Город после разграбления долго представлял собой полупустое пепелище. Слишком пагубны были последствия Смуты. Даже спустя полтора десятилетия (в 1627 году) более трети посадских и иных городских дворов в Вологде либо числились без жильцов, либо вообще отсутствовали — чернели «зженым» местом. Среди «тяглых» дворов вологжан преобладали, по налоговой классификации того времени, «худые», а большинство горожан было записано государевыми чиновниками в «мелкоту» — бедноту, вовсе «не пригодившуюся в тягло». На темпах восстановления города сказывалось и то, что вплоть до конца 1620-х годов вблизи Вологды было неспокойно: отдельные небольшие отряды «воров» грабили население ближайшей окрути; много времени и средств уходило и на поимку «лихих людей», разбойничавших на Сухоне. 
Однако время постепенно брало свое: стучали топоры, отстраивались новые дома и церкви, возвращались беглецы. Население города к 1627 году насчитывало более четырех тысяч человек и, видимо, вскоре вышло на «довоенный» уровень. Дальнейший рост населения Вологды был обеспечен прежде всего за счет высоких темпов хозяйственного развития. По подсчетам современных исследователей, уже к середине XVII столетия по числу дворов наш город занимал четвертое место среди богатых торговых центров Замосковья и Поволжья. Еше более впечатляют успехи, достигнутые вологжанами к концу семидесятых годов XVII века. По переписи 1678 года Вологда числом дворов (1420 дворов) уступала только Москве (4845 дворов) и Ярославлю (2236 дворов). Уже к началу XVIII века число горожан превысило десять тысяч.
Жители Вологды XVII века относились к нескольким сословиям и сословным группам. В городе проживали служилые люди «по отечеству» — дворяне, которым, например, в 1627 году принадлежало 142 двора. Служилые люди «по прибору» (стрельцы, воротники, дьяки и подьячие) насчитывали в то же время около 130 человек. Особую группу служилых людей составляли ямщики и «розсыльщики», проживавшие, как правило, в ямских слободах при выезде из Вологды, на Московской и Кирилловской дорогах. Отдельную, весьма многочисленную, группу населения образовывало духовенство. В городе также проживало большое число посадского населения, помещичьи и архиерейские крестьяне и холопы. Некоторые из них имели в городе свои лавки или занимались промыслами. Среди ремесленников особенно многочисленными были кузнецы (в 1627 году в городе имелось около 50 кузниц), кожевенники, иконописцы. В документах упоминаются также хлебники, овчинники, дегтяри, прядильщики, серебряники, сапожники, плотники и другие — всего около 50 (!) специальностей.
Город славился своими мастерами. Именно они — жители вологодских ремесленных слобод — во многом обеспечивали торговые и культурные связи Вологды с другими городами и регионами страны. Так, например, вологодские иконописцы приглашались для работ по росписи храмов и палат Московского Кремля, Архангельского собора (1660 год), государева дворца в селе Коломенском (1670 год). В свою очередь, частыми гостями Вологды второй половины XVII века были ярославские мастера. Именно артель иконописиев-ярославцев под руководством знаменитого Дмитрия Плеханова прославилась росписями главного храма Вологды — Софийского собора, выполненными в 1686—1688 годы.
На вторую половину XVII века приходится расцвет каменного строительства в городе. Вологжанами была создана чудесная Цареконстантиновская церковь с шатровой колокольней, здание Судного приказа, стены и башни Архиерейского двора, мощные крепостные сооружения Спасо-Прилуцкого монастыря...
Достаточно быстро после Смуты были восстановлены и торгово-промышленные связи с Холмогорами и Архангельском, Москвой, городами Поволжья. Рост доходов принесло развитие торговли с Уралом и Сибирью, самый удобный путь к которым лежал через Вологду. Доходили предприимчивые вологодские купцы даже и до границ «Поднебесной империи» — Китая. Некоторые крупные вологодские купцы второй половины XVII века стали членами «гостиной сотни» — высшего разряда российского купечества, который по своему статусу приравнивался к именитым придворным сановникам. Среди таковых был известный «торговый гость» Гавриил Мартинович Фетиев, который вел дела во многих городах России, был известен в Москве. Купец лично знал влиятельнейших бояр — В. В. Голицына, И. М. Милославского и других.
Выгодное географическое положение Вологды, как и прежде, обеспечивало постоянный приток товаров на вологодский рынок со всей России. Прежде всего отметим крупнооптовые партии товаров москвичей, нижегородцев, ярославцев, предназначенные для отправки в Архангельск и далее — за море. Для обслуживания столичного (в большинстве своем) купечества вологжане выстроили новый большой Гостиный двор, который находился теперь (примерно с 1620 года) в стенах крепости, в районе современной Торговой площади. Здесь разместился и самый большой городской рынок. В отличие от спокойной деловитости приказчиков именитых гостей у «государевых амбаров» Гостиного двора, на рынке господствовала стихия повседневного и шумного торга. Здесь можно было купить все необходимое, а главными действующими лицами были мелкие лавочники да крестьяне близлежащих деревень. Особую группу торговых мест, расположенных по всему городу, составляли лавки и склады небольших вологодских монастырей, например Ильинского. Но были и гораздо более солидные продавцы: представители Соловецкого, Кирилло-Белозерского, Спасо-Прилуцкого, Антониево-Сийского и других северных монастырей. Соловецкая и Кирилло-Белозерская обители отстроили в первой четверти XVII века в Вологде свои каменные подворья, в помещениях которых складировались подвозимые запасы их главного товара — соли с варниц Тотьмы, Сольвычегодска и других северных городов.
Среди заморских товаров был и один новый для россиян — табак. Отношение к нему на Руси в XVII веке было примерно такое же, как сегодня к наркотикам: был этот зловредный товар «заповедным» — запрещенным для ввоза и употребления. В 1634 году вышел царский указ, подтвержденный позже Соборным уложением: «на Москве и в городех о табаке заказ учинен крепкой под смертною казнью, чтобы нигде русские люди и иноземцы всякия табаку у себя не держали и не пили, и табаком не торговали. А кто русские люди и иноземцы табак учнут держати, или табаком учнут торговати... за то чинити наказание болшое бес пощады, под смертною казнью, и дворы их и животы имая, прода-вати, а денги имати в государеву казну».
Борьба с зельем велась и в Вологде. Здесь осенью 1639 года произошел, например, такой инцидент: на двор к «английским немчинам»-купцам «для табачного сыску» пришли Осип Хлопов, подьячий Федор Дурышкин и посадские люди. Но англичане амбары осмотреть не позволили, а гостей встретили совсем не ласково — заперли ворота, «и вышед к ним с шпагами и с пистолми» и «собаки с чипей на них спустили». И на другом, и на третьем «английском дворе» история повторилась. А когда послали стрельцов перелезть через забор и отпереть ворота, то «немцы учиня силу стрелцов с забору и с ворот сбили... и на двор не пустили». Через два месяца, впрочем, посадские «со многими людьми» устроили настоящий погром, как на дворах некоторых иноземцев, так и на «судах их под горою», но вот «табаку обыскивая не нашли», а расследованием самоуправства посадских занялись компетентные органы.
К концу века, однако, стало ясно, что бороться запретами со все более распространяющимся «зельем» бесполезно, и Петр I торговлю табаком легализовал. В 1697 году был издан указ о том, чтобы «на Вологде продавать табак и торговать явно», но только в специально отведенном месте — «на постоялом дворе подле кабака», взимая пошлину в пользу государя. Однако присланный от московских купцов для торговли табаком Иван Иванов сын Фандорт начал продавать табак не только там, где позволял царский указ, — за городом, на кружечном дворе, где «в нынешнее летнее время днем и ночью с огнями сидят и ходят и табак пьют беспрестанно без всякого опасения», но и там, где было скопление народа, — у церквей по воскресным дням, чем приводил прихожан в смущение.
Крупным торгово-хозяйственным комплексом вологодской округи являлся Спасо-Прилуцкий монастырь. Основной доход монастырю приносила скупка и продажа соли. На берегу Вологды, ниже устья Золотухи, расположилось его обширное каменное подворье, где старцы монастырские и торговые приказчики обители вели оптовую продажу этого важнейшего товара. Монастырь имел также свои кожевенные мастерские и кузницы. С конца 1640-х годов братия обители в совершенстве освоила новое доходное и полезное дело: монастырь стал крупнейшим производителем кирпича в Вологодском крае. К концу XVII столетия монастырские заводы (они скромно назывались «сараями» и находились в малообжитой части Заречья) и зависимые монастырские крестьяне вручную производили до одного миллиона (!) кирпичей в год, поддерживая таким образом «моду» на каменное строительство в Вологде.
Образ Вологды XVII столетия, как центра торговли и промышленности, не будет полным, если мы не скажем о «торговых людях иноземцах»: «английских немцах», «галанцах», «свеях» и просто «немчинах». Семнадцатое столетие, особенно его последнюю четверть, можно назвать временем наивысшего расцвета в Вологде дворов иностранных торговых людей. Эти дворы, являвшие собою совокупность хозяйственных и жилых построек, обычно принадлежали крупным торговым компаниям. В 1627 году их было одиннадцать, причем преобладали дворы предприимчивых голландцев. Представительства иноземных компаний мелким оптом не занимались. Устойчиво высокую прибыль на русском рынке им приносила крупнооптовая скупка и продажа товаров, ассортимент которых, впрочем, в сравнении с XVI веком изменился мало: из Европы везли оружие, вина, драгоценности; а в Вологде к следующей навигации скапливались меха, ценная рыба из Астрахани (осетры, белуга), пенька, канаты, поташ, деготь и другие русские товары.
Многие иностранцы — торговые представители европейских фирм — живали в городе подолгу, случалось, что и не один десяток лет. Вологжане, как правило, их хорошо знали и даже называли по-свойски, на русский манер: Ждан Блядвин, Иван Азборн, Томас Рыцарев, Елисей Нос... Взаимоотношения иностранцев и вологжан были довольно сдержанными: мешала «иная» вера, разнились вкусы и привычки. Камнем преткновения были и широкие торговые привилегии «немцев» и налоговые льготы. Кроме того, многие из иностранных купцов имели связи в Москве и зачастую отказывались подчиняться местной администрации. Впрочем, в начале 20-х годов XVIII века присутствие представителей западно-европейского делового мира в Вологде сошло на нет. Серия указов Петра I ограничила архангельскую торговлю бассейном Северной Двины. Вологда потеряла свое былое исключительно выгодное торговое положение и перестала интересовать Европу: дворы иностранцев опустели. Зримой памятью о былом пребывании «немцев» в Вологде остался небольшой каменный домик купцов Еутманов на набережной, названный впоследствии вологжанами «Петровским».
В историко-краеведческих исследованиях до сих пор не восстановлена в полной мере картина жизнедеятельности вологодской городской посадской общины. Но известно, что большую роль в управлении Вологдой, как, впрочем, и других городов Русского Севера, играли выборные должностные лица: земские старосты, целовальники, таможенные головы.
Важной особенностью XVII века стало заметное усиление влияния прямых назначенцев государя — воевод. Становление системы воеводского правления было связано с событиями Смутного времени. Городские общины остро нуждались в профессиональных военных и администраторах, которые бы осуществляли надзор за соблюдением государственных интересов и одновременно «блюли», охраняли город. Но в дальнейшем «временные» меры, как часто бывает, получили постоянную (в том числе и законодательную) основу: воеводы — управленцы и администраторы — вместе со своим «аппаратом» (дьяк — глава канцелярии, подьячие — его подчиненные, целовальники, таможенные головы, почтальоны-«розсыльщики», палачи) подменили органы местного самоуправления.
Заметное место в городском населении занимали служители Архиерейского двора — самого крупного хозяйственно-административного учреждения Вологды. Двор включал в свою структуру два приказа (Казенный и Судный) и многочисленные «службы»: ризницу, просвирни, поварни, конюшни, житницы, погреба, мастерские, сторожевую службу, библиотеки. Среди его служителей, общее число которых превышало полторы сотни человек, - приказный, дьяки, подьячие, певчие, архиепископские дети боярские, стряпчие и многочисленные дворовые люди. Архиерейский двор был не только сложным хозяйственно-управленческим организмом, но и важнейшим проводником государственной и церковной политики, культурно-духовным центром города и всего края.
Итак, до настоящего времени сохранилось довольно много свидетельств об устойчивом, поступательном развитии Вологды в XVII столетии, о ее повседневной жизни и культуре. Однако бывали в истории города и трудные времена, воспоминания о которых оставили глубокий след в памяти вологжан.
Несмотря на успешное развитие хозяйства, торговли и промыслов жизнь вологжан и жителей ближайшей округи еще в эпоху позднего средневековья во многом зависела от капризов северной природы. «Хлебные недороды» и следовавшие за ними голодные годы были, увы, весьма частым, периодически повторяющимся явлением. Да и в относительно благоприятные урожайные годы рацион питания среднего вологжанина вряд ли отличался богатством и разнообразием. Примерно треть года составляли вынужденные «разгрузочные» дни со скудным питанием. Как правило, они совпадали с церковными постами. Последние, правда, чередовались с относительно богатыми застольями в дни общерусских и местных христианских праздников, составлявших также добрую треть годового цикла. Иногда неурожайные годы и следовавший за ними голод принимали масштабы всенародного бедствия. Надолго запомнилась вологжанам «великая хлебная скудость» 1671 года. Своеобразным памятником этого несчастья являются стены и башни Архиерейского двора. Они были возведены в 1671 — 1675 годах при архиепископе Симоне, который пошел на организацию широких общественных работ, чтобы дать работу и пропитание голодающим горожанам и крестьянам близлежащих деревень, во множестве прибывавших в город в поисках пропитания. «Ограда каменная, — отписывал преосвященный в Москву, — состроилась по воле Всесильного Бога, в гладное время небольшой казной, и многие православные христиане работали из хлеба, безденежно».
Из отписки архиепископа Вологодского и Белозерского Симона митрополиту Сарскому Павлу и митрополиту Рязанскому Иллариону о голоде зимы 1671/1672 годов:
«Что ныне у нас во граде Вологде и в весех (деревнях. — Р. Б.) от великого гладного нестерпимого томителъства чинится: матери детей своих в реку и по улицам мечют, а иные сами и с детьми своими топятца; и это еще по зимнему пути, а впредь что и будет? Многие будут живы[е] во гроб вселятися; а странноприимница (убогий дом. — Р. Б.) уж и то вся тех, от гладу скончавшихся, наполнилась. И на то их гладное томителъство зря, — увы и горе!»