В первые годы бытия Церкви, уверовавшие в Господа Иисуса Христа иудеи сохраняли связь с Иерусалимским храмом и признавали обязательным соблюдение Закона Моисеева (ср. слова Иакова, брата Господня, ап. Павлу: «...видишь, брат, сколько тысяч уверовавших иудеев, и все они ревнители закона» (Деян 21. 20)). Однако, убиение архидиакона Стефана, а затем Иерусалимского епископа Иакова, брата Господня, вероятно, положило начало отделению иудеохристиан от основной массы иудеев.
В 66 г., когда началось иудейское восстание и в Палестину были введены римские войска, христиане удаляются из Иерусалима в Заиорданье. Несомненно, они вспомнили слова Спасителя: «Итак, когда увидите мерзость запустения, реченную через пророка Даниила, стоящую на святом месте, читающий да уразумеет, тогда находящиеся в Иудее да бегут в горы» (Мф. 24:15-16). С этого момента иудеи стали рассматривать христиан как предателей.
С появлением христианства, вера еврейского народа претерпела резкое изменение, что в итоге привело полному отчуждению христианской общины от ветхозаветной религии. Если иудеохристиане исповедали Иисуса пришедшим Мессией (Христом), то иудеи продолжали ждать его пришествие. Для них личность мессии окончательно сфокусировалось в политической сфере. В 70 г., после долгой и изнурительной осады Иерусалим был взят Титом, сыном императора Веспасиана. Храм был разрушен и сожжен. Синедрион переселился в палестинский прибрежный город Ямния (Явне). Там же была основана богословская школа (школа мудрецов), положившая начало формирования еврейского ветхозаветного канона (книги Ветхого завета).
В 85 г. определением синедриона в синагогальное богослужение была включена официальная анафема против христиан: «Да будут внезапно уничтожены назаряне и все еретики; и да будут они истреблены из Книги Жизни».
Последние годы ямнийского синедриона связаны с именем равви Акивы очень чтимого среди иудеев толкователя и глубокого знатока Писания. Но, когда началось восстание Шимона Бар-Косбы (132 г.), он поддержал провозглашение его новым мессией и нарек ему новое имя Бар-Кохба, что значит «Сын звезды». Началась новая иудейская война 132–135 гг. По всей видимости, равви Акива был одним из ее вдохновителей.
После необычайно жестоких и кровопролитных боев Иерусалим был вновь взят и вновь до основания разрушен. Улицы его были распаханы, и на его месте был выстроен новый языческий город под названием Элия Капитолина (в честь императора Публия Элия Адриана).
Евреям под страхом смерти запрещалось проживать в нем, и только раз в году, в 9-й день еврейского месяца Аба, за установленную плату они допускались в город оплакивать свои святыни.
Новый синедрион был открыт в городе Уша в Галилее, а затем переехал в столицу Галилеи Тиверию. В нем была продолжена работа по разработке ветхозаветного канона. Два сборника, Мишна (свод законов) и Гемара (комментарии к законам), составили Талмуд. Именно в этот период было окончательно определено лицо современного иудаизма. Все ветхозаветные тексты тщательно пересматривались и редактировались. В частности, из них вычищались все места, на которые ссылались или могли ссылаться христиане как на исполнения пророчеств о Христе. Там было положено начало созданию канонической для иудаизма версии Ветхого Завета так называемой Масоретской версии, работа над которой была завершена лишь в X в. Септуагинта была отвергнута. В Ямнии был сделан новый греческий перевод. Его автором стал прозелит из Понта (бывший христианин) по имени Аквилла. Работа над переводом была завершена в 140 г. И к этому времени стало ясно, что окончательное размежевание иудаизма и христианства совершилось.
Поскольку в древней Церкви «иудеохристиане» не было самоназванием ни одной из групп, ни внутри Церкви, ни вне ее, исследователи используют этот термин для обозначения секты эвионитов (бедняков). Самые ранние свидетельства об эвионитах содержатся у сщмч. Иринея Лионского, который считал это течение еретическим.
Эвиониты...придерживались Моисеева закона (обрезания, соблюдения субботы, постановлений относительно пищи и омовений), праздновали Пасху вместе с иудеями, совершали Евхаристию только на пресном хлебе и воде. Они не признавали Иисуса Сыном Божиим, считали Его пророком и резко выступали против ап. Павла. При этом для них было характерно учение об отмене ритуальных жертвоприношений животных после пришествия Христа, что отличало их от основной массы иудеев. Возможно, они не признавали пророческих книг и пользовались иной редакцией Пятикнижия.
Эвиониты были известны как секта до V века.