На заседания Совета Министров могут приглашаться руководители центральных банков и министры государств-участников.
Функции Совета Министров, его состав, а также порядок его деятельности определяются Положением, утверждаемым Высшим Государственным Советом.
Решение Совета Министров может быть приостановлено или отменено Высшим Государственным Советом.
Совет Министров формирует Постоянный Комитет, руководимый Государственным секретарем.
Постоянный Комитет является ответственным за подготовку заседаний Высшего Государственного Совета и Совета Министров.
Постоянный Комитет координирует работу отраслевых и функциональных органов Союзного государства и их взаимодействие с национальными органами государств-участников, контролирует выполнение принятых Высшим Государственным Советом и Советом Министров решений, регулярно информирует Совет Министров о положении дел в сферах деятельности отраслевых и функциональных органов Союзного государства, вносит предложения в Совет Министров по выполнению текущих задач развития Союзного государства.
Согласно Договору предусматривается создание Суда Союзного государства. Пока он не образован.
Суд Союзного государства (далее - Суд) является органом Союзного государства, который призван обеспечить единообразное толкование и применение настоящего Договора, нормативно-правовых актов Союзного государства.
Из числа судей Суд избирает Председателя и его заместителя, которые не могут быть гражданами одного государства-участника.
Устав и Регламент Суда утверждает Высший Государственный Совет.
Каждое государство-участник, органы Союзного государства могут передавать на рассмотрение суда любые вопросы, связанные с толкованием и применением союзного Договора, нормативно-правовых актов Союзного государства.
Решения Суда имеют обязательную юридическую силу и подлежат официальному опубликованию.
Решения суда принимаются двумя третями голосов от общего числа судей в соответствующем судебном заседании.
Для осуществления контроля за финансами Союзного государства Договором предусматривается создание Счетной палаты.
Члены Счетной палаты избирают из своего состава Председателя и его заместителя, которые выполняют свои обязанности в течение двухлетнего периода и могут быть переизбраны. При этом Председатель Счетной палаты и его заместитель не могут быть гражданами одного и того же государства-участника.
Нормы Договора о создании Союзного государства во многих случаях опережают нормы действующего, в том числе и конституционного законодательства Беларуси и России. Поэтому Договором предусмотрено, что в случае коллизии нормы закона или декрета Союзного государства и нормы внутреннего закона государства-участника преимущественную силу имеет норма закона или декрета Союзного государства. Однако данное положение не применяется к коллизии норм закона или декрета Союзного государства и норм, содержащихся в конституциях и конституционных актах государств-участников.
В заключительных положениях Договора предусматривается принятие на референдумах государств-участников Конституционного Акта, определяющего на основе союзного Договора государственное устройство Союзного государства и его правовую систему. После одобрения Конституционного Акта на референдумах государства-участники вносят необходимые дополнения и изменения в свои конституции.
В целях поэтапного претворения в жизнь союзного Договора Республика Беларусь и Российская федерация приняли Программу действий Республики Беларусь и Российской Федерации по реализации положений Договора о создании Союзного государства.
Задача Программы – определение содержания, этапов и сроков работы по передаче Союзному государству зафиксированных в Договоре предметов ведения, способов законодательного закрепления такой передачи, включая возможное внесение изменений в конституции двух государств, а также организационные рамки этой деятельности в Союзном государстве, создание необходимых союзных или координирующих органов. В нее включаются задачи по осуществлению двумя государствами комплекса взаимосвязанных мероприятий в экономической, правовой и иных сферах, которые направлены на их поэтапное объединение. Выполнение настоящей Программы ознаменует завершение процесса создания Союзного государства с единым экономическим пространством, единой транспортной системой, единой таможенной территорией, единой денежной единицей, общим бюджетом.
Договор во многих своих положениях выходит за рамки конституций двух государств – Беларуси и России. Предусматривается создание наднациональных государственных органов, имеющих право принятия правовых актов не только в отношении национальных государственных органов Беларуси и России, но и граждан государств-участников Договора. Это свидетельствует о том, что государства-участники Договора стремятся объединиться в единое государство. Каким будет конституционно-правовой статус будущего Союзного государства, сегодня ответить весьма сложно.