Система центральных органов государственного управления в годы Смуты была разрушена. Между тем без ее восстановления было невозможно эффективное отправление государственных функций, поддержание единства государства, связи центра с местными структурами управления. Михаил Федорович предпринял шаги по восстановлению приказной системы. Энергично этот процесс пошел после возвращения в Москву из польского плена Филарета Никитича, отца царя.
Ввиду актуальности финансовой проблемы (после Смуты казна была пуста) правительство усилило фискальную деятельность приказов. Были созданы новые постоянные и временные приказы, ведавшие сбором налогов - Новая четверть, приказ Большой казны, Приказ пятинных и запросных денег. Новая четверть являлась ведомством, ответственным на питейное дело и кабацкие сборы. Приказ Большой казны ведал купеческими корпорациями, в том числе «гостями», купцами гостиной и суконной сотен и торговыми людьми городов; собирал с гостей, торговых людей, крестьян и бобылей подати, откупы и иные ежегодные сборы. Приказ пятинных и запросных денег собирал чрезвычайные налоги.
Постепенно приказная система внедрялась во все сферы государственного управления. Важную роль играли судебно-административные органы. К ним принадлежали созданные еще в XVI веке: Поместный приказ - ведал раздачей и переходом поместий, вотчин и связанными с этим тяжбами, оформлял все сделки на поместные земли, а затем получил судебные функции по этим вопросам, составлял важнейшие учетные документы - писцовые и переписные книги, в которых записывались земельные владения служилых людей и крестьянские дворы; Разбойный приказ (в 1682 г. переименован в Сыскной) - ведал уголовно-полицейскими делами по всей стране, кроме Москвы (здесь эти функции выполнял Земский приказ), в нем утверждались на должности губные старосты, целовальники и дьяки, приговоры губных органов, рассматривались во второй инстанции разбойные дела; Холопий приказ - оформлял и освобождал от холопства, а также разрешал тяжбы из-за холопов.
В XVII веке создавались приказы, относившиеся к органам центрально-областного управления и традиционно называвшиеся четвертными. Они представляли собой бывшие центральные органы прежних уделов, присоединенных к Москве. Они были перенесены в столицу с сохранением территории ведения. Сначала их было 3, и они назывались третями, а затем 4 - и были названы четвертями, но вскоре их стало уже 6: Нижегородская, Галицкая, Устюжская, Владимирская, Костромская, Сибирская четверти (последняя была переименована в приказ). Они ведали населением городов, уездов и судом для податных групп населения.
Отдельной группой выступали приказы специального назначения. Это прежде всего Посольский приказ, преобразованный из Посольской палаты в 1601 г. От делился на 5 повытий, три из которых осуществляли сношения с Западной Европой, а два - с восточными странами. Ямской приказ обеспечивал государственную почтовую связь; приказ Каменных дел ведал каменным строительством. Печатный приказ скреплял правительственные акты приложением печати; Аптекарский приказ наблюдал за здоровьем государя и его семьи; Челобитный приказ передавал результаты разбора царем или Боярской думой желоб в соответствующие приказы или непосредственно челобитчикам. В 1649 г. появился Монастырский приказ, в ведении которого находились монастырские земли и суд населения церковных вотчин.
Особый блок составляли приказы дворцово-финансового управления. Приказ Большого дворца ведал содержанием дворца. А также населением и землями, расположенными по всей стране, обязанными поставлять это содержание, судил привилегированных лиц, освобожденных царем от суда обыкновенных органов. Ему были подчинены дворцы, отвечавшие за соответствующее снабжение: кормовой, хлебный, житенный и сытенный,
Приказ Большой казны постепенно превратился в личную казну царя и хранилище драгоценных изделий. Ему подчинялся Денежный двор, ведавший чеканкой монеты. Приказ Большого прихода ведал косвенными налогами государства, а приказ Счетных дел (создан в 1667 г.) осуществлял контрольные функции.
В период 1654-1676 гг. функционировал Приказ тайных дел, являвшийся личной канцелярией царя Алексей Михайловича и выступавший учреждением политического контроля и сыска. В его компетенцию были переданы важнейшие дела, связанные с царской и государственной безопасностью: контроль за деятельностью всех центральных и местных правительственных органов, дипломатией, производством огнестрельного оружия, за рудным делом, следствие по политическим делам, управление хозяйством двора.
В 1680-е годы была произведена перестройка органов центрального государственного управления. К тому времени общее число приказов составило 80-90,хотя некоторые из них носили временный характер. Такое больше число приказов порождало переплетение их функций, что не способствовало усилению эффективности их деятельности.
Главная цель реформы - упрощение и централизация приказов. Самыми крупными звеньями реформы являлось объединение всех вотчинных и поместных дел в Поместном приказе, а дел о службе - в Разрядном приказе с изъятием их из компетенции территориальных приказов. В результате этих действий произошел переход в финансовом управлении от территориального к системному принципу. Также в ходе реформы проводилось объединение приказов в группы с подчинением их одному правительственному органу в государстве.
В итоге преобразований приказы превратились в крупные учреждения с большим штатом и сложной бюрократической структурой.
По сравнению с центральным местное управление имело более сложную структуру. Основной административной единицей был уезд с городом (в конце XVII в. насчитывалось 146 уездов). Уезды управлялись воеводами, стоявшими во главе приказных или съезжих изб.
По оценке М.Н. Тихомирова, «избы представляли собой настоящие учреждения», так как имели присутствия, канцелярии, и достаточно сложную отраслевую структуру: в больших городах они делились на столы, а в других городах — на повытья. Так, в 1650-е гг. в Псковской съезжей избе было четыре стола: Разрядный, Денежный, Поместный и Судный.
В крупных городах воеводами были члены Боярской думы, в остальных — дворяне средних и низших чинов. Воеводы присылались из Москвы, вместе с ними из московских приказов командировались дьяки или опытные подьячие («подьячие с приписью». т.е. имеющие право подписи). В результате не существовало резких отличий в уровне подготовки служащих центральных и местных учреждений, как это наблюдалось в последующий период.
Воеводы назначались на срок от 1 до 3 лет и во время исполнения должности обладали достаточно большой долей самостоятельности. Правительство осознавало, что в «Наказах», служивших воеводам руководством к действию, нельзя предусмотреть все нестандартные ситуации и предписывало им в таких случаях действовать по собственному разумению: «как вам милосердный Бог поможет» или «как вас милосердный Бог известит».
Они были подотчетны приказам, но, как уже отмечалось, отозвать воеводу раньше срока могла только Дума. До учреждения в 1666 г. почты центральные власти сообщались с воеводами при помощи нарочных. Приказам предписывалось сноситься между собой, чтобы не посылать разных гонцов в один и тот же город. С ними воеводы передавали бумаги в Москву, так как с мест разрешалось отправлять специальных гонцов только по важным делам, не терпящим отлагательства.
Центральные учреждения обращали внимание, прежде всего, на финансовые и судебные дела, по которым существовали разные формы отчетности. При смене воевод составлялись записные книги и счетные списки, содержащие сведения о неокладных сборах, которые нельзя было определить заранее. После окончания срока службы воеводы представляли в приказы отчеты по всем отраслям управления, так называемые «росписные списки». В частой смене воевод правительство видело способ борьбы со злоупотреблениями местной администрации. Тем же задачам отвечало и запрещение воеводам покупать земли в управляемых ими уездах.
В подчинении воевод находились приказные или съезжие избы, где было сосредоточено управление всем уездом; в 1698 г. насчитывалось 302 избы. Личный состав приказных изб включал временный и постоянный контингент служащих. К первым относились воеводы и их помощники, которыми были дьяки, реже подьячие с приписью. Службу на местах проходило большинство приказных дьяков, а в 1670-е гг. в города стали посылать и думных дьяков. Приказы направляли в подведомственные им юрода, чаше всего, молодых дьяков, вскоре после пожалования их в чин.
Постоянным по составу было исполнительское звено служащих приказных изб, которое представляли местные подьячие. Если воевода и дьяк, как посланцы Москвы, олицетворяли собой центральную власть, то подьячие были местными представителями государственной власти, поэтому население проявляло большую заинтересованность в их назначении. Подьячие приказных изб могли выбираться населением или назначаться царскими указами; их могли принимать на службу и сами воеводы (к концу XVII в. это право сохранилось только за воеводами первостепенных городов). Но в любом случае мнение населения учитывалось. Кандидаты в подьячие должны были получить согласие не только воеводы, но и местных «градских и уездных служилых и жилецких людей». От своего имени жители посылали в приказ «выбор» или «заручную челобитную» с просьбой утвердить подьячим то или иное конкретное лицо. В некоторых случаях дело доходило до борьбы между сторонниками разных кандидатов на эту должность. Возможность выбирать подьячих позволяла населению оградить себя от чрезмерных взяток и поборов. Правительство также было заинтересовано в мирском выборе, рассматривая его в качестве гарантии честности и профессионализма местных служащих. Так, в 1682 г. царскими грамотами воеводе Вятки П.Д. Дорошенко запрещалось определять подьячих без мирских выборов.
В приказных избах были и низшие служители: приставы, рассыльщики и сторожа. Приставы и рассылыцики посылались по частным делам и получали вознаграждение от судящихся сторон. Эти должности нередко давали пушкарям и затинщикам вместо жалованья.
Помимо государственных учреждений (приказных изб) местное управление, включало «мирские», или земские, учреждения: губные, земские, таможенные избы. Несмотря на выборный характер, эти учреждения были вписаны в систему государственного управления и выполняли задачи низшего его звена. Воеводы и их товарищи - управлявшие из приказных изб городами и прилегавшими к ним территориями (уездами), контролировали и деятельность выборных органов. Контролирующую роль играли и временные комиссии из служаших московских приказов.
При Федоре Алексеевиче масть воевод заметно возросла. Указом 1679 г. в городах упразднялись многие должности и учреждения, а все судебные и других дела передавались ведению воевод. Предписывалось даже во всех городах сломать губные избы, а губным подьячим быть с воеводой в приказной избе. • Пожалуй, никогда власть воевод в городах не была так широка, как при Федоре», — замечает Н.Ф. Демидова.