В сентябре и октябре 1708 года в звании командующего Балтийским флотом Феодор Матвеевич охранял расположенные в Ингерманландии Русские войска, защищавшие по южному берегу Финского залива новую столицу России град Санкт-Петербург от нападения шведского генерала Г. Любеккера, войска которого Феодор Матвеевич поначалу лишил провианта, а после окончательно уничтожил.
В память этого события признательный Царь Петр I Алексеевич повелел выбить медаль с изображением на одной стороне грудного портрета Феодора Апраксина с надписью: "Царского Величества Адмирал Фe. Ma. Апраксин", а на другой - изображение флота, построившегося в линию, с надписью: "Храня сие, не спит; лучше смерть, а не неверность,1708 ".
Действительный тайный советник и генерал-адмирал.
В том же году 1708 году по завершению разгрома шведов в Ижорской земле у Рокобора и в Копорском заливе, Феодор Матвеевич Высочайше пожалован был Государем чинами действительного тайного советника и генерал-адмирала.
В декабре 1708 года Государь повелел производить Феодору Матвеевичу годовое жалование в 7000 рублей, наравне с чином генерал-фельдмаршала, который по принятому Монархом Табелю о рангах равнялся чину генерал-адмирала.
В 1709 году Феодор Матвеевич Апраксин вновь руководил караблестроением на верфях Воронежа.
В феврале 1710 года Государь Петр I Алексеевич Высочайше даровал Феодору Матвеевичу Апраксину и старшему брату его Петру Матвеевичу Апраксину (1659-1728) с нисходящим их потомством Графское Российского Царства достоинство. Диплом о даровании титула Высочайше пожалован был Апраксиным в 1715 году.
Покоритель Выборга.
В марте 1710 года Феодор Матвеевич во главе 11-тысячного русского отряда отправился в поход под Выборг, куда и прибыл 22 марта (4 апреля).
Тотчас же начал он осадные работы, которые, впрочем, двигались вперед весьма медленно по причине каменистого грунта. К тому же отряд Феодора Матвеевича терпел недостаток в продовольствии и в тяжелой артиллерии. Эти обстоятельства, конечно, могли заставить генерал-адмирала снять осаду, но, к счастью, тронувшийся лед доставил возможность послать из Санкт-Петербурга к осаждающим продовольствие и артиллерию.
Дела русского отряда поправились и поправились блестяще: 13 (26) июня 1710 года мощная шведская крепость Выборг сдалась на капитуляцию.
Высочайшая награда.
За эту выдающуюся заслугу Феодор Матвеевич Апраксин 14 (27) июня 1710 года Высочайше пожалован был Государем Петром I Алексеевичем высшим Российским орденом – орденом Святого Апостола Андрея Первозванного, получив в подарок и украшенную алмазами шпагу.
Возращение в Азов.
После того, в январе 1714 года, вследствие разрыва России с Турцией, Граф и кавалер Феодор Матвеевич Апраксин вновь отправился в крепость Азов для принятия начальства над Азовским краем и флотом.
В силу трактата, заключенного Государем Петром I Алексеевичем летом 1711 года с турками при р. Прут, Графу Апраксину Высочайше повелено было разрушить крепость Таганрог и вновь отдать туркам ранее занятую у них крепость Азов.
Переговоры и сопряженные с ними затруднения заставили Графа Апраксина оставаться там почти год.
Начальник Эстляндии, Ингерманландии и Карелии.
По возвращении летом 1712 года в Санкт-Петербург Граф Феодор Матвеевич Апраксин на время пребывания Царя Петра I Алексеевича за границей Высочайше назначен был главным начальником Эстляндии, Ингерманландии и Карелии – провинций, завоеванных у шведов и присоединенных к России, командуя находящимися там морскими и сухопутными силами.
Новые победы.
В начале мая 1713 г. Граф и кавалер Федор Матвеевич, начальствуя над галерным флотом, состоявшим с лишком из 200 судов, взял города Гельсинфорс (Хельсинки) и Або (Турку).
Шестого (19) октября 1713 года при содействии Князя и Андреевского кавалера Михаила Михайловича Голицына Старшего (1675–1730) одержал победу над шведами при р. Пелкине.
Корпус под командованием Графа Апраксина овладел территорией Финляндии, а главный флот, захватив приморские пункты, лишил шведов последних баз в Финском заливе.
В январе 1714 года Граф Апраксин участвовал в заложении Царем Петром I Алексеевичем гавани в Ревеле.
27 июля (9 августа) того же 1714 года Государь усилиями Князя М. М. Голицына нанес знаменитое поражение шведской эскадре у мыса Гангуд (или Ганго-Удда). В столь славной виктории видную роль сыграл и Граф Апраксин.
Так, командуя галерным флотом, в ответственный момент боя раф поднял сигнал атаковать неприятеля и личным примером мужества возглавил авангард наступающих русских моряков. Абордажная атака последних решила исход сражения, в котором корабельному флоту Швеции нанесен был сокрушительный разгром, что позволило перенести в скором времени боевые действия русских войск на территорию противника.
Первые огорчения.
По возвращении в Санкт-Петербург Феодор Матвеевич испытал большое огорчение: его в числе других вельмож подвергли следствию за разные злоупотребления и беспорядки, оказавшиеся во вверенном ему морском ведомстве.
Несмотря на безукоризненную честность и бескорыстие, а также и частные отлучки по службе, Граф Апраксин приговорен был к уплате денежного штрафа. Однако Государь Петр I Алексеевич, желая вознаградить генерал-адмирала за понесенную им вследствие штрафа денежную потерю, в 1716 году подарил кавалеру все поместья, оставшиеся после кончины 31 декабря 1715 года (13 января 1716 года) Вдовствующей Царицы Марфы Матвеевны – Венценосной сестры Графа Апраксина.
Новые поручения.
В продолжение 1715-1718 гг. Граф Феодор Матвеевич исполнял многие поручения: руководил крейсерскими действиями русского корабельного флота в Финском заливе и прикрывал от нападений шведами работы в Ревельской гавани, занимался, будучи в г. Або, исправлением и умножением галерного флота, вывел корабли в крейсерство для атак на шведские коммуникации в заливе и прочее.
15 (28) декабря 1717 года генерал-адмирал и кавалер Высочайше назначен был Государем первым президентом Адмиралтейств-коллегии, возглавив в чинах генерал-адмирала и сенатора, все военно-морское ведомство России.
В следующем 1718 году Граф Высочайше назначен был вторым по старшинству членом следственной комиссии по делу т. н. измены несчастного Цесаревича Алексия Петровича (1690-1718) и подписался под смертным приговором Августейшему узнику.
20 мая (2 июня) 1719 году Граф Высочайше утвержден был Эстляндским генерал-губернатором и вскоре после столь высокого назначения, отправился во главе галерного флота в Финляндию, где, оставив часть флота и войск, в числе русского десанта, высадился на побережье пролива Стокзунд, ведущего в столицу Шведского Королевства – г. Стокгольм и в пятичасовом бою разгромил шведов, оказав таким образом русским министрам, имевшим переговоры со шведами о мире, неоценимую помощь.
В 1720 году Граф Феодор Матвеевич Апраксин по Высочайшему Указу Государя руководил укреплением острова Котлин и строительством крепости Кроншлот, вновь участвуя в плавании по Балтийскому морю.