Федеральное агентство по атомной энергии является уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по проведению государственной политики, нормативно-правовому регулированию, оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере использования атомной энергии, развития и безопасного функционирования атомной энергетики, ядерного оружейного комплекса, ядерно-топливного цикла, атомной науки и техники, ядерной и радиационной безопасности, нераспространения ядерных материалов и технологий, а также международное сотрудничество в этой сфере.
Федеральное агентство по атомной энергии является органом государственного управления использованием атомной энергии, государственным компетентным органом по ядерной и радиационной безопасности при перевозках ядерных материалов, радиоактивных веществ и изделий из них, центральным государственным органом и пунктом связи в соответствии с международной Конвенцией о физической защите ядерного материала и национальным компетентным органом по выполнению обязательств Российской Федерации в области обеспечения физической защиты ядерного материала в Международном агентстве по атомной энергии и других международных организациях.
Руководство деятельностью Федерального агентства по атомной энергии осуществляет Правительство Российской Федерации.
Согласно Постановлению Правительства РФ от 28 июня 2004 г. № 316 "Об утверждении Положения Федерального агентства по атомной энергии" на Агентство, в частности, возложено выполнение следующих функций по управлению государственным имуществом и оказанию государственных услуг:
1) проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг, на проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ для государственных нужд в установленной сфере деятельности, в том числе для обеспечения нужд Агентства;
2) осуществляет полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федерального органа государственной власти в установленной сфере деятельности, в том числе имущества, переданного федеральным государственным учреждениям и федеральным государственным унитарным предприятиям, подведомственным Агентству;
3) осуществляет экономический анализ деятельности подведомственных государственных унитарных предприятий и утверждает экономические показатели их деятельности, проводит в подведомственных организациях проверки финансово-хозяйственной деятельности и использования имущественного комплекса;
4) выполняет функции государственного заказчика - координатора работ по комплексной утилизации атомных подводных лодок и надводных кораблей с ядерными энергетическими установками, а также по снижению радиационной опасности в местах их дислокации, экологической реабилитации объектов, связанных с временным хранением отработавшего ядерного топлива, твердых и жидких радиоактивных отходов;
5) осуществляет функции государственного заказчика - координатора специальных экологических программ;
6) принимает решение о признании организации пригодной эксплуатировать ядерную установку, радиационный источник или пункт хранения и осуществлять собственными силами или с привлечением других организаций деятельность по размещению, проектированию, сооружению, эксплуатации и выводу из эксплуатации ядерной установки, радиационного источника или пункта хранения, а также деятельность по обращению с ядерными материалами и радиоактивными веществами;
7) осуществляет управление государственным запасом специального сырья и делящихся материалов, а также находящимися в федеральной собственности ядерными материалами, за исключением ядерных материалов, передаваемых в составе изделий Министерству обороны Российской Федерации, заключает в установленном порядке договоры на передачу находящихся в федеральной собственности ядерных материалов в пользование юридическим лицам;
8) ведет государственный регистр ядерных материалов;
9) обеспечивает закрепление в установленном порядке за Российской Федерацией прав на объекты интеллектуальной собственности и другие результаты научно-технической деятельности, созданные за счет средств федерального бюджета при реализации государственных контрактов, заключаемых Агентством, а также осуществляет распоряжение закрепленными за Российской Федерацией правами на результаты научно-технической деятельности в целях их доведения до стадии промышленного применения и реализации готовой продукции;
10) проводит в установленном порядке экспертизу секретных и совершенно секретных изобретений в установленной сфере деятельности в соответствии с законодательством Российской Федерации;
11) осуществляет информационное, аналитическое, документационное, правовое и материально-техническое обеспечение деятельности специальной комиссии по вопросам ввоза на территорию Российской Федерации облученных тепловыделяющих сборок зарубежного производства;12)выдает странам-поставщикам заверения в отношении мирного использования импортируемых ядерных товаров и технологий, обеспечения их физической защиты и условий последующей передачи;
13) осуществляет функции государственного заказчика по государственному оборонному заказу, межгосударственным и федеральным целевым программам и федеральной адресной инвестиционной программе в установленной сфере деятельности.
Функции федерального органа управления использованием атомной энергии установлены Федеральным законом Российской Федерации от 21 ноября 1995 года № 170-ФЗ "Об использовании атомной энергии" (с изменениями Федеральных законов от 10.02. 1997 г. № 28-ФЗ; от 10.07. 2001 г. № 94-ФЗ; от 11.11.2003 г. № 140-ФЗ).