В Уфе расположен один из самых современных и крупнейших в России нефтеперерабатывающих комплексов. Глубина переработки нефти на котором составляет 84,9 % при среднероссийском уровне 74 %.
· Филиалы ПАО «Акционерная нефтяная компания «Башнефть»: «Башнефть -УНПЗ» (производство нефтепродуктов и бисфенола А), «„Башнефть“-Новойл» (производство нефтепродуктов), «Башнефть-Уфанефтехим» (производство нефтепродуктов).
· ООО «„Башнефть“-Сервис НПЗ» (сервисное обслуживание).
Нефтехимическая и химическая промышленность.
· ПАО «Уфаоргсинтез» — дочерняя компания ПАО АНК «Башнефть» (производство полиэтилена высокого давления (ПВД), фенола, ацетона, полипропилена (более 70 марок), синтетического и гидролизного этилового спирта и прочих химических продуктов).
· ОАО «Уфимский лакокрасочный завод» (производство масляных красок и лака БТ-577, синтетических мастик).
· ОАО «Уфимский завод эластомерных материалов, изделий и конструкций» (производство резино-технических изделий).
Транспортировка нефти и газа.
· АО «Транснефть-Урал» (транспортировка нефти и нефтепродуктов);
· ООО «Газпром трансгаз Уфа» (транспортировка газа);
Машиностроение и приборостроение.
· Уфимское моторостроительное производственное объединение (УМПО).
· Уфимское приборостроительное производственное объединение (УППО, 40-й завод).
· Федеральное государственное унитарное предприятие «Уфимский завод микроэлектроники „Магнетрон“» (производство аппаратуры связи).
· ОАО «Уфимский завод „Промсвязь“».
· Научно производственное предприятие «Полигон» (производство аппаратуры связи).
· Уфимский завод цветных металлов (утилизация отходов ценных и цветных металлов).
· Уфимский опытный завод «Эталон» (производство, ремонт, техническое обслуживание контрольно-измерительных приборов).
· ОАО «Уфимский электроламповый завод „Свет“» (производство и реализация осветительных ламп накаливания).
· Башкирское производственное объединение «Прогресс» (производство продукции производственно-технического назначения, специальных средств связи, товаров народного потребления).
· ОАО «Башсантехмонтаж» (монтаж инженерных сетей и систем отопления, водо- и газоснабжения).
· Уфимское агрегатное производственное объединение им. 50-летия СССР.
· Башкирский троллейбусный завод.
· Уфимское учебно-производственное предприятие всероссийского общества слепых.
· Уфимский тепловозоремонтный завод.
· ОАО «Уфимское агрегатное предприятие „Гидравлика“».
· Завод автокомплектующих.
· Открытое акционерное общество «Уфимское научно-производственное предприятие „Молния“».
· Федеральное государственное унитарное предприятие «Научное конструкторско-технологическое бюро „Вихрь“».
· Уфимский трансформаторный завод, входящий в состав холдинга ОАО «Электрозавод».
· Научно-производственное предприятие «Буринтех» (производство бурового инструмента).
Строительная промышленность.
Заводы ЖБИ:
· ОАО «ГлавБашСтрой» (железобетонные изделия, газосиликат, мощность по ЖБИ 210 тыс. м3 в год, работает под брендом ОАО «СтройПланета»),
· ООО ДСК КПД (бетон, железобетон и изделия из них),
· ОАО «Уфимский ЖБЗ-1» (бетон, железобетон и изделия из них (мощность по ЖБИ 75 тыс. м3 в год),
· Уфимский ЖБЗ-2 (бетон, железобетон и изделия из них, мощность по ЖБИ 140 тыс. м3 в год).
Строительно-монтажные работы и прочие строительные материалы:
· ОАО «Акционерная компания „Востокнефтезаводмонтаж“» (строительно-монтажные работы, изготовление металлических конструкций),
· ОАО «Башнефтезаводстрой» (строительно-монтажные работы, производство строительных материалов),
· ОАО «Уфимский комбинат строительных материалов» (производство строительного кирпича и керамической черепицы).
Деревообрабатывающая промышленность.
· ООО «Уфимский фанерно-плитный комбинат» (производство фанеры, ДВП, пиломатериалов, столярных изделий).
· Башкирские художественные промыслы «Агидель» (производство изделий народных художественных промыслов).
· ОАО «Уфимская спичечная фабрика им. 1 Мая» (производство спичек).
· Филиал «Уфимский фанерный комбинат» ОАО «ЛХК „Башлеспром“» (деревообработка, производство древесно-стружечных плит).
· ОАО «Бельский ДОК» (деревообработка).
· НПО «Полимер» (производство пенопласта).
Пищевая промышленность.
· ОАО «Башкирхлебпром» (изготовление хлебобулочных изделий).
· ОАО «Уфимский мясоконсервный комбинат» (переработка мяса и производство колбасных изделий, в том числе с применением сои).
· Уфимский спиртоводочный комбинат — филиал ОАО «Башспирт».
· ООО «Башкирское мороженое».
· Завод безалкогольных напитков «Нурлы» — производство кваса живого брожения, питьевой воды, холодных чаев и лимонадов.
Лёгкая промышленность.
· ОАО «Уфимская косметическая фабрика «Чародейка»» (производство парфюмерной косметической и пищевой продукции).
· ОАО «Уфимский хлопчатобумажный комбинат» (производство текстильной продукции).
· Государственное предприятие «Республиканский центр моды» (моделирование и изготовление швейных изделий, услуги для населения).
· ОАО «Уфимская производственно-торговая фирма им. 8 Марта» (производство швейной продукции и предоставление услуг пошива).
· ОАО «Уфимская трикотажная фабрика» (производство трикотажных изделий).