Сложное время середины восьмидесятых – девяностых. Меняются не только экономические отношения, но и общественное сознание. Перекраивается история. Остаются в прошлом партийные ценности и догматы, становятся доступными архивы и поднимаются пласты жестоких тридцатых-сороковых – годов репрессий. В Коми крае – в прошлом одном из островов «архипелага ГУЛАГ», нет отторжения темных страниц истории СССР: почти в каждой семье не только городской, но и сельской, есть переселенцы, вчерашние «ЗК», репрессированные. Краеведы начинают одну из актуальнейших тем современности – восстановление имен тех, кому имена, данные родителями, пытались заменить на безликие номера. Первыми работу начинают краеведы Воркуты, Инты, Княжпогостского района. На местах бывших зон ставятся поминальные кресты, в архивах разыскиваются имена сидельцев.
Не менее важное направление краеведения – история православия в Коми крае. Появляется возможность открыто говорить и о первом создателе коми письменности – Святителе Стефане Пермском, и о его последователях, начиная с 14 века объединявших российское государство «словом божьим и делами праведными». Дорожная карта исследований Коми края становится намного шире и многограннее. В то же время новые темы не отодвигают в сторону более ранние направления –путешествия и исследования мест боевой и трудовой славы народа в Великой Отечественной войне. Более того, появляются поисковые отряды, активно принимающие участие в «Вахтах Памяти». Станция юных туристов (далее Республиканский центр детского и юношеского туризма)
Происходят существенные изменения и в спортивном туризме. Спорт разделяется на две самостоятельные дисциплины «Дистанция», «Маршрут».
С 2003 по 2012 гг. центр возглавлял генеральный директор Игорь Николаевич Филатов. Центру были переданы стационарные оздоровительные лагеря «Мечта», «Северная зорька», «Чайка», «Белый Бор» рассчитанные на прием более 800 детей в смену. В структуру Центра введены новые отделы: отдел научно-методического и информационно-издательского обеспечения, отдел круглогодичного отдыха детей и подростков, отдел гражданско-патриотического воспитания.
В сентябре 1999 года обучающиеся отдела краеведения приняли участие в Межрегиональной конференции северных регионов Российской Федерации «Север и экология - 21 век: экологическое образование и воспитание
6-8 ноября 1999 года совместно с Министерством физкультуры, спорта и туризма РК, Коми РПСС МЧС России, комитетом по делам ГО и ЧС РК были проведены первые Республиканские соревнования по программе «Спасатель в природной среде», посвященные памяти В.Л. Пушко
В марте 2000 года проведен Республиканский смотр музеев, залов, комнат боевой и трудовой славы образовательных учреждений, посвященный 55-летию Победы. В этом же году впервые проходит республиканский этап Всероссийский Акции «Я- гражданин России».
28-30 марта 2000 года в г.Сыктывкаре в республиканском сборе туристов-краеведов, посвященном 2000-ю Рождества Христова, приняли участие школьники всех возрастов, педагоги, объединенные общностью духовных интересов. Сбор прошел при активном участии Епархиального управления Сыктывкарской и Воркутинской Епархии, Национальной Галереи, Национальной библиотеки Республики Коми, Сыктывкарского Духовного училища, Православной гимназии. Сбор выявил особую актуальность таких направлений движения «Отечество» как «История религии», «Церковное краеведение», «Православие в Коми крае», открыл новые возможности в развитии учебно-воспитательного процесса в центре. Во время работы сбора расширились и укрепились связи Центра с творческой интеллигенцией города и республики, наметились пути дальнейшего сотрудничества.
В марте 2000 года в Финале Чемпионата России по спортивному ориентированию на лыжах на удлиненных дистанциях в г. Сыктывкаре в районе лыжной базы «Динамо» и лыжной базы «Веждино» СЛПК выступили воспитанники Республиканского центра детско-юношеского туризма и экскурсий. Норматив мастера спорта выполнили Ермолина Надежда и Бурцева Юлия.
27-30 марта 2001 года состоялся краеведческий сбор «Природное наследие и духовное наследие. Программа сбора включала в себя тематику двух ведущих направлений отдела краеведения «Экологию» и «Православие».
9 ноября 2001 года коллегией Министерства образования и высшей школы Республики Коми была принята программа туристско-краеведческого движения учащихся «Отечество – Земля Коми» Программа является составной частью Всероссийской программы «Отечество». При составлении программы были учтены региональные и национальные особенности республики. Непосредственное руководство координацией программы осуществляет Республиканский центр детско-юношеского туризма. Программа состоит из 4-х блоков: «Культурное наследие», «Историческое наследие», «Природное наследие», «К туристскому мастерству», которые включают в себя подпрограммы, определяющие тематику краеведческого поиска.