.
В постановлении генерального прокурора Руденко от 3 июля 1953 года о заключении Берии под стражу указано, что он создал антисоветский заговор с целью захвата власти, хотел поставить МВД над партией и правительством, планировал ликвидацию советского строя и реставрацию капитализма. Обвинение было предъявлено по статьям 58-1 «б» и 58-11 УК РСФСР.
7 июля 1953 года по результатам Пленума ЦК КПСС было принято постановление «О преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берия». Информационное сообщение о пленуме было опубликовано в газете «Правда» 10 июля, а затем и во всех остальных газетах. Так Берия был признан преступником до какого-либо следствия и суда.
Портреты Берии отовсюду убрали, а подписчики Большой Советской Энциклопедии получили рекомендацию удалить из 2 тома страницы 22 и 23, на которых излагалась биография Берии.
Из конкретных обвинений в приговоре отмечены:
§ убийство старого большевика М. С. Кедрова;
§ вымогательство из арестованных ложных показаний под пытками по делам Белахова, Слезберга и других;
§ расстрел 25 заключённых в 1941 году;
§ бесчеловечные испытания ядов на осуждённых к высшей мере наказания заключённых;
§ арест, обвинение в преступлениях и расстрел родственников Серго Орджоникидзе.
Целый ряд эпизодов ставится в вину Берии и квалифицируется как измена родине:
§ служба Берии в мусаватистской контрразведке в Азербайджане в 1919 году;
§ связь в 1920 году с охранкой меньшевистского грузинского правительства;
§ попытка установить в 1941 году связь с Гитлером через болгарского посла Стаменова и уступить Германии значительную часть территории СССР в целях заключения мирного соглашения;
§ попытка открыть врагу перевалы через Главный Кавказский хребет в 1942 году;
§ попытка в мае—июне 1953 года установить личную тайную связь с Тито - Ранковичем в Югославии.