Вскоре после захвата Константинополя султан Мехмед узнал, что патриарший трон является вакантным. Бегство патриарха Григория Маммаса приравнивалось в народном сознании к отречению, так что нужно было найти нового патриарха. Наведя справки, Мехмед принял решение, что патриархом должен стать известный ученый монах Георгий Схоларий. К тому Геннадий стал лидером антиунионистской, антизападной партии в Церкви. Было очевидно, что он не станет вести политических интриг с Западом. Через месяц после падения города Мехмед послал за Геннадием, но того нигде не могли отыскать. Во время штурма турки увели его в рабство. Геннадия выкупили у хозяина и с почетом препроводили в Константинополь ко двору султана. Мехмед убедил его занять патриарший трон, после чего все епископы, которых нашли в округе, были созваны на Синод. Он провозгласил патриарший трон вакантным и по представлению султана избрал Геннадия патриархом. Хиротония и интронизация состоялись 6 января 1454 года. Процедуру скопировали с византийских церемоний. Геннадий был принят султаном в его резиденции, и султан вручил ему знаки его достоинства: облачения, посох и наперсный крест. Затем Геннадий сел на подаренного ему султаном роскошного скакуна и направился к храму святых Апостолов, где состоялась его хиротония и интронизация. Затем на том же скакуне патриарх проехал во главе процессии по улицам города, после чего вернулся к храму Апостолов, на территории которого и находилась его новая резиденция. После этого Геннадий и султан вместе разработали новые правила существования православных в Османской империи. Привилегии, дарованные султаном Мехмедом, включали в себя личную неприкосновенность патриарха, освобождение от всех налогов, полную гарантию сохранения престола, полную свободу передвижения и право передачи этих привилегий своим преемникам на вечные времена; такие же привилегии были даны митрополитам и другим церковным сановникам, входящим в Священный синод. Церковным судам было дано право слушать все дела православных, имеющие отношение к религии, включая брак и развод, завещание и опеку над малолетними. Всеми другими гражданскими делами православных занимались учрежденные патриархом светские суды. Только уголовные дела и дела, касающиеся также и мусульман, передавались в турецкие суды. Сама Церковь не собирала государственных налогов с греческих общин: это было обязанностью главы местной администрации. Однако от Церкви могли потребовать применить угрозу религиозных санкций вплоть до отлучения против христиан, злостно не плативших налогов либо не исполнявших законы государства каким-либо иным путем. Кроме того, патриархия собирала с христиан собственные налоги, которые шли на ее нужды. Духовенство освобождалось от уплаты налогов государству, но могло делать от своего имени вклады, которые номинально считались добровольными. Из христиан только представителям духовенства разрешалось отращивать бороды. Кроме того, христиане должны были ходить в особой одежде, они не имели права ездить на лошадях (за исключением патриарха) и носить оружие. Храмы снаружи не должны были выглядеть как культовые здания; колокольный звон был запрещен. Однако самый ненавидимый всеми закон касался порядка набора янычаров. Каждая христианская семья должна была быть готова по первому требованию отдать представителям султана одного из своих сыновей. Мальчиков воспитывали в специальных школах, где их превращали в фанатичных воинов мусульман. Османы отказывались признавать различия национальностей в «римском миллете» (термин, обозначающий христианский народ империи). Все православные империи были переданы в управление патриарху, с присвоением ему должности «этнарха» (начальник народа). Султану было достаточно контролировать избрание патриарха и епископов. Данная система замыкала христиан в своего рода гетто. Как этнарх и высокопоставленный чиновник Турецкой империи, патриарх (вместе с его канцелярией) неизбежно вовлекался в насквозь коррумпированную систему управления Оттоманской империи. Выборы каждого нового патриарха должны были сопровождаться выплатой крупной суммы («бакшиша») турецкому правительству, которая оговаривалась в каждом конкретном случае в султанском берате (лицензия). Сумму нужно было выложить либо из казны патриархии, и в этом случае новоизбранный патриарх старался возместить ее за время своего правления поборами из епархий, либо из личной собственности кандидата. В несколько более скромных рамках та же процедура повторялась и при епископских выборах, которым также вменялось в обязанность получить берат от соответствующих властей. Вскоре турки поняли, что чем чаще будут меняться патриархи, тем больше бакшишей они смогут получать. Тогда они стали принимать самое активное участие в смене патриархов. В XVII в. одном из самых мрачных периодов истории Константинопольской Церкви обладатель патриаршего престола сменился 61 раз. Правда, многие патриархи правили по два-три раза. Например, Кирилл Лукарис, самый знаменитый патриарх XVII в., восходил на патриарший трон 7 раз. То, что Константинопольский патриарх играл роль этнарха всех христиан Турецкой империи, позволило ему распространить свою власть на другие Церкви. Так, по мере расширения Османской империи в ее состав входят земли православных патриархатов Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского. В результате восточные патриархаты оказались в подчинении у Константинопольского. Теоретически восточные патриархи не потеряли ни своих прав, ни автономии и продолжали управлять паствой в пределах своих престолов. Но на деле оказалось, что теперь они могли общаться с османским правительством лишь через константинопольского патриарха. Так, если освобождался какой-то патриарший престол, то только константинопольский патриарх мог обратиться к султану за разрешением на его замещение. Но султана не особо волновал этот вопрос, так что у константинопольского патриарха всегда была возможность поставить в патриархи своего кандидата. Восточные патриархаты были беднее Константинопольского. Среди них Иерусалимский патриархат был самым богатым благодаря пожертвованиям всего православного мира, да и паломничество приносило стабильный доход. Самым бедным был Антиохийский патриархат (резиденция в Дамаске). Доход его напрямую зависел от сирийских торговцев, которые часто конфликтовали с константинопольскими греками. В Александрийском патриархате дела обстояли чуть лучше благодаря многочисленным греческим купцам, поселившимся после османского завоевания в Египте. Кипрская церковь хоть и сохранила свою автономию, но во времена венецианского владения на острове она сильно зависела от константинопольского патриарха. Ситуация на Кипре не изменилась и после захвата острова османами. Во главе Болгарской Церкви ещё с XIV века стали назначать греков. Тырновская (болгарская) патриархия была сведена до статуса митрополии в составе Вселенского патриархата. В 1459 году был упразднен Сербский патриархат в Пече. Спустя сто лет сербы смогли добиться восстановления своего патриархата, но в 1766 году Печский патриархат был вновь ликвидиров. Автокефальная Охридская Церковь была упраздена в 1776 году. Эта тенденция к централизации со стороны Константинопольского патриархата, к сожалению, также сопровождалась мерами, особенно болезненно воспринимавшимися славянскими народами: вначале на славянскую кафедру назначался греческий епископ, а затем он начинал устранять славянское богослужение. Никакая оппозиция со стороны местного клира не была возможна, так как патриарх именем султана обладал над ними абсолютным гражданским и церковным контролем.
Так и древние восточные патриархаты попали в руки греков. Антиохийцам удалось добиться поставления арабского патриарха лишь в 1898 г. при активной помощи Российской Церкви. В Иерусалиме, где подавляющее большинство верующих составляют арабы, почти все архиереи (кроме двух) и патриарх по-прежнему греки. Национализм, это проклятие современного Православия, начал развиваться и процветать под турецким режимом. Греческий национализм отождествлял Православие с эллинизмом и стремлением греков к независимости, а славянский национализм требовал в XIX в. создания национальных Церквей, угрожая взять в руки оружие и поднять восстание.
Во времена Османской империи Русская Церковь занимала особое место в православном мире. Ее зависимость от Константинополя после 1453 года стало минимальной. Ну а после учреждения патриаршества на Руси (1589 г.), наоборот, греческая церковь стала зависеть от русской, особенно в материальном отношении.